PDB-6bi9: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bi9

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 1,2,5-trimethyl-1H-pyrrole-3-carboxylic acid

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 1,2,5-trimethyl-1H-pyrrole-3-carboxylic acid
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bi9.cif.gz	176.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bi9.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bi9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bi9_validation.pdf.gz	744.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bi9_full_validation.pdf.gz	746.3 KB	表示
XML形式データ	6bi9_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	6bi9_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b7i-1 5tbs-1 6b4t-1 6bhb-1 6bif-1 5ko5-1 6b3l-1 5tbt-1 6bj6-1 5tbu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.250, 100.250, 100.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-554- HOH
2	1	A-613- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DS7 / 1,2,5-trimethyl-1H-pyrrole-3-carboxylic acid / 1,2,5-トリメチル-1H-ピロ-ル-3-カルボン酸分子量: 153.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→57.88 Å / Num. obs: 45287 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.59→1.63 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3263 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.59→57.879 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1907	2204	4.87 %
R_work	0.1696	-	-
obs	0.1707	45254	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→57.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2137	0	31	219	2387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	2987
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.635	1318
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5905-1.6251	0.3296	119	0.2938	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6251-1.6629	0.2722	116	0.2685	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6629-1.7044	0.2781	158	0.2401	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7044-1.7505	0.2595	129	0.229	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7505-1.802	0.2559	167	0.2191	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8602	0.2223	125	0.1999	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8602-1.9267	0.2058	178	0.1867	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9267-2.0039	0.2124	119	0.1837	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0039-2.0951	0.2255	155	0.1697	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0951-2.2055	0.1945	134	0.1746	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2055-2.3437	0.1773	160	0.1584	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3437-2.5247	0.1733	102	0.1616	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5247-2.7787	0.1939	141	0.1652	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7787-3.1808	0.1866	128	0.1615	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1808-4.0073	0.178	149	0.1558	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0073-57.9177	0.1622	124	0.1567	2841	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7166	4.0807	0.1225	6.7596	1.5828	4.591	0.1162	0.0404	-1.1962	0.1191	0.1976	-0.2472	0.9666	0.408	-0.2431	0.3686	0.0848	-0.0566	0.215	-0.0524	0.4603	27.8172	11.9046	53.1451
2	3.4494	0.4765	2.0521	1.9978	0.008	3.2842	0.2834	-0.1121	-0.648	0.1102	0.0408	0.0265	0.7864	-0.3397	-0.2283	0.4194	-0.0618	-0.0153	0.209	-0.0313	0.4269	13.3113	9.446	49.6488
3	5.7226	-3.0758	-4.855	1.7181	2.8239	6.6659	0.0231	0.088	-0.3495	0.0261	-0.0768	0.1556	0.1764	-0.2023	0.0712	0.2693	-0.0201	0.0341	0.1662	-0.0013	0.2598	17.0275	20.7901	55.6645
4	4.3138	-4.489	-2.2294	6.0177	2.6433	2.4731	0.1214	0.4163	0.0156	-0.2538	-0.1974	0.1941	0.0042	-0.3355	-0.0016	0.1942	-0.0467	-0.0229	0.2513	-0.0078	0.1448	1.8623	26.2774	44.345
5	1.3845	0.0152	0.0283	0.7768	0.3582	0.7745	0.0094	0.1969	0.0374	-0.1853	-0.0115	0.0305	0.0296	-0.1231	-0.0037	0.2387	-0.0362	0.0057	0.2197	0.0043	0.172	8.474	30.8642	46.7556
6	4.2029	-1.8001	-0.2499	2.25	0.9496	0.4571	0.1656	-0.1471	-0.1207	-0.0419	-0.2449	0.3301	0.033	-0.2403	0.0728	0.2201	-0.0604	0.0024	0.3385	-0.0497	0.195	-2.7562	28.9746	49.7069
7	8.3314	-2.2405	-5.9068	3.4508	2.5834	5.5003	-0.0544	0.1356	-0.5901	-0.0378	-0.1168	0.1154	0.2902	-0.2195	0.1525	0.3182	-0.1203	-0.0864	0.3226	-0.0328	0.2697	-0.5586	16.0361	42.3951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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新型コロナ情報

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