[日本語] English
万見
- PDB-6boh: Antibiotic blasticidin S and E. coli release factor 1 (containing... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6boh
タイトルAntibiotic blasticidin S and E. coli release factor 1 (containing deletion 302-304) bound to the 70S ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Peptide chain release factor 1
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / class I release factors / closed RF1 / stop-codon recognition / termination accuracy / blasticidin S / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx ...Peptide chain release factor 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
BLASTICIDIN S / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Peptide chain release factor 1 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX ...BLASTICIDIN S / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Peptide chain release factor 1 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Svidritskiy, E. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107465 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK047757 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Conformational Control of Translation Termination on the 70S Ribosome.
著者: Svidritskiy, E. / Korostelev, A.A.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: 23S ribosomal RNA
C: 5S ribosomal RNA
D: tRNA
E: 50S ribosomal protein L2
F: 50S ribosomal protein L3
G: 50S ribosomal protein L4
H: 50S ribosomal protein L5
I: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L9
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
AA: 50S ribosomal protein L30
BA: 50S ribosomal protein L31
CA: 50S ribosomal protein L32
DA: 50S ribosomal protein L33
EA: 50S ribosomal protein L34
FA: 50S ribosomal protein L35
GA: 50S ribosomal protein L36
HA: mRNA
IA: tRNA
JA: Peptide chain release factor 1
KA: Peptide chain release factor 1
LA: 30S ribosomal protein S2
MA: 30S ribosomal protein S3
NA: 50S ribosomal protein S4
OA: 30S ribosomal protein S5
PA: 30S ribosomal protein S6
QA: 30S ribosomal protein S7
RA: 30S ribosomal protein S8
SA: 30S ribosomal protein S9
TA: 30S ribosomal protein S10
UA: 30S ribosomal protein S11
VA: 30S ribosomal protein S12
WA: 30S ribosomal protein S13
XA: 30S ribosomal protein S14 type Z
YA: 30S ribosomal protein S15
ZA: 30S ribosomal protein S16
AB: 30S ribosomal protein S17
BB: 30S ribosomal protein S18
CB: 30S ribosomal protein S19
DB: 30S ribosomal protein S20
EB: 30S ribosomal protein Thx
FB: 16S ribosomal RNA
GB: 23S ribosomal RNA
HB: 5S ribosomal RNA
IB: tRNA
JB: 50S ribosomal protein L2
KB: 50S ribosomal protein L3
LB: 50S ribosomal protein L4
MB: 50S ribosomal protein L5
NB: 50S ribosomal protein L6
OB: 50S ribosomal protein L9
PB: 50S ribosomal protein L13
QB: 50S ribosomal protein L14
RB: 50S ribosomal protein L15
SB: 50S ribosomal protein L16
TB: 50S ribosomal protein L17
UB: 50S ribosomal protein L18
VB: 50S ribosomal protein L19
WB: 50S ribosomal protein L20
XB: 50S ribosomal protein L21
YB: 50S ribosomal protein L22
ZB: 50S ribosomal protein L23
AC: 50S ribosomal protein L24
BC: 50S ribosomal protein L25
CC: 50S ribosomal protein L27
DC: 50S ribosomal protein L28
EC: 50S ribosomal protein L29
FC: 50S ribosomal protein L30
GC: 50S ribosomal protein L31
HC: 50S ribosomal protein L32
IC: 50S ribosomal protein L33
JC: 50S ribosomal protein L34
KC: 50S ribosomal protein L35
LC: 50S ribosomal protein L36
MC: mRNA
NC: tRNA
OC: Peptide chain release factor 1
PC: Peptide chain release factor 1
QC: 30S ribosomal protein S2
RC: 30S ribosomal protein S3
SC: 50S ribosomal protein S4
TC: 30S ribosomal protein S5
UC: 30S ribosomal protein S6
VC: 30S ribosomal protein S7
WC: 30S ribosomal protein S8
XC: 30S ribosomal protein S9
YC: 30S ribosomal protein S10
ZC: 30S ribosomal protein S11
AD: 30S ribosomal protein S12
BD: 30S ribosomal protein S13
CD: 30S ribosomal protein S14 type Z
DD: 30S ribosomal protein S15
ED: 30S ribosomal protein S16
FD: 30S ribosomal protein S17
GD: 30S ribosomal protein S18
HD: 30S ribosomal protein S19
ID: 30S ribosomal protein S20
JD: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,622,5541554
ポリマ－4,586,347114
非ポリマー36,2071440
水00
1
A: 16S ribosomal RNA
B: 23S ribosomal RNA
C: 5S ribosomal RNA
D: tRNA
E: 50S ribosomal protein L2
F: 50S ribosomal protein L3
G: 50S ribosomal protein L4
H: 50S ribosomal protein L5
I: 50S ribosomal protein L6
J: 50S ribosomal protein L9
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
AA: 50S ribosomal protein L30
BA: 50S ribosomal protein L31
CA: 50S ribosomal protein L32
DA: 50S ribosomal protein L33
EA: 50S ribosomal protein L34
FA: 50S ribosomal protein L35
GA: 50S ribosomal protein L36
HA: mRNA
IA: tRNA
JA: Peptide chain release factor 1
KA: Peptide chain release factor 1
LA: 30S ribosomal protein S2
MA: 30S ribosomal protein S3
NA: 50S ribosomal protein S4
OA: 30S ribosomal protein S5
PA: 30S ribosomal protein S6
QA: 30S ribosomal protein S7
RA: 30S ribosomal protein S8
SA: 30S ribosomal protein S9
TA: 30S ribosomal protein S10
UA: 30S ribosomal protein S11
VA: 30S ribosomal protein S12
WA: 30S ribosomal protein S13
XA: 30S ribosomal protein S14 type Z
YA: 30S ribosomal protein S15
ZA: 30S ribosomal protein S16
AB: 30S ribosomal protein S17
BB: 30S ribosomal protein S18
CB: 30S ribosomal protein S19
DB: 30S ribosomal protein S20
EB: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,311,593790
ポリマ－2,293,17457
非ポリマー18,419733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
FB: 16S ribosomal RNA
GB: 23S ribosomal RNA
HB: 5S ribosomal RNA
IB: tRNA
JB: 50S ribosomal protein L2
KB: 50S ribosomal protein L3
LB: 50S ribosomal protein L4
MB: 50S ribosomal protein L5
NB: 50S ribosomal protein L6
OB: 50S ribosomal protein L9
PB: 50S ribosomal protein L13
QB: 50S ribosomal protein L14
RB: 50S ribosomal protein L15
SB: 50S ribosomal protein L16
TB: 50S ribosomal protein L17
UB: 50S ribosomal protein L18
VB: 50S ribosomal protein L19
WB: 50S ribosomal protein L20
XB: 50S ribosomal protein L21
YB: 50S ribosomal protein L22
ZB: 50S ribosomal protein L23
AC: 50S ribosomal protein L24
BC: 50S ribosomal protein L25
CC: 50S ribosomal protein L27
DC: 50S ribosomal protein L28
EC: 50S ribosomal protein L29
FC: 50S ribosomal protein L30
GC: 50S ribosomal protein L31
HC: 50S ribosomal protein L32
IC: 50S ribosomal protein L33
JC: 50S ribosomal protein L34
KC: 50S ribosomal protein L35
LC: 50S ribosomal protein L36
MC: mRNA
NC: tRNA
OC: Peptide chain release factor 1
PC: Peptide chain release factor 1
QC: 30S ribosomal protein S2
RC: 30S ribosomal protein S3
SC: 50S ribosomal protein S4
TC: 30S ribosomal protein S5
UC: 30S ribosomal protein S6
VC: 30S ribosomal protein S7
WC: 30S ribosomal protein S8
XC: 30S ribosomal protein S9
YC: 30S ribosomal protein S10
ZC: 30S ribosomal protein S11
AD: 30S ribosomal protein S12
BD: 30S ribosomal protein S13
CD: 30S ribosomal protein S14 type Z
DD: 30S ribosomal protein S15
ED: 30S ribosomal protein S16
FD: 30S ribosomal protein S17
GD: 30S ribosomal protein S18
HD: 30S ribosomal protein S19
ID: 30S ribosomal protein S20
JD: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,310,961764
ポリマ－2,293,17457
非ポリマー17,787707
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.86, 450.69, 615.88
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 12分子 AFBBGBCHBDIAIBNCHAMC

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 489561.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: GenBank: 46197919
#2: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 936785.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: GenBank: 46197919
#3: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38882.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: GenBank: 46197919
#4: RNA鎖
tRNA


分子量: 24846.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#34: RNA鎖 mRNA


分子量: 8862.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 60分子 EJBFKBGLBHMBINBJOBKPBLQBMRBNSBOTBPUBQVBRWBSXB...

#5: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30401.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I07
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I04
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22744.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I05
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21075.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I16
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I19
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16436.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72GV5
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72IN1
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I14
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I23
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15977.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I11
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I33
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I20
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17217.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72JU9
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72L76
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72HR2
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I09
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I06
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I15
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72IA7
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72HR3
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11032.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72G84
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I12
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I22
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72JR0
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6734.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62652
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72GW3
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P80340
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72L77
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I28
#38: タンパク質 50S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62664

-
タンパク質 , 1種, 4分子 JAKAOCPC

#35: タンパク質
Peptide chain release factor 1 / RF-1


分子量: 41285.090 Da / 分子数: 4 / Mutation: 302-304 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: prfA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MKB3

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 38分子 LAQCMARCOATCPAUCQAVCRAWCSAXCTAYCUAZCVAADWABDXACDYADDZAEDABFD...

#36: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62662
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62663
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62665
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62666
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62667
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62668
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62669
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62653
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62654
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P61941
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62655
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62656
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62657
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62238
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62658
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62659
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62660
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62661
#55: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62613

-
非ポリマー , 3種, 1440分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-BLS / BLASTICIDIN S / ブラストサイジンS


分子量: 422.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N8O5 / コメント: 抗生剤*YM
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.1861.26
2
3
4
5
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2891蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.53 uL of 70S*mRNA*tRNAfMet*RF1*antibiotic complex + 3 uL crystallization buffer (0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 4% v/v PEG20000, 8% v/v MPD, 0.2 M potassium thiocyanate). 4-fold molar excess of E. coli release factor 1 and 1 mM blasticidin S were added during complex formation. Reservoir: 300 uL 0.4-0.6 M sodium chloride.
2892蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.53 uL of 70S*mRNA*tRNAfMet*RF1*antibiotic complex + 3 uL crystallization buffer (0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 4% v/v PEG20000, 8% v/v MPD, 0.2 M potassium thiocyanate). 4-fold molar excess of E. coli release factor 1 and 1 mM blasticidin S were added during complex formation. Reservoir: 300 uL 0.4-0.6 M sodium chloride.
2893蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.53 uL of 70S*mRNA*tRNAfMet*RF1*antibiotic complex + 3 uL crystallization buffer (0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 4% v/v PEG20000, 8% v/v MPD, 0.2 M potassium thiocyanate). 4-fold molar excess of E. coli release factor 1 and 1 mM blasticidin S were added during complex formation. Reservoir: 300 uL 0.4-0.6 M sodium chloride.
2894蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.53 uL of 70S*mRNA*tRNAfMet*RF1*antibiotic complex + 3 uL crystallization buffer (0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 4% v/v PEG20000, 8% v/v MPD, 0.2 M potassium thiocyanate). 4-fold molar excess of E. coli release factor 1 and 1 mM blasticidin S were added during complex formation. Reservoir: 300 uL 0.4-0.6 M sodium chloride.
2895蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.53 uL of 70S*mRNA*tRNAfMet*RF1*antibiotic complex + 3 uL crystallization buffer (0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 4% v/v PEG20000, 8% v/v MPD, 0.2 M potassium thiocyanate). 4-fold molar excess of E. coli release factor 1 and 1 mM blasticidin S were added during complex formation. Reservoir: 300 uL 0.4-0.6 M sodium chloride.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
31003
41004
51005
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.033
シンクロトロンAPS 23-ID-D31.033
シンクロトロンAPS 23-ID-D41.033
シンクロトロンAPS 23-ID-D51.033
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2012年4月14日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2012年4月14日
DECTRIS PILATUS3 6M3PIXEL2012年3月24日
DECTRIS PILATUS3 6M4PIXEL2012年3月24日
DECTRIS PILATUS3 6M5PIXEL2012年3月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
5SINGLE WAVELENGTHMx-ray5
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21.0331
31.0331
41.0331
51.0331
反射解像度: 3.4→90 Å / Num. obs: 792709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.1 % / Net I/σ(I): 7.75
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.4→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs792518 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数95708 201010 1498 0 298216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る