PDB-6bio: Structure of NlpC1 from Trichomonas vaginalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bio

タイトル

Structure of NlpC1 from Trichomonas vaginalis

要素

Clan CA, family C40, NlpC/P60 superfamily cysteine peptidase

キーワード

HYDROLASE / peptidase / NlpC protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Pinheiro, J. / Simoes-Barbosa, A. / Goldstone, D.C.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2018
タイトル: The ProtozoanTrichomonas vaginalisTargets Bacteria with Laterally Acquired NlpC/P60 Peptidoglycan Hydrolases.
著者: Pinheiro, J. / Biboy, J. / Vollmer, W. / Hirt, R.P. / Keown, J.R. / Artuyants, A. / Black, M.M. / Goldstone, D.C. / Simoes-Barbosa, A.

履歴

登録	2017年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bio.cif.gz	179.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bio.ent.gz	143.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bimSC 6biqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bim-d 6zgv-4 3ps0-3 6biq-2 3tii-1 1e6f-d 3tii-2 2wxt-d 6zgz-4 1nij-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Clan CA, family C40, NlpC/P60 superfamily cysteine peptidase

31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.150, 70.120, 80.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-449- HOH

#1: タンパク質	Clan CA, family C40, NlpC/P60 superfamily cysteine peptidase 分子量: 31656.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_119910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2D7D7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus Screen A1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→21.4 Å / Num. obs: 94028 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4588 / R_pim(I) all: 0.538 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BIM

6bim

解像度: 1.2→21.396 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	4590	4.9 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1651	94028	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→21.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2227	0	0	422	2649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.205	3183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.32	856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	411

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.3424	270	0.3052	5745	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2136-1.2279	0.3093	272	0.2878	5653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2279-1.2429	0.3238	311	0.2782	5669	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2429-1.2586	0.3211	274	0.278	5718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2586-1.2752	0.2853	326	0.2623	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2752-1.2926	0.3161	279	0.2691	5751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2926-1.3111	0.2963	344	0.2635	5600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3111-1.3307	0.2733	290	0.2549	5775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3307-1.3515	0.2303	271	0.2383	5765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3515-1.3736	0.2596	309	0.2273	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3736-1.3973	0.2618	276	0.2226	5753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3973-1.4227	0.234	279	0.214	5656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4227-1.4501	0.2319	295	0.1986	5770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4501-1.4797	0.2046	266	0.1871	5758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4797-1.5118	0.1976	347	0.1722	5661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5118-1.547	0.2125	267	0.1729	5776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.547-1.5857	0.177	281	0.1588	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5857-1.6285	0.201	295	0.1511	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6285-1.6764	0.1869	280	0.1441	5681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6764-1.7305	0.1692	316	0.1374	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7305-1.7923	0.1911	275	0.1365	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7923-1.864	0.1615	307	0.1324	5673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.864-1.9488	0.176	311	0.1377	5735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9488-2.0515	0.1679	299	0.1337	5750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0515-2.1799	0.1453	342	0.1305	5650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1799-2.348	0.1857	304	0.1283	5694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.584	0.1488	267	0.1321	5794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.584-2.957	0.1736	285	0.1404	5747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.957-3.7224	0.1525	283	0.1448	5725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7224-21.3992	0.1578	322	0.134	5697	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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