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万見
- PDB-6bte: DNA Polymerase Beta I260Q Binary Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bte
タイトルDNA Polymerase Beta I260Q Binary Complex
要素
  • DNA Downstream Strand
  • DNA Primer Strand
  • DNA Template Strand
  • DNA polymerase beta
キーワードTRANSFERASE / LYASE/DNA / Lyase / DNA complex / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / pyrimidine dimer repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / pyrimidine dimer repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / microtubule / in utero embryonic development / response to ethanol / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / Ub-specific processing proteases / lyase activity / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Eckenroth, B.E. / Doublie, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA080830 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: I260Q DNA polymerase beta highlights precatalytic conformational rearrangements critical for fidelity.
著者: Liptak, C. / Mahmoud, M.M. / Eckenroth, B.E. / Moreno, M.V. / East, K. / Alnajjar, K.S. / Huang, J. / Towle-Weicksel, J.B. / Doublie, S. / Loria, J.P. / Sweasy, J.B.
履歴
登録2017年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
T: DNA Template Strand
P: DNA Primer Strand
D: DNA Downstream Strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0429
ポリマ－47,7074
非ポリマー3355
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.942, 80.568, 55.133
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase beta


分子量: 38256.645 Da / 分子数: 1 / 変異: I260Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3
参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

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DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖 DNA Template Strand


分子量: 4853.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA Primer Strand


分子量: 3061.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA Downstream Strand


分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 432分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18-20% PEG 3350, 175-250 mM sodium acetate, 50 mM HEPES pH 7.5, 2 mM TCEP, 1% tert-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2014年6月27日 / 詳細: Helios MX mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→18.96 Å / Num. obs: 40534 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 15.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 3254 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.194 / Rrim(I) all: 0.327 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTv2016.9-0データ削減
SAINTv2016.9-0データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ISB

3isb


解像度: 2.2→18.96 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 4030 9.94 %
Rwork0.1852 --
obs0.1896 40534 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 59 Å2 / Biso mean: 18.9345 Å2 / Biso min: 4.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→18.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2554 631 5 427 3617
Biso mean--24.09 24.19 -
残基数----355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4644629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5881300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection Rfree: 10 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.27850.27733070.2451274772.1
2.2785-2.36960.27164080.2379362595.1
2.3696-2.47720.29944040.2235367297.2
2.4772-2.60750.29124040.2118377698.1
2.6075-2.77040.25244190.2102373498.2
2.7704-2.98350.24313960.2009376898.3
2.9835-3.28240.25474130.2032378199.5
3.2824-3.75420.2054200.16483820100
3.7542-4.71780.17614180.14173807100
4.7178-18.960.17834410.1452377499.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26780.18350.42211.28340.11281.60990.03360.06730.0008-0.1337-0.02-0.0576-0.06220.0038-0.02170.1160.00940.0270.1364-0.00430.09873.6632-8.554261.0032
20.8624-0.02510.06470.80840.25121.38150.0577-0.16540.07630.08840.0029-0.1125-0.0206-0.0121-0.02890.08660.00610.00070.06690.00010.1043-7.77194.616776.8555
31.15460.24470.5921.23790.05821.9213-0.0951-0.08260.15930.13890.00010.0137-0.3469-0.25260.02690.10780.03950.0050.0924-0.02950.1271-21.823314.144673.7616
41.6366-0.0797-0.42161.39510.1691.9992-0.06460.0852-0.0416-0.05720.0271-0.0481-0.12860.06060.0360.12960.0007-0.01380.1269-0.01070.1096-13.71128.286450.86
53.4421.2388-1.46040.4506-0.62111.6421-0.19410.26130.46270.30270.337-0.0914-0.16290.4889-0.16790.27780.0740.07750.39680.03290.240111.30287.469749.1684
60.9796-0.1044-0.13110.8444-0.59990.48220.1618-0.20880.31170.0483-0.1561-0.4502-0.15720.0606-0.08330.2024-0.0479-0.02570.1446-0.02940.2842-1.725822.746467.6719
70.3748-0.71010.12111.81010.06080.2990.1161-0.21220.3183-0.9563-0.4609-0.2763-0.166-0.01970.13310.301-0.01210.03190.1203-0.00470.2834-0.916723.270668.0086
81.0345-0.82380.01334.9771-3.01912.0920.60520.43370.319-0.93520.15040.15480.0245-0.14730.16450.30830.02710.11030.30.13410.23088.01720.496649.1809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 79 )A10 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 80 through 190 )A80 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 191 through 261 )A191 - 261
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 262 through 335 )A262 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resid 1 through 5 )T1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'T' and (resid 6 through 16 )T6 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 1 through 10 )P1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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