PDB-6bjb: Crystal structure of Acat2-C91S thiolase from Ascaris suum in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bjb

タイトル

Crystal structure of Acat2-C91S thiolase from Ascaris suum in complex with propionyl-CoA and nitrate

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase A

キーワード

TRANSFERASE / thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Ascaris suum (かいちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.50000626234 Å

データ登録者

Blaisse, M.R. / Fu, B. / Chang, M.C.Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Studies of Substrate Selectivity in Ascaris suum Thiolases.
著者: Blaisse, M.R. / Fu, B. / Chang, M.C.Y.

履歴

登録	2017年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bjb.cif.gz	370.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bjb.ent.gz	245 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bjb_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bjb_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6bjb_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	6bjb_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bjb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bj9SC 6bjaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bj9-1 5xz5-1 6bja-1 5lp7-1 4o9c-1 6art-d 4c2j-d 4dd5-1 2vtz-d 1m4t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (10) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase A

B: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-CoA acetyltransferase A

B: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA acetyltransferase A

B: Acetyl-CoA acetyltransferase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.888, 88.621, 141.51
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase A 分子量: 41130.668 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-413 / 変異: C91S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: pET23a-AsAcat2-C91S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3) / 参照: UniProt: F1KYX0
#2: 化合物	ChemComp-1VU / propionyl Coenzyme A / プロピオニルCoA 分子量: 823.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium nitrate, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115859 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115859 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→75.11 Å / Num. obs: 144700 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 12.0894204499 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 9.03
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 14328 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BJ9

6bj9

解像度: 1.50000626234→75.1081451893 Å / SU ML: 0.127066613467 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33444938056 / 位相誤差: 16.3612163118

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.173029701521	7086	4.8978745464 %
R_work	0.148960943817	-	-
obs	0.15013435997	144675	99.8481659132 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.9827862986 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.50000626234→75.1081451893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5642	0	120	879	6641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095506222115	5856
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.36660858305	7938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0525037195274	924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00732035952285	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9778948445	2160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.244460824842	229	0.226380259675	4515	X-RAY DIFFRACTION	99.8316498316
1.5171-1.5349	0.264629890853	261	0.221872620995	4514	X-RAY DIFFRACTION	99.9372122227
1.5349-1.5536	0.273156637272	237	0.209311127783	4566	X-RAY DIFFRACTION	99.9375780275
1.5536-1.5733	0.219300823278	264	0.199546253605	4484	X-RAY DIFFRACTION	99.9368553989
1.5733-1.594	0.207272160849	232	0.195563546489	4563	X-RAY DIFFRACTION	99.9583072754
1.594-1.6158	0.220109785189	226	0.192846287472	4492	X-RAY DIFFRACTION	99.9364541411
1.6158-1.6389	0.196140921205	241	0.188321068948	4617	X-RAY DIFFRACTION	99.9588477366
1.6389-1.6634	0.219494331814	238	0.179579896	4514	X-RAY DIFFRACTION	99.9369085174
1.6634-1.6894	0.214109917117	216	0.177185305867	4555	X-RAY DIFFRACTION	99.9790444258
1.6894-1.7171	0.210265378311	223	0.179220564974	4577	X-RAY DIFFRACTION	99.9375390381
1.7171-1.7467	0.200191555268	259	0.167355278747	4531	X-RAY DIFFRACTION	99.958263773
1.7467-1.7785	0.174747981414	225	0.164271766924	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.9792099792
1.7785-1.8127	0.191967192749	218	0.162786639267	4574	X-RAY DIFFRACTION	99.9582811848
1.8127-1.8497	0.178165059166	218	0.153627973265	4579	X-RAY DIFFRACTION	99.9375
1.8497-1.8899	0.181667318934	255	0.160929325277	4545	X-RAY DIFFRACTION	99.8751560549
1.8899-1.9338	0.187918728265	220	0.160900946387	4593	X-RAY DIFFRACTION	99.9377076412
1.9338-1.9822	0.18545557166	199	0.155309204566	4580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0358	0.178212164898	228	0.150157381365	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.0957	0.172856372181	247	0.148047309934	4535	X-RAY DIFFRACTION	99.9164229001
2.0957-2.1634	0.155725915931	225	0.144941718452	4630	X-RAY DIFFRACTION	99.9176785347
2.1634-2.2407	0.164819687921	236	0.143889848135	4580	X-RAY DIFFRACTION	99.9170124481
2.2407-2.3304	0.162858743624	259	0.135744610786	4579	X-RAY DIFFRACTION	99.8555211558
2.3304-2.4365	0.163129692159	246	0.136007051126	4539	X-RAY DIFFRACTION	99.8539232053
2.4365-2.5649	0.162450857693	234	0.13200813831	4632	X-RAY DIFFRACTION	99.8768472906
2.5649-2.7257	0.160289877685	255	0.134538973786	4596	X-RAY DIFFRACTION	99.8148148148
2.7257-2.9361	0.14307940341	227	0.132448292788	4639	X-RAY DIFFRACTION	99.8153846154
2.9361-3.2316	0.179606017811	254	0.137060865447	4623	X-RAY DIFFRACTION	99.9385245902
3.2316-3.6992	0.161029354358	228	0.133765289814	4698	X-RAY DIFFRACTION	99.9391357273
3.6992-4.6605	0.136628338885	242	0.119066460162	4709	X-RAY DIFFRACTION	99.697946033
4.6605-75.2024	0.158378997516	244	0.151342948176	4837	X-RAY DIFFRACTION	98.0698706813

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