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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ber | ||||||
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タイトル | Solution structure of de novo macrocycle design10.2 | ||||||
![]() | E(DVA)DP(DGL)(DHI)(DPR)N(DAL)(DPR) | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / macrocycle / de novo | ||||||
機能・相同性 | polypeptide(D)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
![]() | Shortridge, M.D. / Hosseinzadeh, P. / Pardo-Avila, F. / Varani, G. / Baker, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Comprehensive computational design of ordered peptide macrocycles. 著者: Hosseinzadeh, P. / Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Shortridge, M.D. / Craven, T.W. / Pardo-Avila, F. / Rettie, S.A. / Kim, D.E. / Silva, D.A. / Ibrahim, Y.M. / Webb, I.K. / Cort, J.R. / ...著者: Hosseinzadeh, P. / Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Shortridge, M.D. / Craven, T.W. / Pardo-Avila, F. / Rettie, S.A. / Kim, D.E. / Silva, D.A. / Ibrahim, Y.M. / Webb, I.K. / Cort, J.R. / Adkins, J.N. / Varani, G. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 360.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6be7C ![]() 6be9C ![]() 6benC ![]() 6beoC ![]() 6beqC ![]() 6besC ![]() 6betC ![]() 6beuC ![]() 6bewC ![]() 6bf3C ![]() 6bf5C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: Polypeptide(D) | 分子量: 1105.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 5 mg/mL Design 10.2, 5 % v/v [U-2H] glycerol, 90% H2O/10% D2O Label: Marie_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: cond_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |