PDB-6buo: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6buo

タイトル

Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica

要素

Cyanuric acid amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM095558	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis.
著者: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H.

履歴

登録	2017年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2021年9月22日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / reflns_shell / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6buo.cif.gz	806.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6buo.ent.gz	682.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6buo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6buo_validation.pdf.gz	493.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6buo_full_validation.pdf.gz	508.4 KB	表示
XML形式データ	6buo_validation.xml.gz	61.8 KB	表示
CIF形式データ	6buo_validation.cif.gz	88.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6bumC 6bunC 6bupC 6buqC 6burC 6cwjC 6dhjC 4nq3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bun-d 6cwj-d 4bvr-1 4bvt-1 6bum-d 4bvq-1 4bvs-1 6buq-d 6bur-d 6bup-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyanuric acid amidohydrolase

B: Cyanuric acid amidohydrolase

C: Cyanuric acid amidohydrolase

D: Cyanuric acid amidohydrolase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.450, 88.822, 202.847
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyanuric acid amidohydrolase / CAH 分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4 変異: Q103A,Q104A,K107A,L279I,K280R,F281S,Q288D,L290M,A291D,K292R 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア) 株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	... ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 959 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20%PEG3350, 100mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→29.953 Å / Num. obs: 248749 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.62→1.85 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.915 / Num. unique obs: 9034 / CC_1/2: 0.123 / % possible all: 62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NQ3

4nq3

解像度: 1.85→29.953 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1764	12142	5.04 %
R_work	0.1495	-	-
obs	0.1509	240847	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10734	0	152	959	11845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11080
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.686	14939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.363	4122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1750
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.3085	382	0.322	7610	X-RAY DIFFRACTION	99
1.871-1.893	0.3369	421	0.3067	7544	X-RAY DIFFRACTION	98
1.893-1.9161	0.3142	439	0.2856	7582	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9161-1.9404	0.3013	391	0.271	7545	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9404-1.9659	0.2726	399	0.2627	7491	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9659-1.9928	0.2763	437	0.249	7516	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9928-2.0213	0.2786	429	0.2425	7510	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0213-2.0514	0.2575	399	0.2531	7601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0514-2.0835	0.2804	412	0.2514	7570	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0835-2.1176	0.2292	392	0.1895	7553	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1176-2.1541	0.208	389	0.1581	7650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1541-2.1933	0.1827	396	0.1521	7585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1933-2.2355	0.176	442	0.1461	7659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2355-2.2811	0.1911	374	0.144	7668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2811-2.3307	0.1725	415	0.1367	7668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3307-2.3849	0.1713	414	0.1318	7646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3849-2.4445	0.1654	393	0.1292	7643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4445-2.5105	0.1562	379	0.1332	7708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5105-2.5844	0.1728	426	0.1274	7612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5844-2.6677	0.1529	371	0.1199	7713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6677-2.763	0.1642	403	0.1197	7686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-2.8736	0.1525	365	0.1271	7727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8736-3.0042	0.1699	396	0.127	7633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0042-3.1625	0.1628	456	0.1277	7672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1625-3.3604	0.1637	385	0.132	7641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3604-3.6194	0.1505	416	0.1341	7664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6194-3.9829	0.144	369	0.1312	7712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9829-4.5575	0.1349	416	0.1228	7676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5575-5.7354	0.1538	389	0.1351	7644	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7354-29.957	0.1787	447	0.167	7576	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3409	0.0141	-0.1977	1.1806	0.2365	1.6102	-0.0044	-0.23	0.0339	0.201	0.0277	0.0077	-0.0321	-0.0201	-0.0281	0.2107	0.005	-0.0035	0.2069	0.0045	0.1916	27.0841	5.0095	58.8129
2	1.6618	-1.949	-0.4759	6.0733	1.8389	0.6943	-0.2374	-0.1555	-0.2298	0.3128	0.0892	0.1725	0.2838	-0.0017	0.1854	0.2164	-0.0097	0.0192	0.2277	0.0708	0.2472	18.4874	-15.7262	56.1548
3	1.306	-0.2487	-0.2328	1.1981	0.0897	0.8181	-0.0217	-0.0314	-0.2003	0.0703	-0.0043	0.1457	0.1001	-0.0999	0.0439	0.1909	-0.0158	0.008	0.2074	0.0258	0.2402	15.8788	-9.043	49.631
4	0.7713	0.1298	-0.3243	0.6947	-0.0619	2.09	0.022	-0.0094	0.0685	0.0224	0.0429	0.1306	-0.1471	-0.1779	-0.0416	0.1604	0.0166	-0.0035	0.1855	0.0262	0.2096	13.292	6.3656	41.8883
5	4.3783	-1.6162	0.1181	2.1866	-0.6528	3.0932	0.0037	-0.2426	-0.1721	0.132	0.0191	-0.1976	0.1175	0.3262	-0.0364	0.2117	0.013	-0.0048	0.1874	0.0191	0.2539	56.3882	-11.5712	51.4529
6	3.2939	-0.9632	1.621	1.2265	-0.5983	2.255	-0.0846	-0.2359	-0.0585	0.1411	0.0657	-0.1272	-0.0584	-0.0883	0.0144	0.2065	-0.0141	-0.0085	0.1664	0.0138	0.2239	47.8363	-1.9546	49.4105
7	1.6202	0.3649	1.5558	2.2386	1.7576	8.3739	-0.1133	-0.1442	0.0206	0.1434	0.0449	-0.063	-0.4383	0.1101	0.0492	0.1794	0.0099	-0.0008	0.1955	0.0037	0.2202	50.318	-0.7293	48.8856
8	5.8924	-2.8075	-0.0979	1.9573	-0.6172	1.1576	-0.1562	-0.4123	-0.2925	0.1042	0.1192	-0.5515	-0.0368	0.3255	0.0213	0.1571	-0.0128	-0.0142	0.2791	0.0137	0.3021	67.2591	-6.1332	47.7244
9	0.9339	-1.4096	-0.0925	4.5253	-0.5352	1.9205	-0.0314	-0.0236	0.2867	0.0185	-0.0082	-0.3036	-0.2882	0.26	0.0579	0.2771	-0.0887	0.0066	0.2721	-0.02	0.2907	59.8085	15.2512	41.0869
10	1.2838	-0.0998	-0.1319	1.2531	0.1789	1.0078	0.0343	0.0675	0.1301	-0.0756	-0.0247	-0.1425	-0.2171	0.1718	-0.0056	0.2246	-0.0454	0.0308	0.2231	0.0109	0.2418	57.5167	8.2943	34.4031
11	2.6809	1.079	1.2076	2.5189	-2.6089	5.2858	0.0798	0.2167	-0.5543	-0.3271	-0.0958	-0.5048	0.6353	0.4455	0.0507	0.2529	0.0441	0.0236	0.2605	-0.0598	0.3851	62.8909	-14.4339	30.6521
12	1.6054	-0.0475	0.4718	0.5791	-0.1666	0.6519	0.028	0.1528	-0.0978	-0.1106	-0.0079	-0.0743	0.0067	0.1048	-0.0163	0.2181	0.0026	0.036	0.226	-0.0257	0.2327	50.5158	-3.4915	26.0692
13	1.6104	-0.6993	0.7673	1.3925	-0.5184	1.6134	0.0704	0.3304	0.0276	-0.2896	-0.0188	0.1379	-0.0266	-0.1847	-0.064	0.2365	0	-0.045	0.3034	0.0296	0.168	13.5032	11.0817	8.1588
14	1.4051	-0.1845	-0.2507	0.8414	-0.031	1.2457	0.0176	0.2162	0.2302	-0.1712	0.0098	-0.0702	-0.2512	0.0676	-0.0239	0.3101	-0.0273	0.006	0.2555	0.0565	0.2269	27.6825	23.7762	15.1509
15	2.4748	0.9644	1.6598	3.0957	0.349	4.0648	-0.0676	-0.1568	0.1973	0.0903	-0.0268	0.4338	-0.1497	-0.6992	0.0667	0.2585	0.0528	0.0043	0.3464	0.0707	0.2809	5.438	20.418	26.729
16	0.6766	-0.1454	0.2377	0.857	-0.3861	1.3293	0.0159	0.0548	0.0687	-0.0466	0.0339	0.0326	-0.0982	-0.0737	-0.0505	0.1922	0.015	0.0031	0.1835	0.0199	0.1894	21.6748	15.2964	30.0209
17	1.1568	-0.2546	0.1187	1.3092	0.0147	2.0612	0.1994	0.5672	-0.2502	-0.5194	-0.0917	0.1307	0.2772	-0.0049	-0.0176	0.4147	0.0446	-0.0479	0.3999	-0.1149	0.2101	31.9608	-9.0564	2.7376
18	1.9415	0.1988	-0.2841	2.0131	-0.2464	2.0522	0.1345	0.2765	-0.6135	-0.2227	-0.0501	0.4471	0.6254	-0.4431	-0.0146	0.5902	-0.0703	-0.1476	0.4642	-0.1115	0.6246	25.6819	-24.4279	14.2747
19	1.3466	-0.4149	0.5083	1.5761	-0.6473	3.0498	0.2283	0.3845	-0.3673	-0.4881	-0.1039	0.0666	0.5221	0.2575	-0.0384	0.3476	0.0614	-0.0235	0.2503	-0.1186	0.3094	43.313	-19.5435	17.3535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 147 through 266 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 267 through 367 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 67 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 68 through 92 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 93 through 118 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 119 through 146 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 147 through 266 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 267 through 300 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 301 through 367 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 0 through 118 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 119 through 266 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 267 through 300 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 301 through 367 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 92 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 93 through 239 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 240 through 367 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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