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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bkp | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the A/Michigan/15/2014 (H3N2) influenza virus hemagglutinin apo form | ||||||||||||
![]() | (Hemagglutinin) x 2 | ||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Influenza / Hemagglutinin / Receptor | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wu, N.C. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A complex epistatic network limits the mutational reversibility in the influenza hemagglutinin receptor-binding site. 著者: Wu, N.C. / Thompson, A.J. / Xie, J. / Lin, C.W. / Nycholat, C.M. / Zhu, X. / Lerner, R.A. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35923.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19996.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA / 発現宿主: ![]() |
-糖 , 3種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 1種, 310分子 ![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, and 40% PEG 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 48747 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 44.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 16 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4806 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.24 / Rsym value: 0.92 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4O5N 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 7.062 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.354 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→50 Å
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拘束条件 |
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