PDB-6buq: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6buq

タイトル

Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica complexed with barbituric acid

要素

Cyanuric acid amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM095558	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis.
著者: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H.

履歴

登録	2017年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6buq.cif.gz	797.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6buq.ent.gz	673.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6buq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6buq_validation.pdf.gz	500.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6buq_full_validation.pdf.gz	511.5 KB	表示
XML形式データ	6buq_validation.xml.gz	58.1 KB	表示
CIF形式データ	6buq_validation.cif.gz	84.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6bumC 6bunC 6buoC 6bupC 6burC 6cwjC 6dhjC 4nq3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bur-d 6bun-d 4bvs-1 6bum-d 4bvt-1 6cwj-d 6buo-d 4bvr-1 4bvq-1 3ai7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyanuric acid amidohydrolase

B: Cyanuric acid amidohydrolase

C: Cyanuric acid amidohydrolase

D: Cyanuric acid amidohydrolase

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.050, 89.770, 198.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Cyanuric acid amidohydrolase / CAH / Barbiturase 分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4 変異: Q102A, E102A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア) 株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase

#1: タンパク質

Cyanuric acid amidohydrolase / CAH / Barbiturase

分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4
変異: Q102A, E102A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase

-
非ポリマー , 8種, 818分子

#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-BR8 / BARBITURIC ACID / バルビツル酸分子量: 128.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₂O₃
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20%PEG3350, 100mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→89.87 Å / Num. obs: 117905 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.543 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.087 / Num. unique obs: 5779 / CC_1/2: 0.543 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13rc2_2981: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NQ3

4nq3

解像度: 1.88→39.708 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1816	3792	1.71 %
R_work	0.1558	-	-
obs	0.1562	111097	97.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.708 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10724	0	93	797	11614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.771	14845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.968	6729
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1745
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1962

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.9038	0.3354	141	0.3295	7879	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9038-1.9289	0.3597	145	0.2962	8212	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9289-1.9553	0.3088	125	0.2882	8183	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9553-1.9832	0.249	148	0.2699	8112	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9832-2.0128	0.2677	146	0.2554	8045	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0128-2.0443	0.2904	165	0.2506	7989	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0443-2.0778	0.2972	146	0.2463	8003	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0778-2.1136	0.2203	126	0.2126	8104	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1136-2.152	0.2052	151	0.1917	8201	X-RAY DIFFRACTION	99
2.152-2.1934	0.2325	123	0.1847	8292	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1934-2.2382	0.2145	152	0.1858	8147	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2382-2.2868	0.2204	163	0.1762	8079	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2868-2.34	0.1884	111	0.1592	8158	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.3986	0.1796	151	0.1489	8171	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3986-2.4634	0.1803	130	0.1559	8094	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4634-2.5359	0.1742	146	0.1486	8097	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5359-2.6177	0.196	118	0.1435	8212	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6177-2.7112	0.1627	141	0.1364	8202	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7112-2.8198	0.1753	141	0.1449	8181	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8198-2.9481	0.1962	135	0.1399	8143	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9481-3.1034	0.1499	156	0.1456	8036	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1034-3.2978	0.1868	122	0.1368	7856	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2978-3.5523	0.1516	150	0.1353	8092	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5523-3.9095	0.1701	141	0.1313	7992	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9095-4.4745	0.143	148	0.123	7984	X-RAY DIFFRACTION	96
4.4745-5.6348	0.1378	120	0.1313	7886	X-RAY DIFFRACTION	95
5.6348-39.7165	0.162	151	0.1502	8052	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6278	0.0549	0.2294	1.9257	-0.7864	2.9411	-0.0193	-0.2302	-0.0237	0.2789	0.0331	-0.0212	0.0491	-0.0609	-0.0354	0.2447	0.0019	0.002	0.1968	-0.0126	0.1962	9.3048	-6.0857	58.3121
2	1.9526	0.3088	-0.585	2.2007	0.2335	2.2745	0.0429	-0.4078	-0.0795	0.4027	-0.0509	-0.1762	0.1754	0.1641	0.0259	0.2461	0.0205	-0.0421	0.225	0.0251	0.1962	20.4945	-6.6286	59.8812
3	2.0652	-1.5097	0.3132	5.8965	-2.4176	1.2506	-0.1321	-0.2144	0.3357	0.4475	0.1281	-0.2452	-0.3543	0.081	0.0814	0.3123	-0.0205	-0.0322	0.2536	-0.0882	0.2941	21.8799	14.5896	57.4533
4	1.5766	-0.1621	-0.0269	1.4659	-0.0077	1.0763	0.0216	-0.0932	0.1996	0.1233	0.0048	-0.1787	-0.1312	0.1489	-0.0123	0.2229	-0.0247	-0.0101	0.2251	-0.0245	0.2528	24.962	8.0071	50.7634
5	2.184	1.0438	-1.039	4.0376	-0.8209	3.0986	-0.0466	-0.2204	-0.52	0.0604	-0.1094	-0.6014	0.5705	0.4431	0.0523	0.2935	0.0784	-0.0528	0.2796	0.0064	0.3709	32.2574	-14.8159	50.8808
6	1.2858	0.1859	0.107	1.0936	0.193	1.2245	0.0014	0.0946	0.069	-0.0452	-0.0017	-0.1501	0.0248	0.1692	0.0011	0.2034	0.0213	0.0098	0.2305	-0.0123	0.2417	26.2533	-3.7231	39.4151
7	1.1508	0.0134	0.0523	0.8453	0.3289	1.3042	-0.0123	-0.0949	0.1168	0.0923	-0.0551	0.267	0.0265	-0.2014	0.065	0.1746	0.0029	0.012	0.1783	-0.0245	0.2645	-14.9041	0.0801	45.1823
8	3.5352	-1.2154	-0.1836	3.9095	0.5351	1.4752	0.0219	0.1088	-0.2117	0.0537	-0.0911	0.0775	0.1825	0.0369	0.0273	0.2303	-0.0246	-0.0036	0.2026	-0.0192	0.223	-12.3914	-13.941	36.2363
9	1.7718	-0.2076	-0.2231	1.2889	0.0947	1.1146	0.0355	0.2493	0.1237	-0.164	-0.0657	0.2297	-0.0148	-0.1303	0.0238	0.2373	0.0114	-0.0693	0.2475	-0.0032	0.2537	-14.1978	0.2795	27.6287
10	1.3672	-0.0426	-0.7209	1.2756	0.3582	1.884	0.0217	0.4673	0.0121	-0.3319	0.0898	-0.3868	-0.0369	0.3398	-0.1329	0.3284	-0.0023	0.1151	0.4973	-0.0471	0.2674	32.1609	-9.0018	11.3627
11	2.2179	-0.5144	-3.0833	1.6297	0.6532	4.4349	0.1139	0.7804	0.2411	-0.6607	0.0213	-0.1888	-0.129	-0.0716	-0.0996	0.4962	0.0167	0.0939	0.7142	0.0358	0.244	26.2764	-6.5709	1.7398
12	1.1928	0.1722	-0.5404	1.073	0.0223	1.3748	-0.1174	0.6427	-0.2209	-0.3181	0.0996	-0.1212	0.3065	0.1412	0.0417	0.4035	0.0288	0.0707	0.5087	-0.1272	0.2332	24.5598	-21.5781	10.2858
13	3.718	-0.7746	-0.185	2.3662	0.3385	1.8498	-0.0935	0.4364	-0.1035	-0.3011	0.0776	0.1473	0.1626	-0.2051	0.0116	0.3972	-0.0321	0.0248	0.4696	-0.0827	0.1892	12.0243	-20.551	12.4042
14	2.9296	-0.3313	0.1274	2.5751	0.1485	2.1643	0.007	0.3415	-0.5257	-0.2208	0.0299	0.0134	0.4555	-0.1835	0.0337	0.3607	-0.025	0.0164	0.3804	-0.0857	0.259	11.9203	-27.5424	18.158
15	1.598	0.2573	-0.4051	1.1534	0.4065	1.6171	-0.089	0.2558	-0.1898	-0.1162	0.0946	-0.1666	0.2024	0.1892	0.0027	0.2377	0.0483	0.0321	0.2514	-0.0426	0.1965	25.3486	-20.0066	26.0299
16	0.2478	-0.2207	0.1673	1.0384	-0.3443	2.2262	0.1007	0.8069	0.3559	-0.555	-0.0647	-0.2237	-0.2599	0.1427	0.0244	0.5513	0.038	0.088	0.7027	0.1997	0.2996	13.0493	8.9293	2.6447
17	0.9331	-0.095	0.7409	2.2492	0.3403	4.1159	0.0996	0.7007	0.7285	-0.2575	0.0644	-0.3458	-0.6722	0.8215	-0.0754	0.5702	-0.1383	0.1315	0.6728	0.2425	0.6779	18.8158	24.9022	13.3028
18	1.1013	-0.2434	-0.2354	1.4763	-0.3166	2.4865	0.1582	0.4608	0.5252	-0.419	-0.0741	-0.1123	-0.3887	0.0179	0.0026	0.4116	0.0471	0.0225	0.3485	0.1864	0.4102	2.922	19.8313	16.8014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 118 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 119 through 146 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 266 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 267 through 300 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 301 through 367 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 146 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 147 through 184 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 185 through 367 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 50 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 51 through 77 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 78 through 146 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 147 through 184 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 185 through 216 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 217 through 367 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 92 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 93 through 216 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 217 through 367 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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