PDB-6bfv: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bfv

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 5-fluoro-1,2-dihydropyrimidin-2-one

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.921 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 5-fluoropyrimidin-1-ium-2-olate
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bfv.cif.gz	173.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bfv.ent.gz	140.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2on6-1 6b7i-1 6bhb-1 1rfg-1 1pf7-1 6axa-1 6b3l-1 2a0w-1 2q7o-1 6b4t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.640, 98.640, 98.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-476- HOH
2	1	A-502- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21(DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DJP / 5-fluoropyrimidin-2-ol / 5-フルオロピリミジン-2-オ-ル分子量: 114.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃FN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→69.75 Å / Num. obs: 24720 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1934 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.921→69.749 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	1174	4.75 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.1958	24695	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.921→69.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	28	104	2274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.174	2993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.385	1321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	388

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9209-2.0083	0.2844	151	0.2572	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0083-2.1142	0.2581	158	0.2276	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1142-2.2467	0.2464	162	0.2196	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2467-2.4201	0.2448	127	0.1965	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4201-2.6637	0.22	133	0.1934	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6637-3.0491	0.2439	144	0.1962	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0491-3.8416	0.2497	168	0.1918	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8416-69.795	0.2102	131	0.1779	3089	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2769	4.8464	0.9367	3.568	2.3732	8.8006	0.1608	-0.3048	-0.5645	1.0141	-0.0771	-0.3613	0.8797	0.6588	-0.0469	0.4538	0.0035	0.1629	0.3054	-0.0539	0.437	28.2637	11.2779	52.1564
2	2.8494	-0.9383	1.1127	2.3436	-0.8521	2.922	0.1855	0.0859	-0.6906	-0.3524	0.1117	0.2441	0.5555	-0.3274	-0.2535	0.6232	-0.1283	0.0297	0.374	-0.108	0.5319	12.1861	7.8875	45.8355
3	8.2051	1.0813	-2.373	0.4148	-0.1108	2.9023	0.1025	-0.5278	-0.3339	0.22	-0.172	0.3437	-0.1034	-0.1422	-0.0225	0.4794	-0.1265	0.1183	0.3704	0.0602	0.4607	15.7488	11.6551	60.6014
4	1.7659	-0.5181	-0.3114	0.656	1.2602	2.8339	-0.222	0.1769	-0.3909	-0.6277	0.5335	-0.1741	0.5819	0.3569	-0.2966	0.7445	-0.1883	0.0937	0.3668	-0.1351	0.4144	14.2193	8.3686	42.9089
5	6.8799	-2.6423	-6.7413	1.0903	2.7496	7.4414	0.0626	0.2474	-0.3591	-0.3185	-0.1222	0.1662	-0.1754	-0.4119	0.0173	0.4678	-0.1011	0.0792	0.2551	-0.0469	0.3089	17.4498	19.8751	54.711
6	2.2024	0.1354	0.6753	1.392	0.1874	0.8443	-0.0011	0.2324	-0.013	-0.3635	0.0023	-0.0178	0.0507	-0.0657	-0.0019	0.3489	-0.0843	0.0616	0.2576	-0.0246	0.184	12.1946	29.8248	46.8651
7	2.2321	-0.6006	-0.1154	2.2958	0.9523	1.8649	-0.0069	0.2843	0.003	-0.5656	-0.0801	0.182	0.0163	-0.3476	0.069	0.4058	-0.1169	0.001	0.3099	-0.0359	0.2103	3.6563	29.1881	44.2922
8	7.6824	-2.3752	-1.1549	2.7423	2.049	1.4561	-0.0284	0.3881	-0.0006	-0.1069	-0.2824	0.4039	0.0383	-0.4513	0.3448	0.332	-0.0978	0.0002	0.3983	-0.0356	0.2699	-3.535	28.831	49.1932
9	9.0393	-1.1484	-5.7917	3.1972	1.0095	5.4793	0.0491	0.2652	-0.9292	-0.1911	-0.2914	0.2391	0.1079	-0.391	0.2046	0.5681	-0.2132	-0.1124	0.4019	-0.0412	0.3024	-0.299	15.5696	41.713

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 84 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 109 through 169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 170 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 234 through 258 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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