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- PDB-6bsb: Crystal structure of the Mucin-1 SEA domain, L1105M mutant, Selen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bsb
タイトルCrystal structure of the Mucin-1 SEA domain, L1105M mutant, Selenium-derivative
要素(Mucin-1) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SEA domain Autoproteolysis MUC1
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription coregulator activity / Golgi lumen / p53 binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / vesicle / apical plasma membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #600 / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Noguera, M.E. / Jakoncic, J. / Ermacora, M.R.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
National University of Quilmes アルゼンチン
ANPCYT アルゼンチン
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: High-resolution structure of intramolecularly proteolyzed human mucin-1 SEA domain.
著者: Noguera, M.E. / Jakoncic, J. / Ermacora, M.R.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucin-1
B: Mucin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9312
ポリマ－12,9312
非ポリマー00
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.700, 43.700, 79.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Mucin-1 / MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma- ...MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma-associated mucin / Episialin / H23AG / Krebs von den Lungen-6 / KL-6 / PEMT / Peanut-reactive urinary mucin / PUM / Polymorphic epithelial mucin / PEM / Tumor-associated epithelial membrane antigen / EMA / Tumor-associated mucin


分子量: 6754.366 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA domain, N-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC1, PUM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15941
#2: タンパク質 Mucin-1 / MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma- ...MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma-associated mucin / Episialin / H23AG / Krebs von den Lungen-6 / KL-6 / PEMT / Peanut-reactive urinary mucin / PUM / Polymorphic epithelial mucin / PEM / Tumor-associated epithelial membrane antigen / EMA / Tumor-associated mucin


分子量: 6176.623 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA domain, C-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC1, PUM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15941
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Native crystals (see related entry) were used as seeds in a drop of 1:1 mix of the SeMet-derivative (9 mg/ml in 10 mM Tris-Cl, pH 7.4) and reservoir solution (0.1 M sodium acetate trihydrate ...詳細: Native crystals (see related entry) were used as seeds in a drop of 1:1 mix of the SeMet-derivative (9 mg/ml in 10 mM Tris-Cl, pH 7.4) and reservoir solution (0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.75 M sodium chloride, 0.2 M ammonium sulfate).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日
放射モノクロメーター: Si (111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 22032 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.832 % / Biso Wilson estimate: 19.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 20.22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.73.6690.4922.1933470.7530.57789.6
1.7-1.85.2170.3294.3929480.920.36799.7
1.8-1.97.7560.2438.1423810.9780.261100
1.9-27.9580.16912.1619030.9880.181100
2-2.27.8920.10619.0528340.9950.113100
2.2-2.47.8980.07924.2619810.9970.085100
2.4-2.57.8340.06428.757590.9980.069100
2.5-2.87.7960.05732.5817070.9980.061100
2.8-37.7440.04638.927620.9990.049100
3-3.57.5750.03745.1612790.9990.039100
3.5-47.5380.03252.157160.9990.034100
4-57.640.02855.9969710.03100
5-67.9320.02752.742940.9990.029100
6-97.9320.02655.063100.9990.028100
9-107.9350.02658.13310.9990.027100
10-127.7630.02662.12380.9990.028100
12-157.8440.02657.47320.9990.028100
15-207.0770.03160.43130.9990.033100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2306精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.147 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 24.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2217 626 5.25 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.177 11913 98.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.86 Å2 / Biso mean: 25.4238 Å2 / Biso min: 10.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→19.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数863 0 0 64 927
Biso mean---30.8 -
残基数----106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8921223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.079327
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6001-1.7610.30281550.23352614276993
1.761-2.01560.24921630.185228102973100
2.0156-2.53850.22171360.177428773013100
2.5385-19.14870.20261720.16329863158100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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