PDB-6bj6: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bj6

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2-{[(S)-benzenesulfinyl]methyl}benzoic acid

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2-{[(S)-benzenesulfinyl]methyl}benzoic acid
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bj6.cif.gz	175.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bj6.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bj6_validation.pdf.gz	826.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bj6_full_validation.pdf.gz	827.4 KB	表示
XML形式データ	6bj6_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	6bj6_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bj6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b71-1 5tbs-1 6bhb-1 5tbt-1 2ai1-1 6bb7-1 5cxs-1 1vfn-1 6bi9-1 6bif-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.850, 99.850, 99.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-556- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DTS / 2-{[(S)-phenylsulfinyl]methyl}benzoic acid / 2-{[(S)-benzenesulfinyl]methyl}benzoic acid 分子量: 260.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂O₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→49.92 Å / Num. obs: 35482 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.72→1.76 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2603 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.73→49.925 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	1720	4.93 %
R_work	0.1607	-	-
obs	0.1621	34878	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→49.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2134	0	34	209	2377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2217
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.139	3006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.423	1330
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	391

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7301-1.781	0.2494	172	0.2539	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.781-1.8385	0.2713	128	0.2256	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8385-1.9042	0.2237	182	0.2043	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9042-1.9804	0.2579	132	0.1929	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9804-2.0705	0.2218	142	0.1664	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0705-2.1797	0.201	143	0.1594	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1797-2.3163	0.176	154	0.1513	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3163-2.4951	0.1822	120	0.1501	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4951-2.7462	0.2142	130	0.155	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7462-3.1435	0.1865	138	0.1549	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1435-3.9602	0.1791	155	0.1569	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9602-49.9458	0.1688	124	0.152	2925	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1494	3.0707	-0.1073	2.8691	2.0101	5.2378	0.1244	0.0442	-1.1682	0.5812	0.2368	-0.9933	0.9675	0.4959	-0.2773	0.439	0.0581	0.0089	0.2192	-0.0344	0.4584	28.4705	11.8386	52.9692
2	3.515	0.111	1.6684	1.284	-0.7126	2.4262	0.1193	0.0161	-0.6584	-0.0163	0.0073	-0.0845	0.6075	-0.2248	-0.1109	0.4927	-0.0857	0.0529	0.2387	-0.0615	0.4429	13.6979	9.2441	49.1612
3	8.8579	-3.0361	-6.9393	1.1804	2.5836	7.9206	-0.0985	0.0408	-0.3894	0.0414	-0.0518	0.1557	0.2873	-0.179	0.1635	0.2933	-0.0388	0.0365	0.1927	-0.0028	0.2774	17.4833	20.5779	55.5661
4	7.8801	-4.7845	-3.1696	6.3575	2.4869	2.2244	-0.0473	0.6316	-0.0086	-0.2456	-0.0559	0.2351	0.0007	-0.2754	0.0757	0.2962	-0.0676	-0.0575	0.3233	-0.0082	0.1715	2.2527	25.6818	44.5026
5	1.9241	0.3774	0.1047	1.5642	0.1154	1.0809	-0.092	0.4066	-0.0242	-0.3857	0.107	0.0384	0.0921	-0.1451	-0.0304	0.291	-0.0734	0.0302	0.2619	-0.0075	0.1461	10.8771	29.4565	43.2376
6	2.3447	-0.7211	-0.2689	0.8971	0.5902	0.6967	0.0378	0.0457	0.1237	-0.1783	-0.0501	0.0361	-0.0005	-0.1434	0.0285	0.261	-0.0544	0.0142	0.2444	-0.0171	0.2101	4.1606	33.1166	53.3956
7	3.075	-2.0426	-0.5214	2.7626	1.3819	1.0342	0.0017	0.1501	-0.2484	-0.0996	-0.2319	0.4591	0.0136	-0.3345	0.2603	0.3106	-0.0671	-0.0088	0.3444	-0.0349	0.2753	-2.783	28.8725	49.8673
8	4.3066	-1.864	-5.2759	3.6891	2.1294	7.6067	-0.2394	0.1475	-0.3818	-0.0605	0.078	0.1062	0.2556	-0.0332	0.2496	0.3974	-0.177	-0.0744	0.4413	-0.0677	0.2764	-0.3415	15.8756	42.1379

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 232 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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