PDB-6bun: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bun

タイトル

Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica

要素

Cyanuric acid amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorella thermoacetica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM095558	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis.
著者: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H.

履歴

登録	2017年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bun.cif.gz	580.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bun.ent.gz	475.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bun_validation.pdf.gz	487.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bun_full_validation.pdf.gz	498.3 KB	表示
XML形式データ	6bun_validation.xml.gz	64.1 KB	表示
CIF形式データ	6bun_validation.cif.gz	95.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bun	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bumC 6buoC 6bupC 6buqC 6burC 6cwjC 6dhjC 4nq3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6buo-d 4bvt-1 6cwj-d 6bum-d 6bur-d 4bvr-1 6buq-d 4bvs-1 4bvq-1 6dhj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyanuric acid amidohydrolase

B: Cyanuric acid amidohydrolase

C: Cyanuric acid amidohydrolase

D: Cyanuric acid amidohydrolase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, A,B,C,D

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.230, 89.330, 199.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Cyanuric acid amidohydrolase / CAH 分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4 変異: Q102A, E102A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア) 株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase

#1: タンパク質

Cyanuric acid amidohydrolase / CAH

分子量: 38484.652 Da / 分子数: 4
変異: Q102A, E102A, K107A, L279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073 / JCM 9320) (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase

-
非ポリマー , 5種, 1343分子

#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20%PEG3350, 100mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→89.33 Å / Num. obs: 139408 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.759 / Num. unique obs: 6814 / CC_1/2: 0.771 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13rc2_2981: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NQ3

4nq3

解像度: 1.78→81.524 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	1890	1.36 %
R_work	0.1478	-	-
obs	0.1481	139306	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→81.524 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10734	0	115	1312	12161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	14922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.511	6775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1976

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8281	0.2722	134	0.2408	10399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8281-1.8819	0.2349	140	0.2044	10452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8819-1.9427	0.2183	163	0.1758	10488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9427-2.0121	0.2102	140	0.1654	10453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0121-2.0927	0.1771	144	0.159	10494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0927-2.1879	0.197	157	0.1532	10501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1879-2.3033	0.1669	148	0.1441	10502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3033-2.4476	0.1574	151	0.1414	10515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4476-2.6366	0.1923	143	0.1453	10567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6366-2.902	0.1747	154	0.1483	10591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.902-3.3219	0.1771	148	0.1422	10615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3219-4.1852	0.1487	131	0.1248	10742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1852-81.61	0.1416	137	0.1401	11097	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9942	0.0864	-0.1363	1.088	-0.3077	1.5869	-0.0048	-0.1637	-0.0543	0.1794	0.0027	-0.0121	0.0485	0.0242	-0.0205	0.1026	0.0062	-0.0016	0.0856	0.0022	0.0907	12.955	-5.9047	58.7935
2	1.9328	-1.2077	1.0812	3.1498	-1.5635	2.3649	-0.0607	-0.0814	0.2256	0.1477	0.0128	-0.0755	-0.2225	0.0453	0.084	0.1093	-0.0291	0.0016	0.0911	-0.0324	0.1388	20.4555	13.5042	53.4598
3	1.1721	-0.304	0.0866	1.0488	-0.1528	0.849	0.0165	-0.0212	0.092	0.0516	-0.0238	-0.1795	-0.0504	0.1565	0.0125	0.0966	-0.0173	-0.0095	0.1256	-0.0107	0.1397	27.9851	5.8349	50.7684
4	1.0843	0.138	0.0319	0.7391	-0.2332	1.6799	0.0096	0.0109	-0.0948	-0.0197	-0.0304	-0.1309	0.0947	0.2006	0.0513	0.0829	0.0249	0.0083	0.1044	-0.0148	0.1286	28.1024	-6.9713	42.826
5	3.8143	-0.9627	-0.008	1.0864	0.2213	2.0092	0.0418	-0.0795	0.0596	0.0833	-0.0085	0.1124	-0.0759	-0.2323	-0.0347	0.1252	0.0138	0.012	0.0872	-0.0171	0.1521	-15.4942	11.1529	49.2009
6	3.6499	-0.9651	-1.8733	1.2927	0.269	3.3565	-0.1218	-0.2372	-0.1417	0.1489	0.0865	0.1135	0.1704	0.0622	0.0413	0.1158	-0.0018	-0.0029	0.0739	-0.0004	0.1325	-8.3281	-0.0115	49.7525
7	1.9376	-0.369	0.0282	0.7399	-0.0925	0.9411	-0.0459	-0.1395	-0.0406	0.0222	0.0227	0.1989	-0.033	-0.2453	0.0087	0.1071	0.0138	-0.0052	0.1407	-0.0247	0.1599	-19.1196	5.4512	42.2345
8	3.2641	-2.0901	0.1875	3.7684	-0.2914	1.6706	-0.0573	0.0256	-0.3381	0.1111	0.0286	0.2418	0.3221	-0.0965	0.0169	0.1866	-0.0477	0.0048	0.1277	-0.0063	0.1812	-15.3557	-14.5131	37.3658
9	3.3726	-0.9365	0.1219	3.0664	-0.3195	2.7544	-0.0307	0.2331	-0.2367	-0.0944	-0.0605	0.193	0.3697	-0.1302	0.0549	0.175	-0.0278	-0.015	0.1203	-0.0252	0.1619	-15.0938	-11.8851	29.0826
10	1.4631	-0.066	-0.4258	0.6826	0.1086	1.375	0.0246	0.1249	0.0771	-0.0733	-0.0014	0.1487	-0.0486	-0.1313	-0.0254	0.1162	0.0159	-0.0381	0.115	0.0131	0.1327	-13.9157	6.0625	26.8857
11	1.3292	-0.4335	-0.4631	1.1172	0.1378	1.352	0.0561	0.2982	-0.0018	-0.3226	-0.0379	-0.1694	0.107	0.2092	-0.0616	0.2403	0.0442	0.0731	0.281	-0.0301	0.137	30.7066	-11.2727	9.3156
12	4.7531	-1.6788	0.0883	2.1689	0.2306	1.5601	0.0848	0.4168	-0.2492	-0.276	-0.0817	0.1204	0.2259	-0.0292	0.0274	0.2933	-0.0198	0.0132	0.2153	-0.073	0.1354	12.502	-22.5838	10.3435
13	2.4951	-0.6094	0.2872	3.3244	-0.1999	2.1922	-0.0379	0.1322	-0.2854	-0.0875	0.0559	0.1216	0.3415	-0.1373	-0.007	0.221	-0.0135	0.021	0.1623	-0.0528	0.1455	12.8602	-25.376	18.381
14	0.9179	0.0452	-0.5355	0.8559	0.3073	1.7554	-0.0202	0.0714	-0.0811	-0.0888	0.0603	-0.1271	0.1888	0.2217	-0.0273	0.1707	0.0581	0.0165	0.1549	-0.0291	0.1406	27.2767	-19.2045	27.3895
15	0.9781	-0.3271	-0.3084	1.4487	-0.1074	1.8439	0.1531	0.4567	0.2042	-0.5796	-0.0861	-0.2097	-0.2253	0.0038	0.0457	0.3913	0.0376	0.0743	0.3091	0.0908	0.1516	11.5668	12.4252	1.4198
16	2.3831	0.7447	0.1868	2.2184	0.547	3.3554	0.2022	0.1011	0.2701	-0.1356	0.2217	-0.9166	-0.568	0.7718	-0.1252	0.3746	-0.1303	0.1105	0.3299	-0.0304	0.5935	19.9692	28.3796	17.251
17	1.0731	-0.1437	-0.3358	1.5288	-0.1405	2.1979	0.0735	0.2717	0.2702	-0.3163	-0.0133	0.0186	-0.2762	-0.1137	-0.0105	0.2057	0.0314	-0.0011	0.1619	0.0729	0.1797	0.3949	19.2817	16.2809

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:118 )	A	1 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 119:184 )	A	119 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 185:266 )	A	185 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 267:367 )	A	267 - 367
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 0:30 )	B	0 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 31:77 )	B	31 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 78:118 )	B	78 - 118
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 119:184 )	B	119 - 184
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 185:239 )	B	185 - 239
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 240:367 )	B	240 - 367
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 1:118 )	C	1 - 118
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 119:184 )	C	119 - 184
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 185:239 )	C	185 - 239
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 240:367 )	C	240 - 367
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 1:118 )	D	1 - 118
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 119:239 )	D	119 - 239
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 240:367 )	D	240 - 367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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