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- PDB-6bkp: Crystal structure of the A/Michigan/15/2014 (H3N2) influenza viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bkp
タイトルCrystal structure of the A/Michigan/15/2014 (H3N2) influenza virus hemagglutinin apo form
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza / Hemagglutinin / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI117675 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI127371 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI114730 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A complex epistatic network limits the mutational reversibility in the influenza hemagglutinin receptor-binding site.
著者: Wu, N.C. / Thompson, A.J. / Xie, J. / Lin, C.W. / Nycholat, C.M. / Zhu, X. / Lerner, R.A. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0198
ポリマ－55,9202
非ポリマー2,0996
水5,585310
1
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,06821
ポリマ－107,7713
非ポリマー6,29718
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
2
B: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9893
ポリマ－59,9893
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
3
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,05624
ポリマ－167,7596
非ポリマー6,29718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area39610 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area60030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.326, 100.326, 394.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 35923.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0Y0S9M3
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 19996.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0Y0S9M3, UniProt: A0A0N9RDU4*PLUS

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 310分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, and 40% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 48747 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 44.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 16 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4806 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.24 / Rsym value: 0.92 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000712data processing
HKL-2000712データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O5N

4o5n


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 7.062 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22183 2425 5 %RANDOM
Rwork0.19193 ---
obs0.19339 46272 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20.57 Å2-0 Å2
2--1.14 Å2-0 Å2
3----3.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3870 0 137 310 4317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194141
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.9815636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92938667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58724.564195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54115690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9841525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0282.9531972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0292.9511971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6764.422465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6764.4222466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6533.432168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6523.4312169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8425.0873165
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.75458.91316619
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.65358.42716382
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.046→2.099 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 162 -
Rwork0.255 3300 -
obs--97.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6112-0.11440.41720.4778-0.18531.92070.037-0.352-0.15920.19880.1364-0.0370.3326-0.1263-0.17350.18060.0402-0.07920.22420.07540.2052-44.49188.385773.3064
28.65762.4884-0.19872.2518-0.2042.1916-0.0521-0.94480.06860.42510.1023-0.059-0.0567-0.0698-0.05020.3460.1319-0.10890.34070.01030.0948-43.157718.424690.2925
30.6223-0.05530.61280.2993-0.2182.62430.0354-0.1418-0.11710.03580.0727-0.03880.21210.0333-0.10820.13530.017-0.05640.10.03380.238-47.457210.142456.5502
41.5463-0.68680.07382.56581.27093.81850.06320.1211-0.0307-0.06230.0198-0.02070.346-0.0917-0.0830.1654-0.0216-0.04550.0506-0.02840.2308-54.100512.567312.8222
50.90871.02762.7372.1984.349313.88010.04230.0683-0.1257-0.08790.01990.0120.3470.1005-0.06230.18120.0365-0.01670.1057-0.01870.2455-45.73769.833114.159
60.41430.31441.1651.9046-4.418220.1583-0.10630.0144-0.11-0.1018-0.1945-0.2715-0.24520.73110.30080.20970.0334-0.02460.2651-0.03260.3149-41.60714.822642.4116
70.9437-0.125-0.73840.9120.39013.11930.0395-0.1551-0.13360.13650.04210.08530.1729-0.1209-0.08160.1152-0.0221-0.00030.09860.03460.1898-53.570521.958460.1087
81.4902-0.2558-3.95320.44581.076414.44480.00690.0021-0.032-0.06960.0235-0.0486-0.15740.1683-0.03040.1557-0.0061-0.01420.122-0.00870.2241-49.529620.957918.8295
92.1717-0.5714-0.32132.778-0.68093.1959-0.00160.2964-0.0202-0.405-0.0025-0.06520.22210.07940.00410.18290.0026-0.01490.0827-0.0730.1538-46.920616.7087-6.2987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2A199 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3A247 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 26
5X-RAY DIFFRACTION5B27 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6B53 - 61
7X-RAY DIFFRACTION7B62 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8B98 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9B127 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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