[日本語] English
万見
- PDB-6bmt: Crystal Structure of a Recombinant form of Human Myeloperoxidase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bmt
タイトルCrystal Structure of a Recombinant form of Human Myeloperoxidase Bound to an Inhibitor from Staphylococcus delphini
要素
  • Hypothetical Protein
  • Myeloperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Myeloperoxidase / Phagolysosome / Staphylococcal Inhibitor / Innate Immunity / oxidoreductase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SPIN family peroxidase inhibitor / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus delphini (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Ploscariu, N.T. / Geisbrecht, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121511 米国
引用ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2018
タイトル: Identification and structural characterization of a novel myeloperoxidase inhibitor from Staphylococcus delphini.
著者: Ploscariu, N.T. / de Jong, N.W.M. / van Kessel, K.P.M. / van Strijp, J.A.G. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase
B: Hypothetical Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7108
ポリマ－95,3542
非ポリマー1,3566
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.626, 90.674, 125.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Myeloperoxidase / MPO


分子量: 83963.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPO / 細胞株 (発現宿主): NS0 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase
#2: タンパク質 Hypothetical Protein


分子量: 11390.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus delphini (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A4GXB5*PLUS

-
糖 , 1種, 3分子

#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 108分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 % / 解説: rhomboid
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M acetate, pH 4.5-4.6, 25% w/v PEG3350 / PH範囲: 4.5-4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 38189 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 50.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 15.54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.497.71.07736750.6980.3821.1470.92797.2
2.49-2.5910.51.00437610.8330.3151.0540.96999.8
2.59-2.713.40.86137690.9160.2420.8951.036100
2.7-2.8514.80.70337720.9540.1890.7281.094100
2.85-3.0214.90.4738220.9740.1250.4871.073100
3.02-3.2614.90.30937820.9830.0830.321.097100
3.26-3.5814.90.20338090.9890.0540.2111.036100
3.58-4.114.80.14838490.9920.040.1541.013100
4.1-5.1714.70.11438880.9930.0310.1181.015100
5.17-50140.09140620.990.0260.0951.037100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5UZU

5uzu


解像度: 2.403→45.337 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 1881 5.2 %
Rwork0.1853 34307 -
obs0.187 36188 94.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.54 Å2 / Biso mean: 56.7987 Å2 / Biso min: 33.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.403→45.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5143 0 87 105 5335
Biso mean--65.34 50.93 -
残基数----643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.487301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.532056
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4034-2.46840.31751030.29282066216975
2.4684-2.5410.35391260.27172333245985
2.541-2.6230.32751440.25352429257388
2.623-2.71670.27491370.2222547268492
2.7167-2.82550.27121410.22852612275394
2.8255-2.95410.30961490.23252655280496
2.9541-3.10980.25481470.22422701284897
3.1098-3.30460.27231540.22232734288899
3.3046-3.55960.26431530.199427762929100
3.5596-3.91770.20941470.170428142961100
3.9177-4.48410.18611550.141328142969100
4.4841-5.64780.15181580.149328593017100
5.6478-45.3450.17941670.174229673134100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る