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万見
- PDB-6bi6: Solution NMR structure of uncharacterized protein YejG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bi6
タイトルSolution NMR structure of uncharacterized protein YejG
要素Uncharacterized protein YejG
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PF13989 / YejG
機能・相同性Uncharacterised protein family YejG / YejG-like protein / Uncharacterized protein YejG
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics simulation, energy refinement
データ登録者Mohanty, B. / Finn, T.J. / Macindoe, I. / Zhong, J. / Patrick, W.M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: The uncharacterized bacterial protein YejG has the same architecture as domain III of elongation factor G.
著者: Mohanty, B. / Hanson-Manful, P. / Finn, T.J. / Chambers, C.R. / McKellar, J.L.O. / Macindoe, I. / Helder, S. / Setiyaputra, S. / Zhong, Y. / Mackay, J.P. / Patrick, W.M.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YejG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5571
ポリマ－12,5571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 40structures with lowest energy and acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YejG


分子量: 12557.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: yejG, b2181, JW2169 / プラスミド: pGEX-6p / 詳細 (発現宿主): For production of GST-tagged YejG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD21

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D [15N,1H]-HSQC
121isotropic23D 15N-resolved [1H,1H]-NOESY
131isotropic23D 13Cali-resolved [1H,1H]-NOESY
141isotropic23D 13Caro-resolved [1H,1H]-NOESY
151isotropic22D [13Cali,1H]-HSQC (multiplicity edited)
161isotropic22D [13Caro,1H]-HSQC
171isotropic22D 1H-1H NOESY
181isotropic13D NUS HNCA
191isotropic13D NUS HN(CA)CB
1101isotropic13D NUS CBCA(CO)NH
1111isotropic13D NUS HN(CA)CO
1121isotropic13D NUS HNCO
1131isotropic13D NUS HBHA(CO)NH
1141isotropic13D NUS HNHA
1151isotropic13D NUS (H)CC(CO)NH
1161isotropic215N{1H}-NOE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 600 uM [U-13C,15N] YejG, 20 mM Bi-tris, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O
詳細: 600 uM [U-13C,15N]-labelled YejG 20 mM Bis-tris, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM PMSF, 10% D2O; pH 6.5
Label: [U-13C,15N]-labelled YejG / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMYejG[U-13C,15N]1
20 mMBi-trisnatural abundance1
50 mMNaClnatural abundance1
1 mMTCEPnatural abundance1
0.2 mMPMSFnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALpKoradi, Billeter and Guntert精密化
精密化手法: molecular dynamics simulation, energy refinement / ソフトェア番号: 7
詳細: Koradi, R., Billeter, M. and Guntert, P. Point-centered domain decomposition for parallel molecular dynamics simulation
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with lowest energy and acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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