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万見
- PDB-6bky: Novel Binding Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Allosteric I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bky
タイトルNovel Binding Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Allosteric Inhibition with Cmpd2
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / dehydrogenase / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / peroxisome / tertiary granule lumen / NADP binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / response to oxidative stress / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4,5,6,7-TETRABROMO-1H,3H-BENZIMIDAZOL-2-ONE / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Jakob, C.G. / Qiu, W.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Novel Modes of Inhibition of Wild-Type Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1): Direct Covalent Modification of His315.
著者: Jakob, C.G. / Upadhyay, A.K. / Donner, P.L. / Nicholl, E. / Addo, S.N. / Qiu, W. / Ling, C. / Gopalakrishnan, S.M. / Torrent, M. / Cepa, S.P. / Shanley, J. / Shoemaker, A.R. / Sun, C.C. / ...著者: Jakob, C.G. / Upadhyay, A.K. / Donner, P.L. / Nicholl, E. / Addo, S.N. / Qiu, W. / Ling, C. / Gopalakrishnan, S.M. / Torrent, M. / Cepa, S.P. / Shanley, J. / Shoemaker, A.R. / Sun, C.C. / Vasudevan, A. / Woller, K.R. / Shotwell, J.B. / Shaw, B. / Bian, Z. / Hutti, J.E.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
F: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
E: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,77716
ポリマ－288,9286
非ポリマー1,84910
水25,2391401
1
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9426
ポリマ－96,3092
非ポリマー6324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA
2
F: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
E: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9185
ポリマ－96,3092
非ポリマー6083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area33160 Å2
手法PISA
3
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9185
ポリマ－96,3092
非ポリマー6083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.665, 274.889, 116.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 48154.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H6O5
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K32 / 4,5,6,7-TETRABROMO-1H,3H-BENZIMIDAZOL-2-ONE / 4,5,6,7-テトラブロモ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-2(3H)-オン


分子量: 449.720 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H2Br4N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG3350, 0.15M D,L-Malic acid pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→137.44 Å / Num. obs: 159602 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 44.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.171→2.179 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1667 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UMX

4umx


解像度: 2.17→137.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.175
詳細: Note that space group C2 was selected because one ligand was on a 2 fold symmetry axis.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 7727 4.84 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 159596 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.356 Å20 Å20.3141 Å2
2--6.2945 Å20 Å2
3---0.0614 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.17→137.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19661 0 75 1401 21137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0120139HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0727170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7128SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3425HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20139HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2615SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23751SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 600 5.08 %
Rwork0.2224 11222 -
all0.2249 11822 -
obs--97.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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