[日本語] English
万見
- PDB-6by5: Two-State 14-mer UUCG Tetraloop calculated from Exact NOEs (State... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6by5
タイトルTwo-State 14-mer UUCG Tetraloop calculated from Exact NOEs (State one: Conformers 1-5, State Two: Conformers 6-10)
要素RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*C)-3')
キーワードRNA / Exact NOE / UUCG tetraloop / 14-mer hairpin / Two-State
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Nichols, P.J. / Henen, M.A. / Born, A. / Strotz, D. / Guntert, P. / Vogeli, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Colorado Anschutz Medical Campus 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: High-resolution small RNA structures from exact nuclear Overhauser enhancement measurements without additional restraints.
著者: Nichols, P.J. / Henen, M.A. / Born, A. / Strotz, D. / Guntert, P. / Vogeli, B.
履歴
登録2017年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_representative
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nmr_representative.conformer_id
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4551
ポリマ－4,4551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2990 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量: 4454.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D WATERGATE [1H-1H] NOESY buildup series
122isotropic12D PreSat [1H-1H] NOESY buildup series

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM KHPO4, 0.4 mM EDTA, 1 mM 14-mer UUCG Tetraloop, 95% H2O/5% D2OH2O Sample95% H2O/5% D2O
solution220 mM KHPO4, 0.4 mM EDTA, 1.7 mM 14-mer UUCG Tetraloop, 100% D2OD2O Sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMKHPO4natural abundance1
0.4 mMEDTAnatural abundance1
1 mM14-mer UUCG Tetraloopnatural abundance1
20 mMKHPO4natural abundance2
0.4 mMEDTAnatural abundance2
1.7 mM14-mer UUCG Tetraloopnatural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: Conditions 1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Varian Direct Drive / 製造業者: Varian / モデル: Varian Direct Drive / 磁場強度: 900 MHz
詳細: 5 mm triple resonance 1H/13C/15N cold probe with z-axis gradient

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNMRCCPNpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4 / 詳細: Multi-State Calculation
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る