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- PDB-6bej: Crystal structure of manganese superoxide dismutase from Xanthomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bej
タイトルCrystal structure of manganese superoxide dismutase from Xanthomonas citri
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enzyme / superoxide dismutase
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / peroxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.894 Å
データ登録者Goto, L.S. / Alexandrino, A.V. / Pereira, C.M. / Mendoca, D.C. / Leonardo, D.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. / Novo-Mansur, M.T.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Capes23038.006942/2011-31 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2007/50910-2 ブラジル
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of a pathogenicity-related superoxide dismutase codified by a probably essential gene in Xanthomonas citri subsp. citri.
著者: Cabrejos, D.A.L. / Alexandrino, A.V. / Pereira, C.M. / Mendonca, D.C. / Pereira, H.D. / Novo-Mansur, M.T.M. / Garratt, R.C. / Goto, L.S.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Superoxide dismutase
A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5974
ポリマ－45,4872
非ポリマー1102
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.670, 72.466, 87.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...
21(chain E and (resid 2 through 49 or (resid 50...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASNASN(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...AB2 - 662 - 66
12GLNGLNPROPRO(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...AB68 - 9668 - 96
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...AB9797
14ALAALAILEILE(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...AB2 - 2022 - 202
15ALAALAILEILE(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...AB2 - 2022 - 202
16ALAALAILEILE(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...AB2 - 2022 - 202
17ALAALAILEILE(chain A and (resid 2 through 66 or resid 68...AB2 - 2022 - 202
21ALAALAALAALA(chain E and (resid 2 through 49 or (resid 50...EA2 - 492 - 49
22ASPASPASPASP(chain E and (resid 2 through 49 or (resid 50...EA5050
23ALAALAILEILE(chain E and (resid 2 through 49 or (resid 50...EA2 - 2022 - 202
24ALAALAILEILE(chain E and (resid 2 through 49 or (resid 50...EA2 - 2022 - 202
25ALAALAILEILE(chain E and (resid 2 through 49 or (resid 50...EA2 - 2022 - 202
26ALAALAILEILE(chain E and (resid 2 through 49 or (resid 50...EA2 - 2022 - 202

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 22743.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 遺伝子: IB69_010705 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: A0A1V9H1W3, UniProt: Q8PJZ1*PLUS, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 0.1 M Bis Tris pH 6.1, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月17日
放射モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→27.982 Å / Num. obs: 30880 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.601 % / Biso Wilson estimate: 27.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 17.75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.89-2.015.3510.4533.5747270.9430.595.2
2.01-2.155.6310.2576.3347000.9790.28399.6
2.15-2.325.5930.1789.3843310.9890.19799.2
2.32-2.545.7540.1212.8939670.9930.13397.9
2.54-2.835.7520.08118.3536030.9970.08998.2
2.83-3.275.7340.05726.1332580.9970.06398.8
3.27-3.995.5650.0437.4627720.9980.04499.6
3.99-5.585.5730.03143.6322130.9980.03499.4
5.58-27.9825.3360.02744.3913090.9990.0397.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RCV

2rcv


解像度: 1.894→27.982 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1544 5 %
Rwork0.2027 --
obs0.2052 30866 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.4 Å2 / Biso mean: 38.1469 Å2 / Biso min: 15.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.894→27.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3144 0 2 304 3450
Biso mean--22.61 40.03 -
残基数----402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6884445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3911885
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1789X-RAY DIFFRACTION7.571TORSIONAL
12E1789X-RAY DIFFRACTION7.571TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8939-1.9550.34551280.29152446257492
1.955-2.02480.28251410.242726602801100
2.0248-2.10590.31241390.23926572796100
2.1059-2.20170.2911400.22626542794100
2.2017-2.31770.30531400.23522656279699
2.3177-2.46280.3261380.22722624276298
2.4628-2.65290.29581400.22462659279998
2.6529-2.91960.26281410.21342668280998
2.9196-3.34150.26041420.20152696283899
3.3415-4.20760.20321440.17552740288499
4.2076-27.98520.20891510.17862862301399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5466-0.08020.22551.78130.07545.2856-0.112-0.0638-0.2369-0.07270.00680.21240.2479-0.28590.08690.1932-0.00840.03660.13240.02080.25014.678668.354822.3085
23.3258-1.0580.14262.7998-0.09993.19060.11210.21510.2535-0.2845-0.06690.2988-0.3098-0.3917-0.02910.24120.0383-0.00910.1610.02720.2516.117677.28299.754
31.4164-0.91871.3894.7827-0.75321.3759-0.13840.0927-0.4041-0.3666-0.1163-0.1530.56690.8687-0.06410.57170.27480.12580.4446-0.01380.318232.302657.92085.9332
44.1009-0.10120.46166.448-1.69563.8225-0.1597-0.04240.1563-0.35290.1339-0.1839-0.07680.93730.35050.2458-0.02570.0120.3726-0.01680.184631.495773.39032.6233
52.5597-0.26041.49312.0717-0.54712.7556-0.0196-0.09830.422-0.037-0.1899-0.7485-0.79741.38120.16070.5672-0.31230.01670.87740.02980.505740.115582.5568.0102
64.4808-1.04480.56293.86670.66074.6748-0.0964-0.35460.1909-0.0604-0.0644-0.3305-0.3261.0740.12490.2143-0.04730.00320.4698-0.01830.2133.681874.125110.6533
70.3979-0.17090.35120.5684-0.08790.5459-0.1065-0.283-0.1599-0.01-0.1155-0.36220.13470.3156-0.50640.53570.55590.07561.24390.11920.499643.54957.354526.7805
83.2993-1.57982.00722.65720.15771.8947-0.3403-0.3452-0.43580.64820.22830.04930.24740.71680.03250.34830.21850.03470.62310.0610.260431.199164.363726.6855
92.723-0.90061.40831.6854-0.77222.3131-0.1084-0.50850.14660.0667-0.2105-0.20050.22640.89540.24770.28240.06390.06290.5780.01080.197730.950567.17519.9057
102.35-0.1682-1.30090.1370.10610.7224-0.4221-0.6021-0.66850.28370.2758-0.43940.43360.3460.08330.48970.27280.0760.46480.09310.41430.189955.326221.2437
110.1802-0.0118-0.09780.00120.00780.0531-0.01960.16770.1335-0.0137-0.1161-0.12630.0810.49490.17290.36620.27580.09511.33080.28120.446847.195662.905320.43
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 2 through 97 )E2 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 98 through 202 )E98 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 2 through 30 )A2 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 31 through 43 )A31 - 43
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 44 through 64 )A44 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 65 through 87 )A65 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 88 through 110 )A88 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 111 through 135 )A111 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 136 through 177 )A136 - 177
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 178 through 190 )A178 - 190
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 191 through 202 )A191 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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