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- PDB-6bsx: CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bsx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RESOLUTION
要素GTP-binding protein Rheb
キーワードSIGNALING PROTEIN / mTORC1 G-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Macroautophagy / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / small GTPase-mediated signal transduction / protein kinase activator activity / oligodendrocyte differentiation ...regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Macroautophagy / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / small GTPase-mediated signal transduction / protein kinase activator activity / oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / cellular response to nutrient levels / positive regulation of TOR signaling / regulation of macroautophagy / endomembrane system / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Metabolic Genes / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spliceosomal complex / GDP binding / postsynaptic density / regulation of cell cycle / lysosomal membrane / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)methanol / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein Rheb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Mahoney, S.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A small molecule inhibitor of Rheb selectively targets mTORC1 signaling.
著者: Mahoney, S.J. / Narayan, S. / Molz, L. / Berstler, L.A. / Kang, S.A. / Vlasuk, G.P. / Saiah, E.
履歴
登録2017年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein Rheb
B: GTP-binding protein Rheb
C: GTP-binding protein Rheb
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,00424
ポリマ－80,9444
非ポリマー3,05920
水9,800544
1
A: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0016
ポリマ－20,2361
非ポリマー7655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0016
ポリマ－20,2361
非ポリマー7655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0016
ポリマ－20,2361
非ポリマー7655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GTP-binding protein Rheb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0016
ポリマ－20,2361
非ポリマー7655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.370, 49.720, 70.970
Angle α, β, γ (deg.)89.990, 77.700, 89.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
GTP-binding protein Rheb / Ras homolog enriched in brain


分子量: 20236.045 Da / 分子数: 4 / 断片: RHEB VCID 10367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHEB, RHEB2 / プラスミド: PEMB32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15382

-
非ポリマー , 6種, 564分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-E7S / (5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)methanol


分子量: 176.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.8
詳細: 28% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.8, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 73559 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.09
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_1883精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTQ

1xtq


解像度: 1.65→29.264 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 1989 2.71 %
Rwork0.1973 --
obs0.1986 73526 92.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65 Å2 / Biso mean: 22.5096 Å2 / Biso min: 7.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→29.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5235 0 200 544 5979
Biso mean--26.59 31.05 -
残基数----676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0165602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5087612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5142003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.69130.31421410.27525107524893
1.6913-1.7370.3131420.255151529393
1.737-1.78810.28911420.24085175531794
1.7881-1.84580.30751430.22095188533193
1.8458-1.91180.27431470.20645124527194
1.9118-1.98830.21541410.20115134527593
1.9883-2.07880.2581430.19955111525493
2.0788-2.18830.26351480.1925122527093
2.1883-2.32540.24871420.18525093523593
2.3254-2.50480.28061440.18865115525993
2.5048-2.75670.26421430.20495101524492
2.7567-3.15520.24281380.20165077521592
3.1552-3.97370.20011400.17325025516591
3.9737-29.26830.20971350.18965014514991
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0639-0.002-0.13610.0309-0.00610.01610.00630.067-0.038-0.0021-0.0612-0.0701-0.0055-0.0129-0.00380.15280.01190.0260.1177-0.01450.195-21.3272-20.539-49.3541
20.16180.10830.05130.12980.09460.0949-0.0494-0.18490.04360.06880.0355-0.1025-0.00420.02860.00030.12410.00110.00080.1462-0.0010.1307-23.1857-8.9983-35.9425
30.0196-0.02080.03770.0425-0.0620.02880.064-0.0159-0.10380.1432-0.0354-0.0754-0.0329-0.0433-00.1531-0.00090.01140.15470.01150.2484-21.3849-21.6347-41.5277
40.0949-0.0175-0.01840.00880.02710.01290.0553-0.1064-0.32650.2237-0.0588-0.1114-0.0005-0.07970.00010.1357-0.0033-0.00430.11880.01230.2596-22.4879-23.5213-46.0589
50.07570.0162-0.0760.0062-0.01770.08440.12040.39370.2867-0.07860.14710.0372-0.60010.0190.06850.26730.1140.1537-0.8602-0.00910.4209-20.3021.0921-49.9813
60.03330.00030.15840.0632-0.03570.24020.1296-0.0440.2598-0.14590.0083-0.35490.04820.09370.00960.14070.03030.06620.10780.01140.1962-23.677-8.4281-50.2743
70.43340.16990.0220.1745-0.06910.37870.07060.15240.3963-0.2386-0.14160.088-0.26730.0294-0.09390.1775-0.00660.03560.1470.07920.1105-27.986-1.0601-53.6468
80.0679-0.02670.04360.018-0.01570.0205-0.08640.00810.052-0.12210.02150.17460.1739-0.09160.00010.1973-0.0151-0.00370.12960.01230.145-29.1816-11.8143-53.5041
90.1446-0.26780.02860.3137-0.09290.0468-0.06360.0298-0.0449-0.0090.02320.1431-0.02970.00060.0020.09840.01050.00890.15130.00560.1707-40.0495-4.2706-44.7975
100.30690.15640.10430.1861-0.10380.1062-0.1019-0.0513-0.1092-0.03550.06450.07750.0026-0.0509-0.01050.1204-0.00890.01840.10690.02830.1616-33.2422-17.1766-45.9098
110.46230.10260.16070.0658-0.02440.18510.00440.1023-0.1046-0.05630.02660.195-0.0346-0.0109-0.00390.1269-0.00840.01570.12060.00280.1477-7.190310.3545-48.6424
120.79650.3286-0.18390.371-0.20090.21260.06020.06990.01590.024-0.05870.2047-0.0062-0.0032-0.01720.102-0.00780.00990.1002-0.00720.1392-8.675612.4003-46.6345
130.22530.0337-0.18540.0250.0750.18190.2169-0.13250.3310.2004-0.0210.1379-0.22120.02850.01630.1698-0.00860.02940.1361-0.0390.1129-2.507824.1058-37.9457
140.34060.29830.09040.29050.20820.1519-0.0084-0.03430.03090.04520.0231-0.1211-0.01560.07920.02740.1113-0.01060.00110.1415-0.00830.15016.155718.3648-44.0192
150.3743-0.20370.06930.1659-0.050.0167-0.09450.0055-0.1792-0.02160.0857-0.10430.02480.07240.00870.15290.00630.01130.139-0.03240.15552.37077.5389-45.2716
160.0041-0.01710.04890.05430.02160.02420.04260.04250.1144-0.1207-0.01510.11070.0606-0.06860.01130.12020.0085-0.03660.10250.0480.3071-26.475121.5754-14.7409
170.16650.03450.01580.0442-0.09690.1756-0.101-0.22250.1053-0.04210.07160.15470.0295-0.03710.01190.1093-0.00390.01170.1535-0.02670.1923-24.74459.4516-1.6188
180.2649-0.04630.03220.0456-0.2010.37830.0530.01130.0405-0.0066-0.00510.39560.09360.01690.00520.13650.0104-0.03260.12080.00620.3051-26.377816.9271-11.2055
190.1210.0129-0.11740.27880.30570.47450.07340.0166-0.0719-0.1094-0.05730.2084-0.054-0.0889-0.00020.13290.0177-0.04660.1219-0.00760.1738-21.19656.9267-17.307
200.49050.28820.03590.38080.10050.3935-0.0186-0.06650.21540.015-0.0249-0.04930.04290.1069-0.02540.10790.0043-0.01070.1232-0.01350.1364-11.624112.4364-10.5941
210.33660.1895-0.1460.1740.10530.210.00640.17390.3372-0.0939-0.0714-0.3060.12560.1835-0.01250.0858-0.0309-0.02470.10390.01430.26838.6622-8.8408-13.8314
220.0440.019-0.05430.0274-0.0480.01230.01210.29360.1251-0.0664-0.0456-0.3665-0.05280.1790.00010.14230.01370.04770.21670.00110.215212.0073-16.5262-22.7669
230.36470.06330.08390.02090.12230.3530.02510.01480.0260.0326-0.0432-0.32560.0690.02240.01210.12250.0096-0.02470.1014-0.01010.30310.83-8.9007-10.7036
240.16840.0503-0.19390.26840.00550.22160.2220.2676-0.13860.1829-0.0911-0.6610.1350.1344-0.00920.1178-0.0436-0.08960.04610.01550.24048.6287-15.3208-6.3455
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270.0455-0.0241-0.0070.02170.03910.0565-0.09590.1972-0.0982-0.0030.10150.11640.0908-0.1216-0.01320.1322-0.0119-0.00970.1572-0.00370.0729-7.5457-21.6595-19.9717
280.2209-0.19140.01750.24330.02720.06630.0043-0.02770.17820.00830.0340.08730.0003-0.10010.00010.1364-0.0113-0.00370.13820.00410.1222-5.9268-15.2282-8.7833
290.0609-0.0881-0.01010.1379-0.00090.0280.013-0.01580.3511-0.0206-0.0106-0.0787-0.2663-0.22940.00530.16190.0048-0.03870.14710.02570.30380.4736-3.6125-9.2286
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315.9718-0.03094.33176.7154.08596.442-0.1197-0.0204-0.00180.06220.0339-0.1082-0.0218-0.16130.16820.2198-0.0820.09190.48630.1770.3219-17.4262-6.6778-49.8919
320.05480.0427-0.0740.0366-0.06270.0870.0230.36410.1393-0.00170.0636-0.01490.04450.15180.10880.2256-0.0151-0.00780.2140.02720.0674-3.139620.2398-56.5241
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360.0917-0.02360.04220.0075-0.01590.01710.10740.355-0.05260.0363-0.0419-0.0512-0.1471-0.08070.00010.1779-0.00690.02980.1903-0.01530.11494.7711-19.2182-21.8064
372.7521-2.6228-2.71822.61722.52072.7273-0.26930.0482-0.0265-0.28510.109-0.23480.3158-0.33480.1670.20730.0195-0.04450.7455-0.05340.350214.6195-17.7274-6.7038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION10
2X-RAY DIFFRACTION20
3X-RAY DIFFRACTION30
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5X-RAY DIFFRACTION50
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35X-RAY DIFFRACTION350
36X-RAY DIFFRACTION360
37X-RAY DIFFRACTION370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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