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Yorodumi- PDB-6bu2: Crystal structure of methylmalonyl-CoA epimerase from Mycobacteri... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bu2 | ||||||
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Title | Crystal structure of methylmalonyl-CoA epimerase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components | GlyoxalaseGlyoxalase system | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Epimerase Metal Binding Methylmalonate Pathway VOC superfamily | ||||||
Function / homology | Function and homology information L-methylmalonyl-CoA metabolic process / methylmalonyl-CoA epimerase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.997 Å | ||||||
Authors | Hughes, R.C. / Sacchettini, J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of methylmalonyl-CoA epimerase from Mycobacterium tuberculosis Authors: Hughes, R.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bu2.cif.gz | 129.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bu2.ent.gz | 100.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bu2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bu2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1jc5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16408.912 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: LH57_07245 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A089QP00, UniProt: L7N6B1*PLUS, methylmalonyl-CoA epimerase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→44.66 Å / Num. obs: 16637 / % possible obs: 99.56 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Num. unique obs: 827 / Rsym value: 0.138 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1JC5 Resolution: 1.997→44.659 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / Phase error: 27.01 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.997→44.659 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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