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- PDB-6bsx: CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RES... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bsx | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF RHEB IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 AT 1.65A RESOLUTION | ||||||
![]() | GTP-binding protein Rheb | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / mTORC1 G-protein | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Macroautophagy / protein kinase activator activity / oligodendrocyte differentiation ...regulation of type B pancreatic cell development / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / negative regulation of cold-induced thermogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Macroautophagy / protein kinase activator activity / oligodendrocyte differentiation / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of TOR signaling / endomembrane system / cellular response to nutrient levels / regulation of macroautophagy / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Metabolic Genes / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / spliceosomal complex / GDP binding / postsynaptic density / regulation of cell cycle / Golgi membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mahoney, S.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: A small molecule inhibitor of Rheb selectively targets mTORC1 signaling. Authors: Mahoney, S.J. / Narayan, S. / Molz, L. / Berstler, L.A. / Kang, S.A. / Vlasuk, G.P. / Saiah, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 299.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 240.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5yxhC ![]() 6bt0C ![]() 1xtqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 20236.045 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RHEB VCID 10367 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 564 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/E7S.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/E7S.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-GDP / #5: Chemical | ChemComp-E7S / ( #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / pH: 8.8 Details: 28% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.8, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 73559 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.09 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1XTQ Resolution: 1.65→29.264 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 28.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65 Å2 / Biso mean: 22.5096 Å2 / Biso min: 7.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→29.264 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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