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- PDB-6bke: BTK complex with compound 10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bke
タイトルBTK complex with compound 10
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / BTK / inhibitor / water structure / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of immunoglobulin production / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / B cell activation / negative regulation of B cell proliferation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / G beta:gamma signalling through BTK / cellular response to reactive oxygen species / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (12/13) signalling events / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / cytoplasmic vesicle / G alpha (q) signalling events / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / membrane raft / protein phosphorylation / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DVJ / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Eigenbrot, C. / Yu, C.L. / Wang, G.X.
引用ジャーナル: J. Comput. Aided Mol. Des. / 年: 2019
タイトル: Water molecules in protein-ligand interfaces. Evaluation of software tools and SAR comparison.
著者: Nittinger, E. / Gibbons, P. / Eigenbrot, C. / Davies, D.R. / Maurer, B. / Yu, C.L. / Kiefer, J.R. / Kuglstatter, A. / Murray, J. / Ortwine, D.F. / Tang, Y. / Tsui, V.
履歴
登録2017年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7095
ポリマ－33,8791
非ポリマー8304
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.198, 108.198, 41.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 33878.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DVJ / N-[2-(2-hydroxyethyl)-3-{5-[(5-methyl-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-2-yl)amino]-6-oxo-1,6-dihydropyridazin-3-yl}phenyl]-1-benzothiophene-2-carboxamide


分子量: 541.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27N7O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, Li2SO4, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.05
反射解像度: 1.95→35 Å / Num. obs: 20690 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.9850.74310070.530.3650.830.73699.5
1.98-2.025.20.70310150.5950.3350.7820.80499
2.02-2.065.40.610120.6830.2820.6650.85799.9
2.06-2.15.40.53310620.680.2470.5891.08599.4
2.1-2.155.60.46610080.8180.2120.5130.87599.9
2.15-2.25.80.39210200.8420.1770.4310.87899.9
2.2-2.255.60.38210230.8650.1730.421.11899.7
2.25-2.315.60.36810360.8910.1680.4060.95499.8
2.31-2.3860.32510210.9250.1430.3560.84399.8
2.38-2.465.90.27910430.9440.1230.3050.853100
2.46-2.546.20.24410010.9620.1060.2670.81599.6
2.54-2.656.10.21810510.9730.0950.2380.83599.9
2.65-2.776.20.18610410.9840.080.2030.924100
2.77-2.916.20.14610320.9870.0620.1590.85299.9
2.91-3.096.40.1210300.9910.050.130.91899.9
3.09-3.337.10.09310430.9940.0380.1011.043100
3.33-3.677.10.07510340.9960.030.0811.238100
3.67-4.26.70.06410560.9970.0270.071.35199.9
4.2-5.296.70.05510580.9970.0230.061.21799.9
5.29-356.60.05310970.9980.0220.0581.15199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.95→33.147 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1023 4.95 %
Rwork0.188 --
obs0.1945 20683 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 0 54 148 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.823121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.122841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.951-2.05380.25281410.24892762X-RAY DIFFRACTION95
2.0538-2.18250.24711530.22492789X-RAY DIFFRACTION95
2.1825-2.35090.26271410.21892782X-RAY DIFFRACTION95
2.3509-2.58740.22011590.20362781X-RAY DIFFRACTION94
2.5874-2.96160.23541680.20022768X-RAY DIFFRACTION94
2.9616-3.73060.21821310.17472854X-RAY DIFFRACTION96
3.7306-33.15180.17161280.16942902X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6837-0.9584-0.72332.42380.22241.4006-0.1791-0.03790.103-0.0560.2016-0.04480.07880.0504-0.02230.1121-0.0254-0.02830.0852-0.01780.138936.662638.701912.816
21.8252-0.4018-0.74241.06080.07312.07520.06070.19860.1723-0.22550.0282-0.1953-0.2442-0.1425-0.13110.196-0.03840.03270.1890.01570.23438.622938.24945.1663
30.83220.38280.22531.68250.12290.6771-0.04-0.01770.15910.0950.04660.0861-0.1371-0.0468-0.01880.16310.01010.01170.1322-0.01510.146232.268428.16658.3811
40.7067-0.2947-0.17620.91480.23071.0629-0.02940.08460.1039-0.14470.0493-0.0459-0.05410.0006-0.03410.1588-0.0118-0.0060.1309-0.0110.101935.273118.9842-0.7773
52.18990.0253-0.66551.09580.46491.7485-0.030.0075-0.07990.05920.0669-0.26250.17670.31330.14650.13360.00890.04550.13270.02970.078745.94496.48022.1041
61.5172-0.0710.28060.9626-0.59071.4051-0.05980.2068-0.2223-0.0409-0.0592-0.04720.25140.0185-0.07490.1764-0.0197-0.00510.0776-0.03680.082132.79114.2241-4.1824
74.27131.5888-2.29843.3561-0.95993.8826-0.1289-0.0723-0.1350.12340.00160.46860.2242-0.4816-0.00910.1913-0.05-0.04880.2606-0.06450.208318.96629.7356-1.496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 395 through 421 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 422 through 444 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 445 through 494 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 495 through 591 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 592 through 611 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 612 through 643 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 644 through 658 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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