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万見
- PDB-6bgb: Crystal Structure of the 16mer GCAGNCUUAAGUCUGC containing BrPh 7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bgb
タイトルCrystal Structure of the 16mer GCAGNCUUAAGUCUGC containing BrPh 7-triazolyl-8-aza-7-deazaadenosine
要素(5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
キーワードRNA / duplex / structural classification / synthetic
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Fisher, A.J. / Beal, P.A. / Mumbleau, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080784 米国
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Controlling miRNA-like off-target effects of an siRNA with nucleobase modifications.
著者: Suter, S.R. / Ball-Jones, A. / Mumbleau, M.M. / Valenzuela, R. / Ibarra-Soza, J. / Owens, H. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
B: (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
C: (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9663
ポリマ－15,9663
非ポリマー00
水18010
1
A: (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
B: (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6442
ポリマ－10,6442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5980 Å2
手法PISA
2
C: (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')

C: (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6442
ポリマ－10,6442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.640, 43.150, 48.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 (5'-R(*GP*CP*AP*GP*(A7C)P*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*GP*C)-3')


分子量: 5322.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 310.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: RNA in 10% v/v MPD, 12 mM spermine, 80 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 40 mM sodium cacodylate, pH 7.0, equilibrated against reservoir of 35% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
詳細: primary mirror: flat, secondary mirror: uncooled cylindrical silicon bent into toroid
放射モノクロメーター: water-cooled flat double Si(111) Khozu
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 15214 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique obs: 695 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.248 / % possible all: 57.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→42.187 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 48.22
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2558 727 4.91 %Random
Rwork0.2167 ---
obs0.2188 14821 92.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1047 0 10 1057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9671815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.951570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6502-1.77760.4497780.39921967X-RAY DIFFRACTION63
1.7776-1.95650.41481420.33473004X-RAY DIFFRACTION97
1.9565-2.23960.35641500.31633027X-RAY DIFFRACTION98
2.2396-2.82150.34581890.30193024X-RAY DIFFRACTION99
2.8215-42.20050.21231680.17473072X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.94110.0326-1.37174.89891.3916.48820.5775-0.04030.8880.37480.442-1.4308-1.2737-0.1081-0.87210.7579-0.11410.23350.6811-0.17850.64317.095116.601434.9983
25.1252-0.19651.52159.65291.67382.24360.10480.7170.35510.36771.0033-0.5607-0.74080.7713-0.9260.59410.04560.13570.44630.00230.48862.28239.07624.734
32.52871.1877-2.00790.6456-0.92191.7625-0.3539-0.08790.0047-0.81170.8910.91810.7023-0.002-0.55070.49150.0551-0.0540.70050.26950.7289-1.208320.065213.9576
46.6546-0.1165-1.35270.8376-0.32565.62150.23351.1869-0.8875-0.6539-0.41650.35530.0795-1.15680.21790.5892-0.0451-0.08770.6076-0.06130.51258.374916.24722.6738
54.32010.70092.76753.2875-0.15285.22780.8796-0.017-1.79790.27510.2979-0.21850.4941-1.0573-1.06020.7497-0.0513-0.2570.62490.07340.61333.20519.92957.1745
66.05580.4656-0.03676.23652.1617.41850.32740.7595-0.4640.88590.54370.29160.9079-0.3774-0.65030.3666-0.0226-0.07090.54250.12630.46897.322817.867617.4524
71.40740.2579-0.38773.0799-2.54622.60510.76850.04810.68841.059-0.17080.5686-0.42590.4547-0.70240.56520.10640.21330.59170.11550.7372-3.894415.349828.2427
80.9453-1.8304-0.62624.9936-0.99394.4431-0.4113-1.1340.72270.70240.4342-0.5566-1.0045-0.3905-0.05930.6102-0.0032-0.01570.5716-0.12270.53254.23038.975739.5148
90.68520.0554-0.78114.0248-3.73234.9290.3329-0.14840.8834-0.19640.84631.43480.4982-0.8319-0.93340.60840.03020.05530.85220.26710.653521.079822.145435.0122
107.36180.8092-2.16954.04170.20217.46871.13460.2137-0.1111-0.1361-0.18280.5108-0.1715-0.8809-0.88480.4947-0.0912-0.08790.4960.11370.481629.976921.747924.7354
111.8810.28442.47691.9791-0.4693.63410.25250.9455-1.07470.32060.3763-0.3215-0.15320.6319-0.7970.66810.0402-0.22670.4745-0.11880.709322.187213.24213.9471
121.918-2.02050.89015.2172-1.25024.83870.06-0.03880.0792-1.2696-0.1776-0.65010.94460.80980.10280.61170.01730.09020.678-0.01990.549720.69123.43492.6732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 4 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 5 through 8 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 9 through 12 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 13 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 4 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 8 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 9 through 12 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 13 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 4 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 5 through 8 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 9 through 12 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 13 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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