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Yorodumi- PDB-6bqy: Crystal Structure of Tyrosine-tRNA Synthetase from Acinetobacter ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bqy | ||||||
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Title | Crystal Structure of Tyrosine-tRNA Synthetase from Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | Tyrosine--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / Tyrosine--tRNA ligase / Acinetobacter baumannii / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Glutamate-tRNA Synthetase from Helicobacter pylori Authors: Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bqy.cif.gz | 194.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bqy.ent.gz | 151.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bqy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bqy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6b1pC 1hseS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45296.262 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) Gene: tyrS, A7A59_01455, A7A65_06465, A7M79_16285, A7M90_19385, A7N09_15205, APD06_07635, APD31_16655, B9X91_04915, B9X95_11600, BGC29_18795, BWP00_10095, CAS83_08605, CBI29_00001, IX87_14380, LV38_03496 Plasmid: AcbaC.01032.a.B2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A086HYS2, UniProt: B0VML7*PLUS, tyrosine-tRNA ligase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.83 Å3/Da / Density % sol: 32.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20.0 mg/mL AcbaC.01032.a.B2.PW38226, 1:1 with MCSG1(g1) (0.1 M HEPES:NaOH, pH 7.5, 10% w/v PEG8000, 8% v/v ethylene glycol), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, Tray: 291063g1, puck: ikf2-10 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2017 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→31.159 Å / Num. obs: 36717 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.918 % / Biso Wilson estimate: 42.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 12.85 / Num. measured all: 143863 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1HSE Resolution: 2.1→31.159 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / Phase error: 38.14
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 153.89 Å2 / Biso mean: 72.4682 Å2 / Biso min: 40.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→31.159 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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