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万見
- PDB-6brj: DDR1 bound to VX-680 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6brj
タイトルDDR1 bound to VX-680
要素Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation ...protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / smooth muscle cell migration / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / collagen binding / lactation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / embryo implantation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein autophosphorylation / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VX6 / Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.231 Å
データ登録者Georghiou, G. / Seeliger, M.A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM119437 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM108904 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM121505 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA58530 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: What Makes a Kinase Promiscuous for Inhibitors?
著者: Hanson, S.M. / Georghiou, G. / Thakur, M.K. / Miller, W.T. / Rest, J.S. / Chodera, J.D. / Seeliger, M.A.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 2.02023年4月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_fragment / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7172
ポリマ－39,2531
非ポリマー4651
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.500, 75.400, 77.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Epithelial discoidin domain-containing receptor 1 / Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase ...Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase / Discoidin receptor tyrosine kinase / HGK2 / Mammary carcinoma kinase 10 / MCK-10 / Protein-tyrosine kinase 3A / Protein-tyrosine kinase RTK-6 / TRK E / Tyrosine kinase DDR / Tyrosine-protein kinase CAK


分子量: 39252.844 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain, residues 526-876 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1, CAK, EDDR1, NEP, NTRK4, PTK3A, RTK6, TRKE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-VX6 / CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE / VX-680


分子量: 464.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N8OS / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 18% PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.231→48.111 Å / Num. obs: 17935 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.231→2.2913 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Num. unique obs: 1645 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.265 / Rrim(I) all: 0.622 / % possible all: 93.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
Cootモデル構築
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BKJ

4bkj


解像度: 2.231→48.111 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 1806 10.07 %
Rwork0.1849 --
obs0.1887 17935 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.231→48.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 33 105 2288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0423032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.809812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.231-2.29130.30831270.24651121X-RAY DIFFRACTION91
2.2913-2.35870.26791310.21911221X-RAY DIFFRACTION99
2.3587-2.43480.25721430.22141225X-RAY DIFFRACTION100
2.4348-2.52190.2481300.20561225X-RAY DIFFRACTION100
2.5219-2.62280.23931420.19621226X-RAY DIFFRACTION100
2.6228-2.74220.21881420.19281232X-RAY DIFFRACTION100
2.7422-2.88670.21611390.18271246X-RAY DIFFRACTION100
2.8867-3.06760.26241420.19771231X-RAY DIFFRACTION100
3.0676-3.30440.23891330.17641249X-RAY DIFFRACTION100
3.3044-3.63680.18461430.17341267X-RAY DIFFRACTION100
3.6368-4.16280.19951360.161254X-RAY DIFFRACTION100
4.1628-5.24370.18921440.15941278X-RAY DIFFRACTION100
5.2437-48.12250.23921540.20381354X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.24961.09441.77776.81174.71936.23350.1052-0.14530.08740.6174-0.32390.33710.4611-0.09170.2350.4643-0.0436-0.03440.31190.08890.3672-21.7064-7.15026.6502
28.7846-5.1764-2.84045.69571.4465.2464-0.1406-0.34380.01860.16250.2648-0.24640.03380.3803-0.05030.44640.0252-0.04360.23590.04170.2355-21.8553-5.37416.2527
38.6235-2.8379-4.41735.86823.38133.053-0.6302-0.14970.25330.57960.32950.21060.6735-0.01670.33530.28650.0645-0.03520.27710.02190.3387-33.03154.09613.5906
43.29470.6196-0.27951.4747-0.11722.3675-0.0068-0.1201-0.31690.03620.00420.02260.22810.08320.00580.26120.0318-0.01360.2217-0.03180.2491-17.54684.1837-8.3176
53.8720.70431.33035.63911.72181.45770.1949-0.1511-0.02790.5891-0.11820.01770.3747-0.1082-0.05280.2634-0.03990.01530.31080.0190.1709-18.768614.29946.5397
63.49810.4772-0.45623.35421.2053.16920.0895-0.20230.3490.10560.00390.1731-0.20370.0849-0.0850.1848-0.03230.03830.1873-0.0090.2194-13.490724.4983-4.912
77.0931-0.75660.70493.93342.30844.3798-0.00360.45920.6017-0.37960.02350.0371-0.43690.0821-0.06060.31820.0040.01790.2580.0630.2125-15.531725.7901-15.7292
88.7437-1.303-5.83916.19331.23953.93810.21540.6892-0.2713-0.8322-0.2842-0.1312-0.2528-0.03110.12480.43070.0443-0.03380.3784-0.01270.264-13.87914.5611-23.8669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 568 through 584 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 585 through 625 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 626 through 641 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 642 through 745 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 746 through 769 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 770 through 840 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 841 through 860 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 861 through 876 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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