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- PDB-6be0: AvrA delL154 with IP6, CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6be0
タイトルAvrA delL154 with IP6, CoA
要素AvrA
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / YopJ family / IP6 / bacterial effector
機能・相同性Serine/Threonine acetyltransferase, YopJ / YopJ Serine/Threonine acetyltransferase / acyltransferase activity / COENZYME A / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / AvrA
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.438 Å
データ登録者Labriola, J.M. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of the Bacterial Effector AvrA Identifies a Critical Helix Involved in Substrate Recognition.
著者: Labriola, J.M. / Zhou, Y. / Nagar, B.
履歴
登録2017年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AvrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2393
ポリマ－33,8121
非ポリマー1,4282
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.931, 62.931, 187.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 AvrA


分子量: 33811.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain 4/74) (サルモネラ菌)
株: 4/74 / 遺伝子: avrA, STM474_3004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E8XKZ3
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8.5% PEG8000, 15% ethylene glycol, 100mM MES pH 5.6 - 5.8
PH範囲: 5.6 - 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.438→50 Å / Num. obs: 25168 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 31.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KLP

5klp


解像度: 2.438→41.083 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1275 5.07 %
Rwork0.187 --
obs0.1892 25168 81.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.438→41.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 63 65 2237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6492997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.991826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4382-2.53580.3173370.2749658X-RAY DIFFRACTION20
2.5358-2.65120.2947700.25041315X-RAY DIFFRACTION41
2.6512-2.79090.28611330.25482478X-RAY DIFFRACTION75
2.7909-2.96570.29661670.24673123X-RAY DIFFRACTION95
2.9657-3.19460.29831740.25473281X-RAY DIFFRACTION100
3.1946-3.51590.26491730.21093263X-RAY DIFFRACTION100
3.5159-4.02430.19871750.18073246X-RAY DIFFRACTION100
4.0243-5.06870.17661740.13653272X-RAY DIFFRACTION100
5.0687-41.08840.20511720.14293257X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.76681.0993.30284.04772.46215.72650.4369-0.053-0.6954-0.0936-0.4090.0030.7426-0.4686-0.07780.656-0.14850.00820.347-0.04370.3133-24.8746-2.7873-19.7379
21.58580.8832-0.5152.4101-0.34671.50540.02090.11150.1658-0.03350.0237-0.0953-0.06930.0338-0.00070.4461-0.26170.06680.3170.05230.3886-17.096415.0216-9.8905
32.07460.540.24021.57990.0640.53830.0127-0.07450.21410.1233-0.06230.002-0.058-0.00390.03780.509-0.35450.05410.2031-0.03290.3737-24.281316.9944-0.412
44.36174.91422.48155.55032.85681.64720.3986-0.5379-0.20120.6096-0.3346-0.02050.0124-0.1297-0.07010.5451-0.29490.10910.47190.10970.4824-30.8188.3167.7545
52.37910.5724-0.06792.88030.15132.20680.2616-0.45410.20750.5309-0.24810.17390.0616-0.08920.00970.4606-0.22220.04320.3423-0.02410.4139-30.69716.65933.7407
62.9380.299-0.00255.07842.3372.57110.0475-0.29790.35010.2686-0.23450.67070.0115-0.24960.17450.483-0.2028-0.0070.2894-0.02280.4364-34.233717.2714-5.3278
73.36890.49440.17914.15452.18685.56160.0090.72640.1433-0.6701-0.11091.0822-0.1357-1.01380.14780.4405-0.0857-0.20480.44090.01640.531-41.029216.1316-17.7516
85.1362-2.33141.30213.27211.30335.0039-0.28370.6516-0.375-0.68220.19810.51410.1175-0.34260.09240.6237-0.2163-0.07880.3629-0.03210.2877-30.00014.993-24.2005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 81 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 150 through 164 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 165 through 211 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 212 through 256 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 257 through 301 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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