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- PDB-6bo3: Structure Determination of A223, a turret protein in Sulfolobus t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bo3
タイトルStructure Determination of A223, a turret protein in Sulfolobus turreted icosahedral virus, using an iterative hybrid approach
要素Uncharacterized protein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / A223 / STIV / C381 / twin (双生児) / twinning / 3j31 / 4IL7
機能・相同性Jelly Rolls - #1300 / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Sendamarai, A.K. / Veesler, D. / Fu, C.Y. / Marceau, C. / Larson, E.T. / Johnson, J.E. / Lawrence, C.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF A223, A STRUCTURAL PROTEIN FROM SULFOLOBUS TURRETED ICOSAHEDRAL VIRUS (STIV)
著者: Sendamarai, A.K. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2017年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5732
ポリマ－50,5732
非ポリマー00
水91951
1
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2871
ポリマ－25,2871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2871
ポリマ－25,2871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.995, 56.995, 272.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVAL2AA20 - 13120 - 131
21VALVAL2BB20 - 13120 - 131
12TYRTYR6AA140 - 177140 - 177
22TYRTYR6BB140 - 177140 - 177
13SERSER6AA183 - 223183 - 223
23SERSER6BB183 - 223183 - 223

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.987803, -0.15546, 0.008799), (-0.155699, 0.985543, -0.06681), (0.001714, -0.067365, -0.997727)3.62941, 2.065, 47.83965

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 25286.529 Da / 分子数: 2 / 変異: L208M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)
遺伝子: A223 / プラスミド: pDEST14 / 詳細 (発現宿主): Invitrogen / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CodonPlus (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q6Q0L4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / Density meas: 0.225 Mg/m3 / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Crystals of A223-L208M were grown by hanging drop vapour diffusion using 2 micro-L of the protein solution and 2 micro-L in 0.1 M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6 and 35% t-butanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.82653 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
詳細: Mirror: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82653 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.501
11-h,-k,l20.499
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 47436 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 4662 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3J31

3j31


解像度: 1.83→20.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.216 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19542 2466 5.3 %RANDOM
Rwork0.16364 ---
obs0.16534 44222 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.19 Å20 Å20 Å2
2--17.19 Å20 Å2
3----34.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→20.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2967 0 0 51 3018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9684164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72136688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8995390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.51126.446121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21915495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg34.118152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.70635951
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.878526
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.7155921
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
914medium positional0.150.5
1130loose positional3.875
582tight thermal1.870.5
914medium thermal2.912
1130loose thermal2.5610
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 173 -
Rwork0.217 3148 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12480.0696-0.88911.5101-0.84593.0595-0.0070.0085-0.0297-0.0485-0.029-0.0880.10220.14380.0360.10960.0059-0.01630.112-0.01370.19038.339533.45229.6663
20.48162.92311.666318.446110.50415.9842-0.0567-0.0250.0313-0.15040.1098-0.0844-0.110.0673-0.05310.23470.0342-0.00050.1896-0.00350.2834.046154.363431.7781
32.1334-0.1823-0.17152.1488-0.76933.4219-0.02160.1430.0053-0.06740.03790.0330.1217-0.0671-0.01630.1046-0.0084-0.0120.11290.00230.1993-3.875772.02539.5732
42.4571-0.2175-0.88231.79550.62362.46820.00210.0947-0.0370.0041-0.02390.05520.0969-0.10840.02180.1161-0.0081-0.01610.12620.01360.1792-9.750731.898216.5832
50.3042-1.65971.099417.1653-11.39437.5637-0.2241-0.03720.05110.26360.46840.3582-0.1716-0.3205-0.24430.2933-0.0142-0.02810.157-0.00770.2717-7.171352.93812.7829
61.54430.2103-0.02141.89381.07773.44660.0235-0.0644-0.0243-0.02540.0307-0.05080.0790.1047-0.05420.12620.0079-0.0070.13720.00350.22512.919268.87356.3549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3A141 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4B19 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5B132 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6B141 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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