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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bo3 | ||||||
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タイトル | Structure Determination of A223, a turret protein in Sulfolobus turreted icosahedral virus, using an iterative hybrid approach | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / A223 / STIV / C381 / twin / twinning / 3j31 / 4IL7 | ||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #1300 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Sendamarai, A.K. / Veesler, D. / Fu, C.Y. / Marceau, C. / Larson, E.T. / Johnson, J.E. / Lawrence, C.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF A223, A STRUCTURAL PROTEIN FROM SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS (STIV) 著者: Sendamarai, A.K. / Lawrence, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bo3.cif.gz | 160.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bo3.ent.gz | 127.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bo3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bo3_validation.pdf.gz | 430.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bo3_full_validation.pdf.gz | 433.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6bo3_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bo3_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6bo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6bo3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25286.529 Da / 分子数: 2 / 変異: L208M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス) 遺伝子: A223 / プラスミド: pDEST14 / 詳細 (発現宿主): Invitrogen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q6Q0L4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / Density meas: 0.225 Mg/m3 / 溶媒含有率: 53.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Crystals of A223-L208M were grown by hanging drop vapour diffusion using 2 micro-L of the protein solution and 2 micro-L in 0.1 M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6 and 35% t-butanol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.82653 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日 詳細: Mirror: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.82653 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 47436 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 4662 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3J31 解像度: 1.83→20.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.216 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.83→20.85 Å
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拘束条件 |
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