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- PDB-6bdt: Crystal Structure of Human Calpain-3 Protease Core Mutant-C129S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bdt
タイトルCrystal Structure of Human Calpain-3 Protease Core Mutant-C129S
要素Calpain-3
キーワードHYDROLASE / Calcium binding / Cysteine protease / Calpain / P94
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain-3 / positive regulation of satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / ligase regulator activity / calcium-dependent self proteolysis / regulation of myoblast differentiation / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / cellular response to salt stress / muscle structure development / myofibril assembly / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity ...calpain-3 / positive regulation of satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / ligase regulator activity / calcium-dependent self proteolysis / regulation of myoblast differentiation / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / cellular response to salt stress / muscle structure development / myofibril assembly / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / sodium ion binding / regulation of catalytic activity / self proteolysis / negative regulation of protein sumoylation / protein localization to membrane / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to muscle activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / muscle organ development / muscle cell cellular homeostasis / myofibril / positive regulation of proteolysis / catalytic activity / titin binding / cysteine-type peptidase activity / T-tubule / Degradation of the extracellular matrix / cellular response to calcium ion / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / protein destabilization / protein catabolic process / Z disc / response to calcium ion / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calpain-3 / Unstructured region on Calpain-3 / : / Calpain-13-like, C-terminal EF-hand / Calpain subdomain III / : / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family ...Calpain-3 / Unstructured region on Calpain-3 / : / Calpain-13-like, C-terminal EF-hand / Calpain subdomain III / : / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / EF-hand domain pair / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ye, Q. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 74681 カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structures of human calpain-3 protease core with and without bound inhibitor reveal mechanisms of calpain activation.
著者: Ye, Q. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
履歴
登録2017年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calpain-3
B: Calpain-3
C: Calpain-3
D: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,22316
ポリマ－177,7604
非ポリマー46212
水2,036113
1
A: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5564
ポリマ－44,4401
非ポリマー1163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5564
ポリマ－44,4401
非ポリマー1163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5564
ポリマ－44,4401
非ポリマー1163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5564
ポリマ－44,4401
非ポリマー1163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.810, 105.490, 225.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA58 - 41913 - 374
21ASPASPBB58 - 41913 - 374
12ALAALAAA58 - 41813 - 373
22ALAALACC58 - 41813 - 373
13ASPASPAA58 - 41913 - 374
23ASPASPDD58 - 41913 - 374
14THRTHRBB58 - 41713 - 372
24THRTHRCC58 - 41713 - 372
15ASPASPBB58 - 41913 - 374
25ASPASPDD58 - 41913 - 374
16THRTHRCC58 - 41713 - 372
26THRTHRDD58 - 41713 - 372

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Calpain-3 / Calcium-activated neutral proteinase 3 / CANP 3 / Calpain L3 / Calpain p94 / Muscle-specific ...Calcium-activated neutral proteinase 3 / CANP 3 / Calpain L3 / Calpain p94 / Muscle-specific calcium-activated neutral protease 3 / New calpain 1 / nCL-1


分子量: 44440.109 Da / 分子数: 4 / 変異: C129S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Muscle-specific calcium-activated neutral protease 3
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPN3, CANP3, CANPL3, NCL1 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P20807, calpain-3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.37 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, MES, calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 62975 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 11.22
反射 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / 冗長度: 13.89 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 33695 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 1.3 / Χ2: 0.98 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MDW

1mdw


解像度: 2.3→17.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 11.429 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.253
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3139 5 %RANDOM
Rwork0.2219 ---
obs0.2236 59691 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.96 Å2 / Biso mean: 60.172 Å2 / Biso min: 27.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.13 Å20 Å20 Å2
2---1.3 Å2-0 Å2
3----1.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→17.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10374 0 12 113 10499
Biso mean--45.12 45.56 -
残基数----1258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.92614441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.218322368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96351249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37324.159565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.999151794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2351556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022668
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A174610.14
12B174610.14
21A175270.12
22C175270.12
31A177240.13
32D177240.13
41B181580.13
42C181580.13
51B182260.12
52D182260.12
61C182940.12
62D182940.12
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.363 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 184 -
Rwork0.462 3546 -
all-3730 -
obs--81.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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