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- PDB-6bee: Crystal structure of VACV D13 in complex with Rifaximin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bee
タイトルCrystal structure of VACV D13 in complex with Rifaximin
要素Scaffold protein D13
キーワードVIRAL PROTEIN / poxvirus / assembly / scaffolding protein / Rifampicin resistance protein / immature virion
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / FORMIC ACID / Chem-RXM / Scaffold protein OPG125
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus WR (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Garriga, D. / Accurso, C. / Coulibaly, F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1051907 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the inhibition of poxvirus assembly by the antibiotic rifampicin.
著者: Garriga, D. / Headey, S. / Accurso, C. / Gunzburg, M. / Scanlon, M. / Coulibaly, F.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scaffold protein D13
B: Scaffold protein D13
C: Scaffold protein D13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,49413
ポリマ－186,2303
非ポリマー1,26410
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, D13 protein elutes as a trimer (MW~180kDa)., microscopy, D13 trimers were confirmed by TEM.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18000 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area63350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.140, 191.140, 253.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Scaffold protein D13 / 62 kDa protein / Rifampicin resistance protein


分子量: 62076.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR118, D13L / プラスミド: pPROEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68440
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-RXM / (2S,16Z,18E,20S,21S,22R,23R,24R,25S,26R,27S,28E)-5,6,21,23-tetrahydroxy-27-methoxy-2,4,11,16,20,22,24,26-octamethyl-1,1 5-dioxo-1,2-dihydro-2,7-(epoxypentadeca[1,11,13]trienoimino)furo[2'',3'':7',8']naphtho[1',2':4,5]imidazo[1,2-a]pyridin-2 5-yl acetate / Rifaximin


分子量: 785.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H51N3O11 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.7 % / 解説: hexagonal bypiramidal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 3.5-4.0 M sodium formate and 0.1 M citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→20 Å / Num. obs: 49697 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.118 % / Biso Wilson estimate: 75.44 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rrim(I) all: 0.337 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 12.96
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.11-3.1922.082.0441.8935790.6472.09298.6
3.19-3.2722.6031.5122.5835110.7861.547100
3.27-3.3722.5271.183.3334280.8421.207100
3.37-3.4722.5050.8724.4933430.9160.892100
3.47-3.5922.4780.6915.6632170.9410.707100
3.59-3.7122.4470.5926.6131330.9580.606100
3.71-3.8522.390.5057.6930480.9680.516100
3.85-4.0122.4010.37810.1829230.9840.387100
4.01-4.1922.3540.29912.7228000.9880.306100
4.19-4.3922.2710.24715.126910.9920.253100
4.39-4.6322.2380.19918.425650.9950.204100
4.63-4.9122.1590.18619.5924380.9950.19100
4.91-5.2522.0820.1919.0422930.9950.194100
5.25-5.6721.9440.2117.3821580.9950.215100
5.67-6.2121.8370.18818.9319940.9950.192100
6.21-6.9521.630.1819.5918060.9960.185100
6.95-8.0221.3810.12626.0316200.9980.129100
8.02-9.8220.9920.07339.38138510.074100
9.82-13.8920.2420.04852.08111810.049100
13.89-2017.770.05245.4664710.05396.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 3SAM

3sam


解像度: 3.11→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.345
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2455 4.98 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 49339 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 127.54 Å2 / Biso mean: 56.32 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3445 Å20 Å20 Å2
2--4.3445 Å20 Å2
3----8.6889 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12668 0 88 278 13034
Biso mean--89.37 38.47 -
残基数----1613
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4409SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes333HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1900HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13095HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1831SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14792SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13095HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17833HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.18
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3186 161 4.49 %
Rwork0.2618 3427 -
all0.2644 3588 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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