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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bkn | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the A/Wyoming/3/2003 (H3N2) influenza virus hemagglutinin apo form | ||||||||||||
要素 | (Hemagglutinin) x 2 | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Influenza / Hemagglutinin / Receptor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wu, N.C. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: A complex epistatic network limits the mutational reversibility in the influenza hemagglutinin receptor-binding site. 著者: Wu, N.C. / Thompson, A.J. / Xie, J. / Lin, C.W. / Nycholat, C.M. / Zhu, X. / Lerner, R.A. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bkn.cif.gz | 226.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bkn.ent.gz | 180.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bkn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bkn_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bkn_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6bkn_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bkn_validation.cif.gz | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/6bkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/6bkn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35874.480 Da / 分子数: 1 / 変異: S219F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A4GYF9 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20040.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B4UPH9 |
-糖 , 4種, 7分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | |
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-非ポリマー , 1種, 439分子
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M bicine pH 9 and 42% 2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 63929 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.02 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 43.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.91 Å / 冗長度: 16 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5808 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.24 / Rsym value: 0.95 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4O5N 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.143 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.166 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→50 Å
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拘束条件 |
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