PDB-6bh1: LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR (S)-2-((2-chloroph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bh1

タイトル

LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR (S)-2-((2-chlorophenyl)(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)-1l2-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid (Compound N52)

要素

Lysine-specific demethylase 5A, linked KDM5A JMJ domain

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DEMETHYLASE INHIBITION / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.932 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Insights into the Action of Inhibitor Enantiomers against Histone Lysine Demethylase 5A.
著者: Horton, J.R. / Liu, X. / Wu, L. / Zhang, K. / Shanks, J. / Zhang, X. / Rai, G. / Mott, B.T. / Jansen, D.J. / Kales, S.C. / Henderson, M.J. / Pohida, K. / Fang, Y. / Hu, X. / Jadhav, A. / ...

履歴

登録	2017年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bh1.cif.gz	142 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bh1.ent.gz	106.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bh1_validation.pdf.gz	805.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bh1_full_validation.pdf.gz	806.7 KB	表示
XML形式データ	6bh1_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	6bh1_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bh1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bguC 6bgvC 6bgwC 6bgxC 6bgyC 6bgzC 6bh0C 6bh2C 6bh3C 6bh4C 6bh5C 5e6hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dq9-d 6bgz-d 6dqe-d 5ivj-d 4lcg-d 6bh4-d 6dqa-d 6dqf-d 6bh2-d 4hgt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 5A, linked KDM5A JMJ domain

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.028, 61.786, 46.643
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 5A, linked KDM5A JMJ domain / Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding ...Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding protein 2 / RBBP-2 分子量: 37944.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold C-PLUS 参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 5A, linked KDM5A JMJ domain / Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding ...

分子量: 37944.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold C-PLUS
参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 165分子

#2: 化合物	ChemComp-DQG / 2-{(S)-(2-chlorophenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid 分子量: 413.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄ClN₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate PH範囲: 8.6-9.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→27.28 Å / Num. obs: 24685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.93→2.02 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2411 / CC_1/2: 0.725 / R_pim(I) all: 0.451 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5E6H

5e6h

解像度: 1.932→27.275 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	1218	5 %
R_work	0.1597	-	-
obs	0.1609	24382	98.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.932→27.275 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2297	0	42	160	2499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	3364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.77	1420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	438

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.932-2.0093	0.2417	120	0.215	2162	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0093-2.1007	0.2034	145	0.1786	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1007-2.2115	0.2428	141	0.1731	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2115-2.3499	0.2017	123	0.166	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3499-2.5313	0.2137	139	0.1697	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5313-2.7858	0.2003	134	0.1681	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7858-3.1883	0.1779	143	0.1547	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1883-4.0149	0.1532	132	0.1439	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0149-27.2772	0.163	141	0.151	2688	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9563	-0.8587	0.9993	3.8846	0.4274	3.3162	-0.0664	0.0003	-0.3438	0.1286	0.2103	-0.5442	0.2536	0.5115	-0.1027	0.1794	0.0257	-0.0224	0.1665	-0.0032	0.2629	-18.4974	2.6778	8.9097
2	5.2904	2.9924	1.1926	5.4244	2.8503	3.1762	-0.0863	0.1554	-0.266	-0.056	0.2763	-0.5004	-0.1042	0.5446	-0.1638	0.1421	-0.0099	-0.0108	0.2044	0.031	0.2476	-12.7558	5.902	4.874
3	5.9816	3.8056	0.6653	6.459	1.344	4.4446	-0.488	0.2346	0.9335	-0.1549	0.171	0.4049	-0.801	-0.1851	0.2735	0.3847	0.0731	-0.0391	0.1698	0.0218	0.2149	-28.6894	29.2269	12.8195
4	2.8071	1.7	0.6957	3.7698	0.8523	3.8734	0.0268	-0.2446	0.0774	0.4286	-0.0983	0.1588	-0.0928	-0.25	0.0604	0.1999	0.0407	0.0392	0.1692	-0.0058	0.1325	-29.2396	19.4593	22.8677
5	6.192	-0.8572	-0.1656	2.8476	0.2738	2.8829	0.0898	0.1076	0.8039	-0.0039	0.1459	-0.4043	-0.54	0.4312	-0.1748	0.3409	-0.0841	0.0066	0.183	-0.0282	0.2421	-17.3578	26.111	11.2712
6	4.5259	0.1777	-1.5414	5.9837	0.7379	2.0262	0.3947	0.2816	-0.2729	-0.5082	-0.003	0.079	-0.2577	0.3774	-0.3749	0.2316	-0.0284	0.0714	0.4074	-0.0349	0.32	-5.9561	17.4966	0.4681
7	1.5174	0.3119	0.904	1.8531	1.1035	2.6386	-0.0123	0.0962	0.0009	-0.1346	0.0307	-0.0469	-0.2008	0.1606	-0.0144	0.15	-0.0131	0.0165	0.0967	0.0171	0.1091	-22.9245	16.5942	6.5697
8	5.212	-6.611	-4.0429	9.3837	4.7203	3.2971	0.1614	1.1551	-0.2365	-0.7501	-0.3007	0.7616	-0.3157	-0.837	0.1623	0.2509	0.0328	-0.0542	0.3325	-0.0324	0.301	-37.4706	10.0826	-4.9988
9	7.2047	0.6384	-3.4295	5.9383	-2.2032	7.7535	-0.1615	0.5747	-0.4813	-0.0164	-0.1967	0.5001	1.4403	-0.5808	0.3563	0.4568	-0.0521	0.0071	0.2458	-0.0794	0.3646	-38.5312	23.1639	-4.3816
10	2.3943	0.7273	0.6059	2.7204	0.7486	3.6073	-0.0221	0.0382	-0.0662	-0.0921	0.0322	0.1181	-0.0283	-0.0471	-0.0106	0.1438	0.0082	0.0124	0.0761	0.0157	0.1225	-26.1739	11.8277	5.8381

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 359 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 360 through 399 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 400 through 432 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 433 through 469 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 470 through 507 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 508 through 521 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 522 through 536 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 537 through 588 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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