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- PDB-6bwj: Crystal structure of the TRPV2 ion channel in complex with RTx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwj
タイトルCrystal structure of the TRPV2 ion channel in complex with RTx
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / TRPV channel / heat sensor / temperature sensing ion channel / Ca2+ channel
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone membrane / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / axonal growth cone / positive regulation of axon extension / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / cell surface / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
resiniferatoxin / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zubcevic, L. / Le, S. / Yang, H. / Lee, S.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R35NS097241 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Conformational plasticity in the selectivity filter of the TRPV2 ion channel.
著者: Zubcevic, L. / Le, S. / Yang, H. / Lee, S.Y.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,5486
ポリマ－175,2112
非ポリマー1,3384
水00
1
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,09712
ポリマ－350,4224
非ポリマー2,6758
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area20810 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area107130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.054, 121.226, 185.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-801-

CA

21B-802-

CA

-
要素

#1: タンパク質 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2


分子量: 87605.406 Da / 分子数: 2 / 変異: F470S, L505M, L508T, Q528E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: TRPV2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G1SNM3
#2: 化合物 ChemComp-6EU / resiniferatoxin / RTX / レシニフェラトキシン


分子量: 628.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H40O9 / コメント: 毒素*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, Calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→185.56 Å / Num. obs: 37513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique all: 3639 / CC1/2: 0.33 / Rpim(I) all: 1.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AN8

5an8


解像度: 3.1→46.997 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 2003 5.31 %
Rwork0.2474 --
obs0.2488 37514 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9304 0 94 0 9398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66513143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8325603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041645
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.21080.43753710.38476540X-RAY DIFFRACTION97
3.2108-3.33930.35743750.33766720X-RAY DIFFRACTION100
3.3393-3.49120.34043760.31126759X-RAY DIFFRACTION100
3.4912-3.67520.31253610.28386753X-RAY DIFFRACTION100
3.6752-3.90540.30713860.26556731X-RAY DIFFRACTION100
3.9054-4.20680.2763780.22466707X-RAY DIFFRACTION100
4.2068-4.26980.21883820.20396709X-RAY DIFFRACTION100
4.6298-5.29890.24813750.21056784X-RAY DIFFRACTION100
5.2989-6.6730.26733790.24646701X-RAY DIFFRACTION100
6.673-46.9970.2333780.22896723X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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