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万見
- PDB-6bl6: Crystallization of lipid A transporter MsbA from Salmonella typhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bl6
タイトルCrystallization of lipid A transporter MsbA from Salmonella typhimurium
要素Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MsbA / Lipid A co-crystallization / ABC transporters / Staphylococcus typhimurium
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Padayatti, P.S. / Stanfield, R.L. / Zhang, Q. / Wilson, I.A. / Lee, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM118594 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098538 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into the Lipid A Transport Pathway in MsbA.
著者: Padayatti, P.S. / Lee, S.C. / Stanfield, R.L. / Wen, P.C. / Tajkhorshid, E. / Wilson, I.A. / Zhang, Q.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_audit_support
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2152
ポリマ－127,2152
非ポリマー00
水00
1
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2152
ポリマ－127,2152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area10450 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area54180 Å2
手法PISA
2
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2152
ポリマ－127,2152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area54390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.052, 154.819, 228.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 581 / Label seq-ID: 1 - 575

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 63607.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: msbA, STM0984 / Variant: SGSC1412 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P63359, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MsbA purified in detergent micelles (UDM/FA231) is mixed with lipid A prior to crystallization and mixed 1: 1 with well solution 20 mM Tris-Hcl (pH 7.5) and 15-20 5 PEG 300 . Crystals appeared in month (approx.)
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: 80
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127085 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50.01 Å / Num. obs: 60504 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / CC1/2: 0.893 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 1.288 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.057 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B5W

3b5w


解像度: 2.8→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 23.048 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30071 2963 4.9 %RANDOM
Rwork0.26951 ---
obs0.27104 57572 82.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 116.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.23 Å20 Å20 Å2
2--8.18 Å2-0 Å2
3----14.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8894 0 0 0 8894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0199028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.96412202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.974320190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.251148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81823.37368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.222151644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4941572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.93211.4724598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.93311.4724597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.57817.235744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.57717.2315745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8412.2124430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.83912.2124431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.83418.0116459
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.3549977
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.359975
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 35750 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.796→2.868 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.526 194 -
Rwork0.536 3269 -
obs--65.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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