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- PDB-6bwr: LarC2, the C-terminal domain of a cyclometallase involved in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwr
タイトルLarC2, the C-terminal domain of a cyclometallase involved in the synthesis of the NPN cofactor of lactate racemase, in complex with nickel
要素Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Lar / nickel transferase / LarC / hexamer / trimer / CTP / nickel / lactate / lactate racemization / lactate racemase
機能・相同性pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel chelatase / Nickel insertion protein / Nickel insertion protein / nickel cation binding / protein maturation / lyase activity / viral translational frameshifting / NICKEL (II) ION / Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Fellner, M. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1516126 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Biosynthesis of the nickel-pincer nucleotide cofactor of lactate racemase requires a CTP-dependent cyclometallase.
著者: Desguin, B. / Fellner, M. / Riant, O. / Hu, J. / Hausinger, R.P. / Hols, P. / Soumillion, P.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8736
ポリマ－33,6382
非ポリマー2354
水2,666148
1
A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
ヘテロ分子

A: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
B: Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,61918
ポリマ－100,9156
非ポリマー70412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area25380 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.634, 96.634, 96.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

NI

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNchain AAA272 - 4151 - 144
21ALAALA(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 2731 - 2
22GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144
23GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144
24GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144
25GLNGLN(chain B and ((resid 272 through 273 and (name N...BB272 - 4151 - 144

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要素

#1: タンパク質 Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide nickel insertion protein / P2TMN nickel insertion protein / Lactate racemase accessory protein LarC / Lactate racemase ...P2TMN nickel insertion protein / Lactate racemase accessory protein LarC / Lactate racemase activation protein LarC / Lactate racemase maturation protein LarC / Lactate racemization operon protein LarC / Nickel-pincer cofactor biosynthesis protein LarC


分子量: 16819.143 Da / 分子数: 2 / 断片: LarC2 domain of LarC / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
プラスミド: pET-22b_pGIR051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: F9UST1
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5 ul ~5.5 mg/ml LarC (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) were mixed with 0.5 ul of reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8. ...詳細: 0.5 ul ~5.5 mg/ml LarC (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) were mixed with 0.5 ul of reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% w/v Polyethylene glycol 6,000. Crystal grew within two weeks. The crystal was soaked in 16 mM Nickel chloride + reservoir solution for 30 minutes and then for 1 minute in 20% Polyethylene glycol 400, 80% reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.47
反射解像度: 1.81→48.32 Å / Num. obs: 27744 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 260115 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.81-1.859.41.10916650.5370.381.17499.7
9.05-48.327.90.032570.9990.0110.03298.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.77 Å48.32 Å
Translation4.77 Å48.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2.99データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BWO

6bwo


解像度: 1.81→48.317 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.16 / 位相誤差: 18.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 3862 7.26 %
Rwork0.1383 --
obs0.1616 26598 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.33 Å2 / Biso mean: 28.7078 Å2 / Biso min: 12.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→48.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 4 148 2424
Biso mean--36.14 34.37 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9373145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7291393
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1364X-RAY DIFFRACTION7.499TORSIONAL
12B1364X-RAY DIFFRACTION7.499TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8095-1.84070.29481940.26182456265092
1.8407-1.87420.25622000.2422517271793
1.8742-1.91020.24821920.24262445263793
1.9102-1.94920.26851960.21772459265592
1.9492-1.99160.20511960.1982444264093
1.9916-2.03790.23361960.1972512270893
2.0379-2.08880.19841980.18452452265092
2.0888-2.14530.24571920.17552460265293
2.1453-2.20840.20811840.1692440262493
2.2084-2.27970.17921840.15882499268393
2.2797-2.36120.24951920.15392456264893
2.3612-2.45570.21621940.15812472266693
2.4557-2.56740.21261920.15852484267693
2.5674-2.70270.22641860.15662434262093
2.7027-2.8720.21652000.14932468266892
2.872-3.09360.20341980.14452477267593
3.0936-3.40460.21131880.15282465265393
3.4046-3.89670.23241940.15432451264592
3.8967-4.90710.17472020.12822456265892
4.9071-34.17140.18451840.14152470265493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.52870.24854.82721.3815-1.18825.6175-0.0191-0.4454-0.0950.01790.0983-0.0292-0.2177-0.444-0.04390.1880.01640.02890.14750.00510.161638.7482-1.91651.6495
26.9831.24315.67491.0211.09274.6208-0.1846-0.18180.0648-0.01850.00190.0374-0.1837-0.29520.150.2038-0.01610.01910.18640.00050.201726.34891.07393.1856
30.6783-0.17810.20130.5294-0.01399.6707-0.0023-0.02810.04740.06440.0036-0.0220.0146-0.07620.01280.1284-0.01370.01480.1726-0.00510.177936.65150.6987-3.366
46.56922.91585.42593.35063.28825.93480.011-0.2425-0.06110.07860.03120.00370.0505-0.1735-0.07880.20460.00940.04820.15430.01570.161933.7975-8.91895.1947
53.18435.09853.96068.76156.66055.18770.1608-0.0483-0.21560.4945-0.0157-0.15890.31330.0542-0.1530.22350.01520.03010.23860.02150.169647.24460.98378.8713
66.7057-4.9133-1.02746.13552.06762.7996-0.0128-0.85550.05050.27630.06790.44960.1438-0.1601-0.08460.2604-0.05820.06670.3491-0.06210.248737.093122.546620.2788
73.6821-2.59963.00135.78031.17647.50320.098-0.77460.20050.36940.22060.0778-0.55480.0466-0.31250.3301-0.01230.06910.3153-0.0020.191645.208821.425316.534
86.6409-3.6089-3.3295.40540.7737.2035-0.3612-0.25030.16620.1081-0.3690.99150.0252-0.89910.76050.28350.0051-0.01680.4276-0.19730.402823.723625.922111.5954
92.4924-0.42174.5418.06421.88779.6009-0.40990.33390.6749-0.3687-0.09730.4014-0.00010.950.50880.2385-0.0297-0.01990.3076-0.00580.257434.674530.256912.5001
108.4245-1.43595.3181.56240.31027.0477-0.0864-0.2408-0.28680.06540.1205-0.038-0.0634-0.307-0.02490.18640.01430.02730.11070.01650.205425.585622.8691-11.5377
116.92350.01321.28920.49080.11481.1325-0.0005-0.19180.1920.08530.02160.07480.0218-0.0807-0.03670.1534-0.00340.00670.1068-0.02630.140328.869420.3527-5.9521
127.66783.8344.12182.48352.43654.31080.0508-0.40160.56580.2341-0.1980.16830.1139-0.34970.18340.18640.01220.02890.1568-0.05260.215522.534930.0009-6.4401
136.25547.33863.58528.67964.35872.36730.03240.0280.19060.0007-0.09490.3656-0.0432-0.09830.05670.15240.01950.02870.21690.02270.191118.480320.0307-19.7811
143.94360.1083-0.15189.2354-7.53938.28940.1978-0.0736-0.17890.41720.22770.8775-0.2969-0.4068-0.49920.2419-0.02340.04170.2427-0.02590.16876.2271-2.2116-7.151
153.20922.0024-1.65938.8214-6.39284.9104-0.5370.3247-0.0857-0.0847-0.0292-0.13410.1044-0.14410.45430.1722-0.0271-0.0040.29570.00730.18029.4985-0.1728-14.2289
167.18840.21374.05926.01840.75728.32780.09130.3331-0.0222-0.27070.034-0.20570.32040.1107-0.10770.1505-0.0070.03080.23950.02630.123314.3528-6.5526-0.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 272 through 287 )A272 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 288 through 300 )A288 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 301 through 327 )A301 - 327
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 328 through 347 )A328 - 347
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 348 through 357 )A348 - 357
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 358 through 378 )A358 - 378
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 379 through 387 )A379 - 387
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 388 through 401 )A388 - 401
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 402 through 415 )A402 - 415
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 272 through 287 )B272 - 287
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 288 through 327 )B288 - 327
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 328 through 347 )B328 - 347
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 348 through 357 )B348 - 357
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 358 through 368 )B358 - 368
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 369 through 387 )B369 - 387
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 388 through 415 )B388 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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