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- PDB-6bup: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bup
タイトルCrystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica complexed with cyanuric acid
要素Cyanuric acid amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyanuric acid hydrolase/Barbituras, RU C / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, RU A / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit B / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit C / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit A / Amidohydrolase ring-opening protein (Amido_AtzD_TrzD) / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 1,3-PROPANDIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1,3,5-triazine-2,4,6-triol / Cyanuric acid amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095558 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis.
著者: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H.
履歴
登録2017年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanuric acid amidohydrolase
B: Cyanuric acid amidohydrolase
C: Cyanuric acid amidohydrolase
D: Cyanuric acid amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,94430
ポリマ－153,9394
非ポリマー2,00526
水15,241846
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14930 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area46350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.070, 89.420, 198.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cyanuric acid amidohydrolase / CAH


分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4
変異: Q102A, E102A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase

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非ポリマー , 7種, 872分子

#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-WDL / 1,3,5-triazine-2,4,6-triol / Cyanuric Acid / シアヌル酸


分子量: 129.074 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3N3O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20%PEG3350, 100mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→99.28 Å / Num. obs: 117898 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 1.249 / Num. unique obs: 5831 / CC1/2: 0.52 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13rc2_2981: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NQ3

4nq3


解像度: 1.88→99.275 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1808 2024 1.72 %
Rwork0.148 --
obs0.1485 117801 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→99.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10744 0 133 846 11723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98714843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5196711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.9270.31031490.26618174X-RAY DIFFRACTION100
1.927-1.97910.26731350.22778201X-RAY DIFFRACTION100
1.9791-2.03740.24681580.20058163X-RAY DIFFRACTION100
2.0374-2.10320.22691490.17978151X-RAY DIFFRACTION100
2.1032-2.17830.22721340.16338237X-RAY DIFFRACTION100
2.1783-2.26560.18511550.15188164X-RAY DIFFRACTION100
2.2656-2.36870.19221250.14068265X-RAY DIFFRACTION100
2.3687-2.49360.18091540.14238205X-RAY DIFFRACTION100
2.4936-2.64980.18141280.13938254X-RAY DIFFRACTION100
2.6498-2.85440.20061400.1398264X-RAY DIFFRACTION100
2.8544-3.14170.17311560.14558289X-RAY DIFFRACTION100
3.1417-3.59630.15521430.13278326X-RAY DIFFRACTION100
3.5963-4.5310.1381470.12528420X-RAY DIFFRACTION100
4.531-99.41370.18331510.15118664X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59470.07120.51152.69351.20194.3854-0.0048-0.22010.03250.30270.0341-0.0780.02340.0281-0.03670.1503-0.00590.00250.15250.00210.182230.06446.018556.987
22.0323-0.0368-0.18292.8130.41812.1891-0.041-0.3541-0.07130.5720.02130.20840.2008-0.18060.04590.2156-0.00810.01340.27330.0470.192818.1476-5.056861.0724
31.22030.05790.09921.1725-0.03981.43780.0144-0.0839-0.050.08060.00520.21520.0281-0.2528-0.00620.1524-0.01470.0080.21010.01420.20914.1936-1.24347.3827
41.538-0.22710.19381.0932-0.22722.2721-0.0286-0.1141-0.07470.089-0.0368-0.23150.03110.33180.07480.15850.0085-0.00320.17160.03280.244854.4381-4.30546.9276
52.2055-0.45050.45453.29-1.11493.5991-0.08980.09690.38530.2355-0.0831-0.2965-0.81510.24010.16150.3484-0.0652-0.02060.19680.03370.256955.735613.619433.5132
61.9120.05840.9311.0097-0.422.26250.07670.2159-0.2321-0.154-0.0782-0.20930.15750.2891-0.01320.21480.03020.06040.2205-0.00470.253954.429-5.859326.8588
72.6595-0.5961.0011.8033-0.65282.65320.02070.4830.0911-0.3980.05230.2503-0.0266-0.3089-0.07880.2755-0.0028-0.06240.3570.04820.20499.469411.62169.3555
83.0364-0.6062-0.82092.08340.29582.1110.02970.44530.377-0.3206-0.0072-0.107-0.2694-0.0134-0.00450.2839-0.0181-0.01680.26270.0730.205727.595424.05613.7462
91.94720.16261.29281.137-0.57042.746-0.03040.05680.1745-0.06830.06110.1596-0.1862-0.3064-0.04330.22280.05390.00170.20040.02190.194513.134719.466927.4535
101.5693-0.74420.15172.47670.65152.59120.19560.7829-0.3723-0.7788-0.1560.27060.3569-0.016-0.03110.52680.0345-0.07450.5011-0.14360.268528.7737-12.22431.417
113.94480.22790.19993.5565-0.80123.88470.06280.2457-0.4572-0.11650.30391.15010.4262-0.8014-0.35570.5475-0.1011-0.05450.45370.04050.79220.4253-28.099917.2163
121.448-0.3739-0.04132.79380.73494.52790.10280.3782-0.3852-0.4313-0.063-0.01640.38020.0758-0.04170.28260.0316-0.0020.234-0.09620.307340.1987-19.111216.1348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 146 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 367 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 119 through 239 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 240 through 367 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 0 through 118 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 119 through 239 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 240 through 367 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 118 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 119 through 239 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 240 through 367 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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