PDB-6bq3: Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bq3

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula Thermospermine Synthase (MtTSPS) in complex with 5'-S-(3-aminopropyl)-5'-thioadenosine

要素

Thermospermine synthase

キーワード

TRANSFERASE / polyamine biosynthesis / tetraamine / thermospermine / spermidine / aminopropyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thermospermine synthase activity / spermidine synthase / spermidine synthase activity / polyamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Sekula, B. / Dauter, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of thermospermine synthase fromMedicago truncatulaand substrate discriminatory features of plant aminopropyltransferases.
著者: Sekula, B. / Dauter, Z.

履歴

登録	2017年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bq3.cif.gz	251.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bq3.ent.gz	202 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bq3_validation.pdf.gz	890.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bq3_full_validation.pdf.gz	894.2 KB	表示
XML形式データ	6bq3_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	6bq3_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bq2SC 6bq4C 6bq5C 6bq6C 6bq7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bq4-1 6bq2-1 6bq7-1 3anx-1 1uir-1 5f9c-d 6bq5-1 5epc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

A: Thermospermine synthase

B: Thermospermine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.052, 81.052, 163.128
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Thermospermine synthase 分子量: 37279.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7K2D1
#2: 化合物	ChemComp-DSH / 5'-S-(3-aminopropyl)-5'-thioadenosine / 5′-[(3-アミノプロピル)チオ]-5′-デオキシアデノシン分子量: 340.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₆O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.54 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG3350, 0.1 M Magnesium Chloride, 0.1 M MES buffer; cryo 33% PEG400, 10% PEG3350, 0.1 M Magnesium Chloride, Bis-Tris propane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→72.59 Å / Num. obs: 43034 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.91→2 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5266 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-3000	v716	データ削減
HKL-3000	v716	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BQ2

6bq2

解像度: 1.91→72.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 9.359 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23793	1060	2.5 %	RANDOM
R_work	0.18913	-	-	-
obs	0.19034	41900	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.683 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.91→72.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4672	0	46	163	4881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.614	1.918	6630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.988	3	10416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.954	5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.656	24.737	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.156	15	846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.114	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.217	2.597	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.217	2.596	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.861	3.888	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.861	3.889	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.399	2.812	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.399	2.813	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.216	4.146	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.192	30.744	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.192	30.75	5479
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	71	-
R_work	0.298	3005	-
obs	-	-	98.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3866	-2.9749	-0.9161	2.0447	0.759	1.5139	-0.1566	-0.1565	-0.021	-0.0476	0.0567	0.2316	0.0927	-0.0242	0.0999	0.1815	0.0201	0.0166	0.1546	0.0104	0.139	23.9346	16.8692	6.7101
2	5.6019	3.8949	-0.3073	6.7486	-1.2817	1.3901	-0.1162	0.3899	-0.3565	-0.29	0.1698	0.0903	0.3025	-0.0595	-0.0536	0.1873	0.0371	0.0462	0.147	0.0086	0.1248	26.2301	6.5911	11.5342
3	1.488	0.3711	0.1212	3.2893	-0.9153	2.215	0.0655	0.0599	-0.4018	-0.2369	-0.0155	-0.1536	0.4582	0.2293	-0.05	0.1291	0.0823	-0.0056	0.1036	0.0529	0.1993	26.575	0.5627	28.6986
4	3.4372	-0.1456	1.3467	1.9626	-0.1267	3.7966	-0.013	-0.0238	-0.458	-0.2827	0.1081	0.4854	0.3215	-0.4683	-0.0951	0.1669	-0.0051	-0.0407	0.1205	0.083	0.3562	11.0342	-1.678	29.3818
5	1.8588	0.1979	0.1418	3.4423	-0.9163	1.1651	0.0395	-0.2568	-0.1102	0.2883	0.1673	0.3928	-0.0064	-0.1771	-0.2068	0.0538	0.0276	0.0496	0.0847	0.0815	0.1813	13.9983	12.2344	33.3197
6	2.738	-1.3004	3.7153	6.7355	-3.2211	5.4046	-0.152	0.1806	0.0736	0.5676	-0.1693	-0.7695	-0.3554	0.3236	0.3213	0.2148	-0.0016	-0.055	0.2511	0.09	0.2262	32.3081	12.3446	38.245
7	1.9545	-0.7438	-0.4737	2.9699	-0.0998	1.9141	0.2763	-0.1464	-0.1928	0.4368	-0.1061	0.773	0.1589	-0.3011	-0.1703	0.3235	0.0138	0.1714	0.2085	0.0774	0.2629	9.7544	18.3806	32.2241
8	6.7433	-3.277	1.7637	2.9167	-2.0238	4.0062	-0.1955	0.07	-0.2078	0.1964	0.1053	-0.1403	-0.0461	0.128	0.0902	0.217	0.034	-0.0472	0.1297	-0.0671	0.1365	17.5195	27.7799	5.0193
9	3.2398	3.0832	0.2335	8.1953	0.3152	2.1816	-0.022	0.1336	0.0016	-0.247	-0.0808	-0.0654	-0.0331	0.2298	0.1027	0.118	0.0367	-0.0249	0.1186	0.0158	0.0471	15.577	38.3672	7.2987
10	1.5358	0.2099	0.0745	2.0854	0.086	1.6285	-0.0921	-0.0478	0.2284	0.0087	0.0263	0.2764	-0.1833	-0.0927	0.0658	0.0641	0.0273	0.0012	0.0157	-0.0029	0.0756	12.697	46.4436	24.0229
11	2.0543	0.4357	0.2933	2.8937	0.2661	2.8004	-0.1198	0.1079	0.274	-0.1059	0.0309	-0.0652	-0.1944	0.1073	0.0889	0.1146	0.0046	0.0003	0.0121	0.0159	0.0728	18.2557	51.4955	20.3652
12	1.9098	0.2515	-0.223	3.0961	0.5704	1.0787	-0.0347	-0.2409	0.0774	0.1536	0.0032	-0.2519	-0.0887	0.1183	0.0315	0.0467	0.0242	-0.0213	0.0776	0.0033	0.0361	26.0033	40.7451	30.2123
13	1.8062	-0.0487	-0.9311	4.5412	1.1891	1.0684	0.0132	-0.0821	0.0316	0.3582	-0.2288	0.6095	0.0991	-0.212	0.2155	0.1744	0.0487	0.1126	0.1925	-0.0452	0.1276	9.4544	35.9951	34.7912
14	3.6724	3.0377	-0.1004	6.7468	-0.4899	1.1034	0.1547	-0.2161	-0.0235	0.2417	-0.1237	-0.4332	-0.037	0.264	-0.0309	0.0769	0.0481	-0.0101	0.1695	0.0097	0.1094	34.6788	32.5569	30.0344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	168 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	206 - 275
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	276 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	288 - 315
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	24 - 47
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	48 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	77 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	141 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	275 - 297
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	298 - 315

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