PDB-6bur: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bur

タイトル

Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica complexed with barbituric acid

要素

Cyanuric acid amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica ATCC 39073 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM095558	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis.
著者: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H.

履歴

登録	2017年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bur.cif.gz	558.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bur.ent.gz	462.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bur_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bur_full_validation.pdf.gz	513 KB	表示
XML形式データ	6bur_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	6bur_validation.cif.gz	77.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bur	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6bumC 6bunC 6buoC 6bupC 6buqC 6cwjC 6dhjC 4nq3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6buq-d 6bun-d 6cwj-d 4bvs-1 6bum-d 4bvt-1 6buo-d 4bvq-1 1ea0-1 5hwe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyanuric acid amidohydrolase

B: Cyanuric acid amidohydrolase

C: Cyanuric acid amidohydrolase

D: Cyanuric acid amidohydrolase

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.075, 89.121, 199.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyanuric acid amidohydrolase / CAH / Barbiturase 分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4 断片: Q103A, E104A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica ATCC 39073 (バクテリア) 株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-BR8 / BARBITURIC ACID / バルビツル酸分子量: 128.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20%PEG3350, 100mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→89.12 Å / Num. obs: 75417 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.941 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4434 / CC_1/2: 0.536 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13rc2_2981: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NQ3

4nq3

解像度: 2.18→39.723 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	3791	5.03 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1656	75340	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→39.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10734	0	47	406	11187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10972
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.747	14856
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.285	6723
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1749
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.2076	0.3277	160	0.2627	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2076-2.2367	0.279	129	0.2596	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2367-2.2673	0.3097	119	0.2545	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2673-2.2997	0.276	139	0.2262	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2997-2.334	0.2736	153	0.2174	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.334-2.3705	0.2741	137	0.1929	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3705-2.4093	0.247	148	0.1971	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4093-2.4509	0.2769	136	0.2072	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4509-2.4954	0.2443	141	0.1941	2587	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4954-2.5434	0.2465	129	0.1835	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5434-2.5953	0.2425	146	0.1775	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5953-2.6517	0.2288	129	0.1692	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6517-2.7134	0.2296	154	0.1738	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7134-2.7813	0.2443	141	0.1727	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7813-2.8564	0.2384	144	0.1694	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8564-2.9405	0.2437	131	0.1728	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9405-3.0353	0.2154	159	0.1666	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0353-3.1438	0.231	139	0.164	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1438-3.2696	0.2321	126	0.156	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2696-3.4183	0.2023	148	0.1539	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4183-3.5984	0.1776	146	0.1543	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5984-3.8237	0.1856	144	0.1501	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8237-4.1187	0.1718	146	0.1418	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1187-4.5326	0.1898	166	0.1313	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5326-5.1873	0.1689	114	0.1381	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1873-6.5307	0.2158	139	0.161	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5307-39.7293	0.1932	128	0.1596	2791	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6696	0.8185	-0.3409	1.7277	-0.2756	1.3973	0.0774	-0.303	0.0699	0.4192	-0.0248	-0.0729	0.0168	0.1222	-0.049	0.3748	0.0371	-0.0211	0.314	-0.0469	0.2885	95.9197	-2.0394	58.5894
2	2.1591	-0.5813	0.3314	2.4938	-0.4263	1.5841	-0.0268	-0.1158	0.1662	0.2099	0.0841	-0.3042	-0.1607	0.171	-0.0127	0.2642	-0.0263	-0.0214	0.2963	-0.0778	0.3398	106.0927	8.0036	50.8576
3	1.524	0.7297	-0.107	1.4549	-0.1526	4.5606	0.0322	-0.0289	-0.0265	-0.0384	0.0996	-0.3528	0.3015	0.378	-0.1074	0.2637	0.0532	-0.0027	0.2897	-0.0641	0.3788	109.2663	-7.2112	43.0477
4	2.7651	-1.1291	-1.0474	1.7907	0.4912	3.0867	0.0058	-0.1526	0.1844	0.2052	0.0505	0.2794	0.0418	-0.1376	-0.0746	0.267	-0.0392	-0.0025	0.2321	-0.0209	0.4042	70.665	3.8205	47.9569
5	3.1675	-1.5443	-0.0432	3.5465	0.6669	2.1971	-0.0847	0.1046	-0.2048	0.0251	-0.0439	0.4896	0.1807	-0.2163	0.1281	0.2714	-0.0539	-0.0173	0.2709	-0.011	0.3977	64.2117	-10.5078	35.4805
6	3.6292	-0.7689	-0.8639	1.6096	0.3327	2.4044	0.0038	0.3121	0.2611	-0.2716	-0.123	0.3747	-0.1625	-0.2104	0.0896	0.3283	0.0144	-0.1105	0.2848	0.0261	0.414	67.1978	5.9478	26.8664
7	3.3564	-0.2738	-1.7502	1.773	0.6373	2.9423	0.0163	0.6929	0.1884	-0.5562	0.15	-0.3935	-0.1607	0.3437	-0.1688	0.4923	-0.0629	0.1358	0.6603	-0.013	0.3805	111.2561	-8.1778	7.9573
8	1.4751	0.0403	-0.6566	1.6615	0.1872	1.8577	-0.0673	0.8727	-0.133	-0.4612	0.0604	-0.1497	0.3278	0.0031	0.0232	0.5555	0.0084	0.0993	0.7406	-0.1198	0.3212	105.9034	-21.6754	10.3885
9	4.1802	-1.6712	-0.0778	3.8607	0.0215	3.1645	-0.04	0.4843	0.0287	-0.43	0.0528	0.2342	-0.0415	-0.3117	-0.066	0.5067	-0.0893	0.0214	0.6631	-0.1081	0.2798	93.259	-20.6435	12.4628
10	2.9735	-0.865	0.3826	2.0026	0.6558	2.1696	0.1126	0.5769	-0.3021	-0.2787	-0.0209	-0.044	0.2131	-0.0389	-0.0373	0.362	-0.0114	0.0795	0.3937	-0.0821	0.3078	100.5128	-25.6457	18.8373
11	8.6903	2.7143	-2.5211	5.3466	-0.999	7.4193	-0.1469	-0.164	-0.9666	0.3416	-0.0522	-1.0869	0.5423	1.2168	0.1382	0.3599	0.0873	-0.0155	0.4463	-0.1179	0.4949	118.6621	-21.1916	28.4305
12	1.738	0.2495	-0.4073	1.9219	0.3217	2.0814	0.0203	0.3096	-0.2005	-0.1439	0.0812	-0.1856	0.0109	0.1893	-0.1131	0.2794	0.0046	0.0128	0.2982	-0.0553	0.252	102.3052	-16.2608	30.294
13	1.0203	-0.5755	-0.3691	1.5212	-0.3247	2.6438	0.1814	0.7842	0.6037	-0.7208	-0.0173	-0.3041	-0.4008	0.2163	0.0126	0.8102	-0.0164	0.1408	0.8523	0.3054	0.5831	95.5176	15.1982	3.7844
14	1.0681	0.2182	-0.7691	2.8453	0.0646	4.8555	-0.0452	0.7758	1.1581	-0.3934	0.0517	-1.1027	-0.3485	1.2121	-0.1066	0.8438	-0.1179	0.0609	0.9284	0.1275	0.9419	103.5336	21.6535	17.0387
15	1.8173	0.0445	0.2199	3.5615	-0.0992	3.3747	0.1462	0.294	0.8085	-0.1274	-0.0274	-0.5221	-0.9205	0.6462	-0.1491	0.7689	-0.1791	0.1227	0.666	0.1526	0.8215	97.7538	26.0287	20.9588
16	1.6948	-0.1859	-0.2109	2.2213	-0.1446	3.5139	0.1133	0.6028	0.6729	-0.5507	-0.0992	0.0106	-0.5309	-0.0839	-0.0465	0.5677	0.0412	-0.0027	0.4386	0.222	0.5592	81.578	19.0086	16.2012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:146 )	A	1 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 147:266 )	A	147 - 266
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 267:367 )	A	267 - 367
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 0:92 )	B	0 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 93:239 )	B	93 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 240:367 )	B	240 - 367
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 1:77 )	C	1 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 78:146 )	C	78 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 147:184 )	C	147 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 185:266 )	C	185 - 266
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 267:300 )	C	267 - 300
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 301:367 )	C	301 - 367
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 1:146 )	D	1 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 147:184 )	D	147 - 184
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 185:239 )	D	185 - 239
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 240:367 )	D	240 - 367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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