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万見
- PDB-6bo0: MdbA protein, a thiol-disulfide oxidoreductase from Corynebacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bo0
タイトルMdbA protein, a thiol-disulfide oxidoreductase from Corynebacterium matruchotii
要素MdbA protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / MdbA / disulfide / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / Thioredoxin-like fold domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium matruchotii ATCC 14266 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Luong, T.Y. / Trigar, R. / Ton-That, H. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of a Thiol-Disulfide Oxidoreductase in the Hedgehog-Forming Actinobacterium Corynebacterium matruchotii.
著者: Luong, T.T. / Tirgar, R. / Reardon-Robinson, M.E. / Joachimiak, A. / Osipiuk, J. / Ton-That, H.
履歴
登録2017年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MdbA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6272
ポリマ－22,4331
非ポリマー1941
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.593, 82.578, 123.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

PG4

21A-488-

HOH

31A-669-

HOH

41A-703-

HOH

51A-704-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MdbA protein


分子量: 22433.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium matruchotii ATCC 14266 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0299_7193 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0DH37
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.15 M citrate buffer, 31.4% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→39.2 Å / Num. obs: 55421 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.2-1.222.20.34318710.8260.2270.4150.83165.6
1.22-1.242.40.3680.820.2460.4470.79378.5
1.24-1.272.90.3770.8320.2370.450.81889
1.27-1.293.80.3630.8870.2030.4180.81495.2
1.29-1.324.50.3580.9230.1830.4030.8399.9
1.32-1.354.90.360.9280.1760.4020.8399.7
1.35-1.395.20.3440.9490.1620.3810.83799.8
1.39-1.425.20.30.9490.1420.3330.83499.6
1.42-1.465.30.2490.9670.1170.2760.86799.1
1.46-1.515.60.2040.9770.0910.2240.881100
1.51-1.575.70.1660.9870.0740.1820.92799.9
1.57-1.635.50.1410.9890.0640.1550.95699.8
1.63-1.75.20.1220.9890.0580.1350.97199.3
1.7-1.795.70.10.9930.0450.111.01899.8
1.79-1.95.70.0840.9940.0380.0921.098100
1.9-2.055.60.0690.9960.0310.0761.20199.9
2.05-2.265.40.0590.9960.0270.0651.29899.9
2.26-2.595.80.0520.9970.0230.0571.26799.9
2.59-3.265.40.0450.9980.0210.0491.333100
3.26-39.25.50.0370.9980.0170.0411.26199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5c00

5c00


解像度: 1.2→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.185 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1545 2670 4.8 %RANDOM
Rwork0.1221 ---
obs0.1236 52711 96.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.33 Å2 / Biso mean: 19.705 Å2 / Biso min: 8.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å2-0 Å20 Å2
2---0.19 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1566 0 13 306 1885
Biso mean--32.1 32.74 -
残基数----199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.9672365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73933964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg55239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.98427.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3715359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.787153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.31733436
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.531551
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.92253648
LS精密化 シェル解像度: 1.199→1.23 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 125 -
Rwork0.254 2766 -
all-2891 -
obs--68.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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