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- PDB-6bsn: Structure of proline utilization A (PutA) with proline bound in r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bsn
タイトルStructure of proline utilization A (PutA) with proline bound in remote sites
要素Bifunctional protein PutA
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / proline biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site ...Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / PROLINE / Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Korasick, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061068 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Substrate Inhibition of Proline Utilization A by Proline.
著者: Korasick, D.A. / Pemberton, T.A. / Arentson, B.W. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2017年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PutA
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,28827
ポリマ－215,3322
非ポリマー3,95625
水12,953719
1
A: Bifunctional protein PutA
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein PutA
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,57554
ポリマ－430,6634
非ポリマー7,91250
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area27600 Å2
ΔGint-474 kcal/mol
Surface area131620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.757, 194.210, 108.738
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...
21(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A4 - 123
121(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A131 - 145
131(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A147 - 182
141(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A183 - 184
151(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A1 - 2001
161(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A1 - 2001
171(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A1 - 2001
181(chain A and (resid 4 through 123 or resid 131...A1 - 2001
211(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...B4 - 51
221(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...B55 - 63
231(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...B64
241(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...B4 - 2002
251(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...B4 - 2002
261(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...B4 - 2002
271(chain B and (resid 4 through 51 or resid 55...B4 - 2002

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional protein PutA


分子量: 107665.781 Da / 分子数: 2 / 変異: C792A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (根粒菌)
株: JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110 / 遺伝子: putA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89E26
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物
ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.02 Å / Num. obs: 311518 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.31 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Num. unique obs: 7418 / CC1/2: 0.649 / Rpim(I) all: 0.563 / Rrim(I) all: 0.975 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3haz

3haz


解像度: 2.15→47.019 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 15658 5.03 %
Rwork0.2086 --
obs0.2102 158149 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.63 Å2 / Biso mean: 39.6665 Å2 / Biso min: 17.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→47.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14521 0 240 719 15480
Biso mean--49.21 37.3 -
残基数----1947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8920517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9159095
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8849X-RAY DIFFRACTION5.656TORSIONAL
12B8849X-RAY DIFFRACTION5.656TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.17440.37894530.31978874932787
2.1744-2.20.32344520.31728785923788
2.2-2.22690.35754680.31399170963891
2.2269-2.2550.38085790.333696341021397
2.255-2.28470.29935060.2637100411054799
2.2847-2.3160.28855200.24711003910559100
2.316-2.34910.28684760.2498992510401100
2.3491-2.38420.28435070.24091003810545100
2.3842-2.42140.28986250.24511001610641100
2.4214-2.46110.3115740.2482998110555100
2.4611-2.50350.28564680.24451001010478100
2.5035-2.54910.25974730.22581006910542100
2.5491-2.59810.25174960.22611004110537100
2.5981-2.65110.27525280.24171006910597100
2.6511-2.70880.30155210.250198921041399
2.7088-2.77180.28665000.23291007810578100
2.7718-2.84110.275640.2295992710491100
2.8411-2.91790.24875610.221899871054899
2.9179-3.00370.28075110.226199021041399
3.0037-3.10070.275270.2378100241055199
3.1007-3.21140.25165560.222398921044899
3.2114-3.340.23945250.224699671049299
3.34-3.4920.22434950.203298821037799
3.492-3.6760.22155390.193699161045599
3.676-3.90620.20015530.174299191047299
3.9062-4.20760.20295200.165599401046099
4.2076-4.63070.18375890.154899281051799
4.6307-5.30.19025230.1699361045999
5.3-6.67440.21225230.184799831050699
6.6744-47.02990.18565260.181899951052199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.434-0.08360.10340.7501-0.24660.3312-0.0305-0.0606-0.03890.13380.05120.1251-0.07990.0458-0.02220.2343-0.00610.05080.24750.01570.18783.2862-7.9002-26.9688
20.44750.0918-0.08570.7752-0.24550.3493-0.03680.08980.1839-0.14110.06840.12910.07020.0735-0.02970.2410.0114-0.07460.29360.05580.31123.102143.6479-65.4979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not resname FDAA0
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not resname FDAB0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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