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- PDB-6bw2: Mcl-1 complexed with small molecules -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bw2
タイトルMcl-1 complexed with small molecules
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / Mcl-1 inhibitor / cancer / structure-based design / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ECY / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)BOA29XS129TO22 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Optimization of Potent and Selective Tricyclic Indole Diazepinone Myeloid Cell Leukemia-1 Inhibitors Using Structure-Based Design.
著者: Shaw, S. / Bian, Z. / Zhao, B. / Tarr, J.C. / Veerasamy, N. / Jeon, K.O. / Belmar, J. / Arnold, A.L. / Fogarty, S.A. / Perry, E. / Sensintaffar, J.L. / Camper, D.V. / Rossanese, O.W. / Lee, T. ...著者: Shaw, S. / Bian, Z. / Zhao, B. / Tarr, J.C. / Veerasamy, N. / Jeon, K.O. / Belmar, J. / Arnold, A.L. / Fogarty, S.A. / Perry, E. / Sensintaffar, J.L. / Camper, D.V. / Rossanese, O.W. / Lee, T. / Olejniczak, E.T. / Fesik, S.W.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4748
ポリマ－71,9184
非ポリマー2,5574
水43224
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6192
ポリマ－17,9791
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6192
ポリマ－17,9791
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6192
ポリマ－17,9791
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6192
ポリマ－17,9791
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.284, 134.369, 96.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17979.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物
ChemComp-ECY / 3-({11-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-1-oxo-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-4,5-dihydro-1H-[1,4]diazepino[1,2-a]indol-2(3H)-yl}methyl)benzoic acid


分子量: 639.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H39ClN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20%-30% PEG 3350, Magnesium chloride, Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 25203 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.86 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Num. unique obs: 2501 / Rpim(I) all: 0.24 / Rsym value: 0.719 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZBF

4zbf


解像度: 2.75→29.726 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.38 / 位相誤差: 27.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1207 4.88 %
Rwork0.245 --
obs0.2468 25203 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4657 0 184 26 4867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034995
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6946767
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6582862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7503-2.86030.33341390.28292501X-RAY DIFFRACTION87
2.8603-2.99030.28211410.27032549X-RAY DIFFRACTION87
2.9903-3.14770.24391260.26472550X-RAY DIFFRACTION90
3.1477-3.34460.27431360.25542659X-RAY DIFFRACTION92
3.3446-3.60220.27551200.24352722X-RAY DIFFRACTION94
3.6022-3.96360.28641250.23632731X-RAY DIFFRACTION95
3.9636-4.53450.2411260.21852728X-RAY DIFFRACTION95
4.5345-5.70320.26151450.22932758X-RAY DIFFRACTION95
5.7032-26.1390.24411390.25912789X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 50.527 Å / Origin y: -33.2684 Å / Origin z: 22.2962 Å
111213212223313233
T0.7039 Å20.0487 Å2-0.0047 Å2-0.6525 Å2-0.0297 Å2--0.4228 Å2
L0.2497 °2-0.0232 °20.0116 °2-0.2822 °20.0551 °2--0.1603 °2
S0.0502 Å °0.0136 Å °-0.068 Å °-0.0961 Å °-0.0561 Å °0.0121 Å °0.0576 Å °0.0279 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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