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万見
- PDB-6bn2: Crystal structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Elizabethk... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bn2
タイトルCrystal structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia anophelis / Acetyl-CoA acetyltransferase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
著者: Abendroth, J. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6026
ポリマ－42,3541
非ポリマー2485
水8,647480
1
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,20412
ポリマ－84,7092
非ポリマー49610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.170, 167.420, 72.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

CA

21A-403-

CA

31A-576-

HOH

41A-718-

HOH

51A-772-

HOH

61A-773-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量: 42354.352 Da / 分子数: 1 / 断片: ElanA.00654.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: BD94_2261 / プラスミド: ElanA.00654.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EEP0, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18.9 mg/mL ElanA.00654.a.B1.PS38241 + 3 mM AcetylCoA + RigakuReagents JCSG+ screen, E11: 14.5% w/v PEG8000, 20% w/v glycerol, 160 mM calcium acetate, 100 mM cacodylate/HCl, pH 6.5, ...詳細: 18.9 mg/mL ElanA.00654.a.B1.PS38241 + 3 mM AcetylCoA + RigakuReagents JCSG+ screen, E11: 14.5% w/v PEG8000, 20% w/v glycerol, 160 mM calcium acetate, 100 mM cacodylate/HCl, pH 6.5, cryoprotectant: direct, tray 291032e11, puck DYA4-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40.939 Å / Num. obs: 72724 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.028 % / Biso Wilson estimate: 17.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 20.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.695.0990.5113.0653250.860.57100
1.69-1.745.9940.4254.1452140.9260.465100
1.74-1.796.1910.3285.4850320.9570.358100
1.79-1.846.180.2567.0749160.9710.28100
1.84-1.916.20.1979.0647800.9830.216100
1.91-1.976.2020.15411.4245840.9890.168100
1.97-2.056.1950.11914.644760.9930.13100
2.05-2.136.2060.09717.643190.9950.10699.9
2.13-2.226.180.08320.4240820.9960.09199.9
2.22-2.336.1650.06824.0339640.9970.07599.9
2.33-2.466.1540.06126.4737320.9970.06799.9
2.46-2.616.1250.05329.6835830.9980.05899.8
2.61-2.796.070.04732.8233240.9980.05299.8
2.79-3.016.0650.04137.1631270.9980.04599.7
3.01-3.35.9880.03740.9728920.9990.0499.9
3.3-3.695.9210.03145.526110.9990.03499.8
3.69-4.265.8820.02848.6123310.9990.0399.4
4.26-5.225.9150.02550.4419770.9990.02899.7
5.22-7.385.810.02748.8315540.9990.02999.6
7.38-40.9395.4520.02350.189010.9990.02597.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3LSQ per MorDa

3lsq


解像度: 1.65→40.939 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1561 2019 2.78 %0
Rwork0.1384 ---
obs0.1389 72721 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.6 Å2 / Biso mean: 24.0135 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→40.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 10 498 3367
Biso mean--47.23 38.74 -
残基数----393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.69130.21531260.200650175143100
1.6913-1.7370.22231490.181650135162100
1.737-1.78810.18021700.162849405110100
1.7881-1.84580.16291330.156150355168100
1.8458-1.91180.17551630.150449925155100
1.9118-1.98840.16541110.140650665177100
1.9884-2.07880.15861650.136449965161100
2.0788-2.18840.16031490.135949925141100
2.1884-2.32550.14041620.13350345196100
2.3255-2.50510.14781420.136350515193100
2.5051-2.75710.17051350.140150575192100
2.7571-3.1560.15611120.136951255237100
3.156-3.97570.13491410.12851255266100
3.9757-40.95160.15061610.12935259542099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4669-0.3486-0.34282.2414-0.22761.63650.0399-0.1815-0.04430.05350.0109-0.0092-0.01070.0717-0.04070.0938-0.0235-0.02440.14760.00980.08372.0841-28.520416.6093
20.63340.06-0.02830.8096-0.15880.84140.0516-0.0701-0.01950.0103-0.03-0.0318-0.02620.105-0.01260.0833-0.0097-0.00480.0921-0.00610.08644.5763-25.9716.0468
32.37540.2697-1.93961.2126-0.80543.46950.13640.18580.0941-0.0163-0.00350.255-0.1038-0.4693-0.1470.18920.0390.00910.2242-0.01590.2367-19.995-18.82137.5236
49.4031-2.08223.5891.4155-0.50562.8155-0.0575-0.61-0.07140.12280.12410.1958-0.2039-0.3105-0.06610.1967-0.03120.04070.2323-0.01840.1535-15.93-24.051328.3613
52.7638-0.89460.51273.04870.1832.18440.0585-0.39330.33780.2533-0.0663-0.4547-0.35810.40440.00280.2404-0.1034-0.03670.3036-0.03260.17436.1323-22.331826.7968
63.7571-1.1077-0.39283.36260.05283.7284-0.029-0.41530.54610.2021-0.02530.2539-0.522-0.27520.0470.2989-0.0060.05230.2181-0.07310.2953-17.1732-14.514122.7157
71.3240.1203-0.24450.63680.00171.18040.0468-0.1375-0.13360.0809-0.05190.0620.0851-0.04330.00270.133-0.0299-0.01130.12570.02290.1265-9.293-37.306616.1141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 140 )A26 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 170 )A141 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 171 through 190 )A171 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 217 )A191 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 218 through 250 )A218 - 250
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 251 through 393 )A251 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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