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- PDB-6bhw: B. subtilis SsbA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhw
タイトルB. subtilis SsbA
要素Single-stranded DNA-binding protein A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Single-stranded DNA binding protein / DNA Replication / DNA Repair
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Single-stranded DNA-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.208 Å
データ登録者Dubiel, K.D. / Myers, A.R. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098885 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Mechanisms of Cooperative DNA Binding by Bacterial Single-Stranded DNA-Binding Proteins.
著者: Dubiel, K. / Myers, A.R. / Kozlov, A.G. / Yang, O. / Zhang, J. / Ha, T. / Lohman, T.M. / Keck, J.L.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein A
B: Single-stranded DNA-binding protein A
C: Single-stranded DNA-binding protein A
D: Single-stranded DNA-binding protein A
E: Single-stranded DNA-binding protein A
F: Single-stranded DNA-binding protein A
G: Single-stranded DNA-binding protein A
H: Single-stranded DNA-binding protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,06416
ポリマ－104,5248
非ポリマー5418
水4,612256
1
A: Single-stranded DNA-binding protein A
B: Single-stranded DNA-binding protein A
C: Single-stranded DNA-binding protein A
D: Single-stranded DNA-binding protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6169
ポリマ－52,2624
非ポリマー3545
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9080 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
2
E: Single-stranded DNA-binding protein A
F: Single-stranded DNA-binding protein A
G: Single-stranded DNA-binding protein A
H: Single-stranded DNA-binding protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4487
ポリマ－52,2624
非ポリマー1863
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.479, 97.479, 213.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein A / SSB A


分子量: 13065.486 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: ssbA, BSU40900 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P37455
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50% mixture with 50 mM MES pH6.5, 5% PEG 8000, 80 mM magnesium acetate, 200 mM potassium chloride SsbA was incubated with a 1:2 SsbA to dT35 ratio and a-chymotrypsin prior to crystallization
PH範囲: 6.5 - 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 52594 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 2566 / CC1/2: 0.814 / Rrim(I) all: 1.366 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000v712data processing
PHENIX(1.12)精密化
Cootモデル構築
PHENIX(1.12)位相決定
HKL-2000v712データスケーリング
HKL-2000v712データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VDY

3vdy


解像度: 2.208→42.713 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 2000 3.81 %
Rwork0.2316 --
obs0.2326 52493 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.208→42.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6213 0 35 256 6504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4568763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7973902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.208-2.26320.29891390.28473501X-RAY DIFFRACTION99
2.2632-2.32440.32311410.28873556X-RAY DIFFRACTION100
2.3244-2.39280.32171390.27753547X-RAY DIFFRACTION100
2.3928-2.47010.29421410.27283542X-RAY DIFFRACTION100
2.4701-2.55830.31261420.26193571X-RAY DIFFRACTION100
2.5583-2.66070.31581400.2573544X-RAY DIFFRACTION100
2.6607-2.78180.28031420.2643577X-RAY DIFFRACTION100
2.7818-2.92840.33051410.26423587X-RAY DIFFRACTION100
2.9284-3.11190.30911430.24953589X-RAY DIFFRACTION100
3.1119-3.35210.30351440.24533634X-RAY DIFFRACTION100
3.3521-3.68920.23991420.21733588X-RAY DIFFRACTION100
3.6892-4.22260.22371450.20433669X-RAY DIFFRACTION100
4.2226-5.31850.1841470.17483695X-RAY DIFFRACTION100
5.3185-42.72140.23571540.23523893X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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