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- PDB-6bi4: 2.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of dTDP-Glucose 4,6-deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bi4
タイトル2.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of dTDP-Glucose 4,6-dehydratase (rfbB) from Bacillus anthracis str. Ames in Complex with NAD.
要素dTDP-glucose 4,6-dehydratase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / dTDP-Glucose 4 / 6-dehydratase / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide-sugar metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NICKEL (II) ION / dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Kuhn, M. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure of the Bacillus anthracis dTDP-l-rhamnose biosynthetic pathway enzyme: dTDP-alpha-d-glucose 4,6-dehydratase, RfbB.
著者: Gokey, T. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Kuhn, M.L.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年11月8日ID: 4EGB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年1月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
B: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
C: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
D: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,51726
ポリマ－159,7164
非ポリマー4,80122
水1,36976
1
A: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
D: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,25813
ポリマ－79,8582
非ポリマー2,40011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
2
B: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
C: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,25813
ポリマ－79,8582
非ポリマー2,40011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.557, 165.557, 292.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 321 / Label seq-ID: 24 - 345

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質
dTDP-glucose 4,6-dehydratase


分子量: 39928.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
株: Ames / 遺伝子: rfbB / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Magic
参照: UniProt: Q81TP0, UniProt: A0A6L7HMN5*PLUS, dTDP-glucose 4,6-dehydratase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 96分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PROTEIN: TOTAL RFBB AND RFBC AT 7.5 MG/ML IN 10 MM TRIS HCL PH 8.3, 500 MM NACL, 5 MM BME, 10% GLYCEROL, 5 MM MGCL2, AND 1 MM NAD+. SCREEN: 0.1 M TRIS HCL PH 8.0, 1.56 M AMMONIUM SULFATE, AND ...詳細: PROTEIN: TOTAL RFBB AND RFBC AT 7.5 MG/ML IN 10 MM TRIS HCL PH 8.3, 500 MM NACL, 5 MM BME, 10% GLYCEROL, 5 MM MGCL2, AND 1 MM NAD+. SCREEN: 0.1 M TRIS HCL PH 8.0, 1.56 M AMMONIUM SULFATE, AND 8.5% (W/V) PEG3350. CRYO-PROTECTANT SOLUTION: 1:1 RATIO OF 3.6 M AMMONIUM SULFATE AND 50% SUCROSE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月20日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 44858 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 69.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.158 / Rsym value: 0.15 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.771 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2208 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.256 / Rrim(I) all: 0.813 / Rsym value: 0.771 / Χ2: 1.002 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R66

1r66


解像度: 2.91→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 25.627 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.626 / ESU R Free: 0.299 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20436 2264 5 %RANDOM
Rwork0.16742 ---
obs0.16928 42594 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.8 Å2-0 Å2
3---7.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.91→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10012 0 294 76 10382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.029794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.99114403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.007322592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.86451236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.62425.275491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72151700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.031528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02111700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A197970.05
12B197970.05
21A198530.05
22C198530.05
31A196970.06
32D196970.06
41B198700.05
42C198700.05
51B198870.06
52D198870.06
61C199500.05
62D199500.05
LS精密化 シェル解像度: 2.906→2.981 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 160 -
Rwork0.269 3072 -
obs--99.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50410.6334-0.76512.6563-0.34263.3608-0.0043-0.3145-0.16690.0280.1226-0.22970.27650.3155-0.11830.26970.01830.03580.2979-0.11390.0861240.0694-47.236126.3987
21.3061-0.4199-0.41821.92890.47242.13690.0547-0.04720.3561-0.30930.1024-0.2142-0.211-0.0439-0.15710.2392-0.07660.12190.2141-0.10380.1634236.1245-34.00114.7865
32.7070.47760.39392.1960.15522.39340.10860.3280.3628-0.42750.014-0.08620.08-0.0984-0.12250.4527-0.02490.16670.3055-0.03430.1404235.692-40.24734.2997
44.54950.2048-0.02413.61380.37763.00150.0170.29550.0928-0.31320.08550.383-0.2213-0.1053-0.10260.18580.0396-0.04870.2193-0.01940.0583196.6335-37.794941.3614
51.6144-0.8050.46833.16260.31091.60710.1228-0.0639-0.24130.09320.02450.12970.07250.0116-0.14740.13650.0122-0.0460.2717-0.05390.0596203.9718-50.648453.1221
61.38670.08250.4451.96940.43422.09050.1420.248-0.4719-0.23710.01260.12740.19910.0959-0.15460.13760.0068-0.08080.2699-0.14130.1907189.7753-59.530537.7426
74.4277-1.6592-0.19284.0207-0.31033.35510.11820.023-0.0218-0.0562-0.1205-0.38980.05150.43360.00240.11570.0501-0.01880.3133-0.08230.0789236.6884-55.486751.1661
82.1079-0.6178-01.7560.10412.59420.04-0.1673-0.25960.1210.05540.12390.11050.1184-0.09540.16260.0151-0.00920.2269-0.06580.0696223.7299-57.865164.1647
93.6984-0.0569-0.03782.47410.99393.51850.0285-0.2498-0.04830.53140.1622-0.14020.21440.4533-0.19070.170.0778-0.03080.2850.00780.0198230.138-58.43872.0112
103.83660.1971.8494.6203-0.49032.971-0.0327-0.18040.19590.04450.20460.2784-0.113-0.3326-0.17190.15160.02790.08680.289-0.0450.1175211.3329-15.804540.4783
113.6224-0.6081.21592.38011.26671.46070.0597-0.040.1618-0.35150.1457-0.3956-0.09540.0534-0.20540.2957-0.02780.10380.2634-0.12820.1591224.7952-18.376427.173
121.58420.30160.40562.45380.54812.3682-0.0176-0.23110.28670.03810.1311-0.4811-0.13430.1399-0.11350.19810.01590.07330.1686-0.14930.2562229.1021-2.531940.5177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2A98 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3A264 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5B98 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6B176 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7C0 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8C98 - 268
9X-RAY DIFFRACTION9C269 - 321
10X-RAY DIFFRACTION10D0 - 97
11X-RAY DIFFRACTION11D98 - 168
12X-RAY DIFFRACTION12D169 - 321

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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