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- PDB-6bwf: 4.1 angstrom Mg2+-unbound structure of mouse TRPM7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwf
タイトル4.1 angstrom Mg2+-unbound structure of mouse TRPM7
要素TRPM7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CryoEM / Truncated mouse TRPM7
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent cell-matrix adhesion / intracellular magnesium ion homeostasis / zinc ion transport / magnesium ion transmembrane transport / zinc ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / necroptotic process ...calcium-dependent cell-matrix adhesion / intracellular magnesium ion homeostasis / zinc ion transport / magnesium ion transmembrane transport / zinc ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / necroptotic process / ruffle / cytoplasmic vesicle membrane / calcium channel activity / calcium ion transport / kinase activity / actin binding / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : ...Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Zhang, J. / Li, Z. / Duan, J. / Abiria, S.A. / Clapham, D.E.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure of the mammalian TRPM7, a magnesium channel required during embryonic development.
著者: Jingjing Duan / Zongli Li / Jian Li / Raymond E Hulse / Ana Santa-Cruz / William C Valinsky / Sunday A Abiria / Grigory Krapivinsky / Jin Zhang / David E Clapham /
要旨: The transient receptor potential ion channel subfamily M, member 7 (TRPM7), is a ubiquitously expressed protein that is required for mouse embryonic development. TRPM7 contains both an ion channel ...The transient receptor potential ion channel subfamily M, member 7 (TRPM7), is a ubiquitously expressed protein that is required for mouse embryonic development. TRPM7 contains both an ion channel and an α-kinase. The channel domain comprises a nonselective cation channel with notable permeability to Mg and Zn Here, we report the closed state structures of the mouse TRPM7 channel domain in three different ionic conditions to overall resolutions of 3.3, 3.7, and 4.1 Å. The structures reveal key residues for an ion binding site in the selectivity filter, with proposed partially hydrated Mg ions occupying the center of the conduction pore. In high [Mg], a prominent external disulfide bond is found in the pore helix, which is essential for ion channel function. Our results provide a structural framework for understanding the TRPM1/3/6/7 subfamily and extend the knowledge base upon which to study the diversity and evolution of TRP channels.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年8月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02018年8月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
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改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7298
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7298
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRPM7
B: TRPM7
C: TRPM7
D: TRPM7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,9024
ポリマ－429,9024
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
TRPM7


分子量: 107475.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q923J1*PLUS
Has protein modificationN
配列の詳細The full sample sequence is MSQKSWIESTLTKRECVYIIPSSKDPHRCLPGCQICQQLVRCFCGRLVKQHACFTASLAMKYSDV ...The full sample sequence is MSQKSWIESTLTKRECVYIIPSSKDPHRCLPGCQICQQLVRCFCGRLVKQHACFTASLAMKYSDV KLGEHFNQAIEEWSVEKHTEQSPTDAYGVINFQGGSHSYRAKYVRLSYDTKPEIILQLLLKEWQM ELPKLVISVHGGMQKFELHPRIKQLLGKGLIKAAVTTGAWILTGGVNTGVAKHVGDALKEHASRS SRKICTIGIAPWGVIENRNDLVGRDVVAPYQTLLNPLSKLNVLNNLHSHFILVDDGTVGKYGAEV RLRRELEKTINQQRIHARIGQGVPVVALIFEGGPNVILTVLEYLQESPPVPVVVCEGTGRAADLL AYIHKQTEEGGNLPDAAEPDIISTIKKTFNFGQSEAVHLFQTMMECMKKKELITVFHIGSEDHQD IDVAILTALLKGTNASAFDQLILTLAWDRVDIAKNHVFVYGQQWLVGSLEQAMLDALVMDRVSFV KLLIENGVSMHKFLTIPRLEELYNTKQGPTNPMLFHLIRDVKQGNLPPGYKITLIDIGLVIEYLM GGTYRCTYTRKRFRLIYNSLGGNNRRSGRNTSSSTPQLRKSHETFGNRADKKEKMRHNHFIKTAQ PYRPKMDASMEEGKKKRTKDEIVDIDDPETKRFPYPLNELLIWACLMKRQVMARFLWQHGEESMA KALVACKIYRSMAYEAKQSDLVDDTSEELKQYSNDFGQLAVELLEQSFRQDETMAMKLLTYELKN WSNSTCLKLAVSSRLRPFVAHTCTQMLLSDMWMGRLNMRKNSWYKVILSILVPPAILMLEYKTKA EMSHIPQSQDAHQMTMEDSENNFHNITEEIPMEVFKEVKILDSSDGKNEMEIHIKSKKLPITRKF YAFYHAPIVKFWFNTLAYLGFLMLYTFVVLVKMEQLPSVQEWIVIAYIFTYAIEKVREVFMSEAG KISQKIKVWFSDYFNVSDTIAIISFFVGFGLRFGAKWNYINAYDNHVFVAGRLIYCLNIIFWYVR LLDFLAVNQQAGPYVMMIGKMVANMFYIVVIMALVLLSFGVPRKAILYPHEEPSWSLAKDIVFHP YWMIFGEVYAYEIDVCANDSTLPTICGPGTWLTPFLQAVYLFVQYIIMVNLLIAFFNNVYLQVKA ISNIVWKYQRYHFIMAYHEKPVLPPPLIILSHIVSLFCCVCKRRKKDKTSDGPKLFLTEEDQKKL HDFEEQCVEMYFDEKDDKFNSGSEERIRVTFERVEQMSIQIKEVGDRVNYIKRSLQSLDSQIGHL QDLSALTVDTLKTLTAQKASEASKVHNEITRELSISKHLAQNLIDDVPVRPLWKKPSAVNTLSSS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane Protein, Transient Receptor Potential ion channel
タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206032 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00722738
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.40330896
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.76513414
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0633588
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0093915

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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