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- PDB-6brq: Crystal structure of rice ASK1-D3 ubiquitin ligase complex crysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6brq
タイトルCrystal structure of rice ASK1-D3 ubiquitin ligase complex crystal form 3
要素
  • F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
  • SKP1-like protein 1A
キーワードLIGASE / Ubiquitin ligase / F-box
機能・相同性
機能・相同性情報


bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / cuticle development / phragmoplast / auxin polar transport / jasmonic acid mediated signaling pathway ...bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / cuticle development / phragmoplast / auxin polar transport / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to light stimulus / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SKP1-like protein 1A / F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Shabek, N. / Zheng, N. / Mao, H. / Hinds, T.R. / Ticchiarelli, F. / Leyser, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural plasticity of D3-D14 ubiquitin ligase in strigolactone signalling.
著者: Shabek, N. / Ticchiarelli, F. / Mao, H. / Hinds, T.R. / Leyser, O. / Zheng, N.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
A: SKP1-like protein 1A
D: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
C: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,4104
ポリマ－187,4104
非ポリマー00
水00
1
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
A: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7052
ポリマ－93,7052
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
2
D: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
C: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7052
ポリマ－93,7052
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.908, 113.306, 92.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / F-box and leucine-rich repeat MAX2 homolog / Protein DWARF 3


分子量: 75828.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: D3, Os06g0154200, LOC_Os06g06050, OSJNBa0085L11.6-1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q5VMP0
#2: タンパク質 SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1


分子量: 17876.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q39255
配列の詳細TEV cleavage sequence (ENLYFQS) was introduced to replace the following: ...TEV cleavage sequence (ENLYFQS) was introduced to replace the following: EQPCSVANGTTTECDPEDDELGEVYESAAKKCRYMEFDD

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 150 mM Tris-HCL, pH 7.4, 22% MPD, 22% PEG1000, 22% P3350, 15 mM Sodium Citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 0.45 M 1,6-Hexanediol, 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→91.71 Å / Num. obs: 31045 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.99→3.09 Å / Num. unique all: 1544 / Rsym value: 0.658

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.99→91.71 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 1582 RANDOM
Rwork0.22 --
原子変位パラメータBiso max: 133.2 Å2 / Biso mean: 65.5451 Å2 / Biso min: 40.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→91.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10771 0 0 0 10771
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.09 Å / Rfactor Rfree: 0.307 / Rfactor Rwork: 0.298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.642-0.10430.09720.0812-0.06650.48340.01420.04390.0313-0.02140.00120.0255-0.07370.0835-0.01550.0408-0.0017-0.05240.07720.00850.2728-36.114233.0042-38.2826
20.17960.2616-0.23483.95271.29631.2108-0.09550.1185-0.00110.0324-0.0448-0.03380.1434-0.31610.14020.0788-0.0441-0.05430.1725-0.010.2064-65.85216.5427-42.1818
30.50.1805-0.02730.1726-0.23820.63510.0042-0.0499-0.0541-0.0074-0.00030.01170.02940.0492-0.00380.030.0013-0.06130.07610.00430.2812.31228.3515-0.1105
41.4147-0.31880.21712.82930.12040.5268-0.1472-0.3136-0.09430.33970.1943-0.0157-0.1902-0.2219-0.04720.16220.1068-0.04250.14550.04440.0958-26.577723.24564.1711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B15 - 693
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3D13 - 720
4X-RAY DIFFRACTION4C23 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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