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- PDB-6bqz: Crystal Structure of Tyrosine-tRNA Synthetase from Acinetobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bqz
タイトルCrystal Structure of Tyrosine-tRNA Synthetase from Acinetobacter baumannii with bound L-Tyrosine
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Tyrosine--tRNA ligase / Acinetobacter baumannii / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 2 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. ...Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 2 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / RNA-binding S4 domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TYROSINE / Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Tyrosine-tRNA Synthetase from Acinetobacter baumannii with bound L-Tyrosine
著者: Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
B: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0637
ポリマ－90,5932
非ポリマー4705
水2,090116
1
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5023
ポリマ－45,2961
非ポリマー2052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5614
ポリマ－45,2961
非ポリマー2653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.260, 49.800, 73.370
Angle α, β, γ (deg.)87.650, 107.110, 113.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 45296.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: tyrS, A7A59_01455, A7A65_06465, A7M79_16285, A7M90_19385, A7N09_15205, APD06_07635, APD31_16655, B9X91_04915, B9X95_11600, BGC29_18795, BWP00_10095, CAS83_08605, CBI29_00001, IX87_14380, LV38_03496
プラスミド: AcbaC.01032.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A086HYS2, UniProt: B0VML7*PLUS, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20.0 mg/mL AcbaC.01032.a.B2.PW38226 in 3 mM L-Tyr, magnesium chloride, AMPPNP, 1:1 with MCSG1(b7) (0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate:HCl, pH 5.6, 25.5% w/v PEG4000, 15% v/v ...詳細: 20.0 mg/mL AcbaC.01032.a.B2.PW38226 in 3 mM L-Tyr, magnesium chloride, AMPPNP, 1:1 with MCSG1(b7) (0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate:HCl, pH 5.6, 25.5% w/v PEG4000, 15% v/v glycerol), Tray: 291066b7, puck: ikf2-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月11日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.624 Å / Num. obs: 25961 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.904 % / Biso Wilson estimate: 37.71 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 11.87 / Num. measured all: 101357 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.363.9710.5592.937486194218850.9270.64697.1
2.36-2.423.9710.4063.767425192618700.9570.4797.1
2.42-2.493.9720.3394.337137183417970.9690.39298
2.49-2.573.9790.2595.417007181017610.9760.397.3
2.57-2.663.9650.2296.026769173717070.9780.26598.3
2.66-2.753.9630.1946.86607169316670.9820.22598.5
2.75-2.853.9510.1498.366354164316080.9880.17297.9
2.85-2.973.9580.1239.946055155715300.9910.14298.3
2.97-3.13.9250.10411.65786149014740.9920.1298.9
3.1-3.253.8990.08214.155533144414190.9930.09698.3
3.25-3.433.8790.06816.015194136313390.9950.07998.2
3.43-3.643.8380.06717.094951130412900.9940.07898.9
3.64-3.893.7550.05718.84487120911950.9950.06798.8
3.89-4.23.8270.05121.44236112111070.9930.05998.8
4.2-4.63.8380.04523.23988105210390.9970.05398.8
4.6-5.143.7970.04623.1735209339270.9960.05499.4
5.14-5.943.8090.04523.2331588438290.9960.05398.3
5.94-7.273.750.04922.7726067016950.9950.05799.1
7.27-10.293.7660.0424.9720115405340.9960.04798.9
10.29-29.6243.6350.03925.2910472972880.9970.04697

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6BQZ

6bqz


解像度: 2.3→29.624 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2307 1987 7.67 %
Rwork0.1804 --
obs0.1844 25900 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.97 Å2 / Biso mean: 51.8793 Å2 / Biso min: 25.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→29.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3369 0 32 117 3518
Biso mean--62.48 50.27 -
残基数----430
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.35760.27891320.22431685181797
2.3576-2.42130.28531340.21781705183997
2.4213-2.49250.29491290.2151696182597
2.4925-2.57290.25691350.2151695183097
2.5729-2.66480.28891340.21681711184598
2.6648-2.77140.29741550.22091715187098
2.7714-2.89740.27351470.21161684183198
2.8974-3.05010.31371580.21191699185798
3.0501-3.24090.25851340.20951715184999
3.2409-3.49080.23041340.1911741187599
3.4908-3.84140.20291320.1711741187399
3.8414-4.39580.20081540.15261703185799
4.3958-5.53230.19711580.14661719187799
5.5323-29.6260.18871510.1561704185599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40721.17140.92135.15610.52873.8647-0.1144-0.05590.0820.6333-0.2881-0.471-0.230.44210.38720.6608-0.0826-0.14880.53390.1140.32827.514449.633527.7202
23.28340.22221.92943.0601-2.12194.69230.0912-0.0773-0.27170.08270.18970.26030.552-0.1852-0.25920.5273-0.108-0.00640.38060.01930.257-9.093753.015512.4888
31.2542-0.0514-0.23862.0879-1.5284.13590.0546-0.1374-0.02980.3513-0.1677-0.16250.15520.47460.1220.4065-0.0516-0.05990.39680.07390.35646.10159.37925.9624
42.15592.7445-0.62063.79930.10092.78140.350.8389-0.69640.9375-0.5570.40771.98841.22590.00650.7169-0.08110.13270.8502-0.30850.4202-2.03354.59577.0956
54.76491.50190.64794.7952-1.54528.5809-0.18270.2340.0352-1.04620.04540.28840.6601-0.28430.14280.6581-0.0436-0.05470.46330.06720.26550.790932.420936.1647
60.9650.4588-0.93614.2639-1.97243.46930.03970.15210.079-0.2001-0.0237-0.1163-0.34950.49640.07890.4773-0.071-0.07920.43150.10940.35142.851638.376251.8966
72.73270.58380.27022.81660.58395.49110.1325-0.10860.03110.6719-0.2554-0.1905-0.66040.46760.22990.4941-0.0826-0.10370.29540.05770.29461.3139.296664.0887
88.8368-2.3662-2.53224.49991.51324.25210.12850.44260.2906-0.2012-0.015-0.39790.04590.431-0.14840.3719-0.0622-0.00690.31320.0970.30668.658815.856161.5868
91.6253-0.3893-0.19244.6041-3.35077.9444-0.0773-0.0516-0.1468-0.48280.02050.02630.6558-0.24680.08140.4998-0.0154-0.02140.26910.04110.30882.422725.095753.2746
109.13416.44555.17434.59633.50643.3646-0.98121.51489.6096-0.66380.64871.84970.2242.80370.12730.40750.0825-0.15980.9376-0.00630.8535.765730.828258.4786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 39 )A8 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 137 )A40 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 227 )A138 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 400 through 400 )A400
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 39 )B9 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 40 through 86 )B40 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 87 through 137 )B87 - 137
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 138 through 172 )B138 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 173 through 227 )B173 - 227
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 400 through 400 )B400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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