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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bx5 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of fluoride channel Fluc Ec2 with Monobody S12 | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Fluc / Fluoride channel / monobody | ||||||
機能・相同性 | ![]() fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Turman, D.L. / Miller, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Interactions between a Fluoride Ion Channel and Synthetic Protein Blockers. 著者: Turman, D.L. / Cheloff, A.Z. / Corrado, A.D. / Nathanson, J.T. / Miller, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13544.229 Da / 分子数: 2 / 変異: R25K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: crcB, A4T40_27000, A8M81_25235, AC789_145pl00540, AKG99_27195, B7C53_24430, BET08_05210, BIU72_24510, BK292_28205, BK334_22235, BK373_23795, BMR46_27175, BMR58_00505, BMR59_25090, BMR61_ ...遺伝子: crcB, A4T40_27000, A8M81_25235, AC789_145pl00540, AKG99_27195, B7C53_24430, BET08_05210, BIU72_24510, BK292_28205, BK334_22235, BK373_23795, BMR46_27175, BMR58_00505, BMR59_25090, BMR61_25795, CDL37_21115, CNQ53_00195, ECONIH1_26550, ECS286_0026, MJ49_27125, pCTXM15_EC8_00123, pO103_22 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10330.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Engineered human fibronectin type III domain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-F / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.91 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 50 mM ADA-NaOH, 50 mM LiNO3, 34% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月23日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→91.53 Å / Num. obs: 21435 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 21.1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5kbn 解像度: 3→91.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.842 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 25.255 / SU ML: 0.216 / SU R Cruickshank DPI: 0.4828 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.311 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.19 Å2 / Biso mean: 85.372 Å2 / Biso min: 46.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→91.53 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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