PDB-6bu2: Crystal structure of methylmalonyl-CoA epimerase from Mycobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bu2

タイトル

Crystal structure of methylmalonyl-CoA epimerase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Glyoxalase

キーワード

ISOMERASE / Epimerase Metal Binding Methylmalonate Pathway VOC superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

methylmalonyl-CoA epimerase activity / L-methylmalonyl-CoA metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.997 Å

データ登録者

Hughes, R.C. / Sacchettini, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of methylmalonyl-CoA epimerase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Hughes, R.C.

履歴

登録	2017年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bu2.cif.gz	129.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bu2.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bu2_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bu2_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	6bu2_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	6bu2_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jc5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yhm-d 4brs-2 2w2j-d 4btv-2 3c9a-1 4btv-1 3p2m-d 2x5x-d 2p2v-d 3gja-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyoxalase

B: Glyoxalase

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.379, 51.525, 53.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glyoxalase / methylmalonyl-CoA epimerase 分子量: 16408.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_07245 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A089QP00, UniProt: L7N6B1*PLUS, methylmalonyl-CoA epimerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→44.66 Å / Num. obs: 16637 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.158 / Num. unique obs: 827 / R_sym value: 0.138 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JC5

1jc5

解像度: 1.997→44.659 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2334	817	4.92 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1891	16612	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.997→44.659 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2267	0	5	53	2325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2303
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	3127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.746	1399
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9967-2.1218	0.2693	143	0.1992	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1218-2.2856	0.2492	152	0.1955	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2856-2.5156	0.285	115	0.2072	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5156-2.8795	0.2937	123	0.2195	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8795-3.6277	0.2436	134	0.1942	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6277-44.6697	0.1887	150	0.1613	2633	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9828	-0.1182	-0.817	6.2416	-1.593	4.8571	-0.3951	-1.0298	0.0455	0.2073	0.8253	0.0501	0.2986	0.1685	-0.3041	0.4176	0.0207	-0.0439	0.5198	-0.1258	0.3728	2.5019	-14.8044	3.7547
2	2.9829	-0.1284	-0.1172	5.4928	3.3613	5.5447	-0.0306	-0.1379	-0.3114	0.4423	-0.0412	-0.1259	0.4337	0.2334	0.0989	0.2359	0.0318	-0.0205	0.1797	0.0425	0.2595	14.122	0.0694	11.5892
3	4.0577	0.0113	-1.01	3.0675	-0.2035	3.4521	-0.1683	-0.2262	-0.1972	-0.233	0.0807	-0.2798	0.304	0.8207	0.0571	0.3071	0.0673	-0.017	0.3786	0.0094	0.2907	20.9532	-0.2556	17.7901
4	3.1527	0.3702	-0.8301	2.9634	-0.6909	3.8311	-0.0701	0.4457	1.0127	-0.7529	0.3421	0.0708	-0.5214	0.3092	-0.2592	0.3541	-0.1112	0.0223	0.3034	0.0578	0.428	18.6228	11.2064	11.3669
5	3.8529	-0.5163	-0.4008	1.6287	0.6099	4.2668	-0.0851	0.8914	-0.2628	-0.2265	0.5186	-0.1832	0.0431	0.4583	-0.2619	0.2328	-0.08	0.0193	0.354	-0.0489	0.2518	11.1448	-1.4774	-0.3564
6	4.7466	0.3199	-0.2095	4.6486	-0.6591	5.4521	0.0332	1.0046	0.2865	-0.3392	0.0503	-0.2802	-0.2056	0.4578	-0.1246	0.2269	-0.0296	0.007	0.3535	-0.013	0.2235	14.0897	3.4068	-2.3818
7	0.022	-0.1551	0.07	0.5961	-0.67	1.0062	-0.1188	0.1351	-0.3926	0.0176	-0.0624	-0.3332	0.4706	0.3078	0.1164	0.3239	0.1292	-0.012	0.3767	-0.0687	0.4651	21.1641	-7.8425	1.2755
8	6.7174	-0.5905	-1.2881	6.3804	2.6189	6.0887	-0.0034	0.8819	-0.0692	0.0484	0.402	0.195	-0.0104	-0.0011	-0.3879	0.4065	0.0417	-0.1082	0.4417	0.1331	0.3747	14.7639	-14.159	21.6959
9	1.8582	-0.6457	1.2849	3.9318	-2.4142	3.3662	-0.0241	0.0468	-0.1413	-0.0839	-0.1885	0.0734	0.2301	-0.0547	0.1133	0.2645	0.0035	0.0273	0.1364	0.0103	0.2907	1.9515	-0.3429	14.0538
10	4.2495	-0.6798	-0.8479	3.1846	0.161	2.1087	-0.056	0.778	-0.1476	-0.2594	0.1499	0.6287	0.1316	-0.4883	-0.0462	0.2552	-0.0419	-0.0645	0.3629	0.0081	0.3583	-5.0961	-1.2956	4.487
11	3.5406	-2.9827	-1.2117	7.0221	1.2603	4.3104	-0.1603	0.0753	0.0077	0.8794	-0.0818	0.5799	0.1238	-0.5573	0.2632	0.3768	-0.0797	0.085	0.2868	-0.0401	0.4469	-4.5091	-1.6345	13.0928
12	3.5508	2.1819	0.17	1.5923	-0.872	3.6995	-0.145	-0.3437	0.5292	0.462	0.3646	0.7121	-0.1552	-0.6922	-0.2549	0.2862	0.0622	0.0561	0.2788	0.0066	0.3883	-5.8823	6.7232	13.8183
13	5.2196	-3.1961	1.5707	4.0478	-2.4833	3.2753	0.0364	-0.1925	0.3021	0.1673	0.1229	0.3152	-0.6217	-0.5916	0.016	0.3331	0.0522	0.0112	0.2641	-0.0013	0.308	1.6002	8.0076	15.5845
14	3.9787	0.0965	-0.0391	2.9697	-0.1523	3.7291	0.0135	-0.9105	-0.0892	0.5682	0.0719	0.3184	0.1469	-0.4703	0.0231	0.3538	0.0589	0.0501	0.4316	0.0512	0.2238	2.7518	1.1545	29.578
15	5.4333	4.2195	-0.804	3.2074	-0.5776	0.1418	-0.2003	-0.0819	-0.5256	-0.1609	-0.0029	-0.1044	0.5257	-0.1869	0.3177	0.414	-0.1052	0.0619	0.3164	0.0083	0.3799	-5.5469	-8.5879	24.8028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 69 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 114 through 144 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 145 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 8 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 30 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 31 through 52 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 53 through 69 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 70 through 81 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 82 through 101 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 102 through 144 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 145 through 158 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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