PDB-6bdc: Structure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bdc

タイトル

Structure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae

要素

Hcp1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Type VI secretion / Haemolysin coregulated protein / effector chaperone

機能・相同性

Hemolysin coregulated protein (Hcp) TssD / Hemolysin coregulated protein Hcp (TssD) / type VI protein secretion system complex / : / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.496 Å

データ登録者

Bohn, A.J. / Russell, A.B. / Robinson, H. / Mougous, J.D. / Whitney, J.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae
著者: Bohn, A.J. / Russell, A.B. / Robinson, H. / Mougous, J.D. / Whitney, J.C.

履歴

登録	2017年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bdc.cif.gz	57.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bdc.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bdc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bdc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3fz2-2 6a2v-d 3fz2-1 3bpd-2 2gjv-d 3he1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hcp1

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hcp1

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
95.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.021, 79.021, 82.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

#1: タンパク質	Hcp1 分子量: 15856.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア) 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_3262 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FET8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG3350, 200mM sodium citrate, 10% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979, 1.075

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	1.075	1

反射

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	Entry-ID	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2.7-50	4577	98.6	43.1	6BDC	1	41.5
2.496-50	10299	97.8	46.9	6BDC	2	42.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.496→41.456 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2805	980	10.02 %
R_work	0.2484	-	-
obs	0.2519	9779	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.496→41.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	869	0	0	0	869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	892
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702	1215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.041	517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	143
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4957-2.6273	0.4144	119	0.3666	1087	X-RAY DIFFRACTION	84
2.6273-2.7918	0.4245	135	0.357	1240	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7918-3.0073	0.3948	142	0.3388	1280	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0073-3.3099	0.3063	149	0.2687	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3099-3.7885	0.3236	143	0.2584	1282	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7885-4.772	0.2621	146	0.2223	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
4.772-41.4622	0.2355	146	0.2239	1312	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7596	-5.593	-4.1475	7.4841	2.5887	7.7642	-0.0749	-0.1563	-0.7063	0.9295	-0.1793	-0.7529	0.1865	-0.2567	0.3272	0.7838	-0.0381	-0.2931	0.8066	-0.2025	1.1148	13.8573	20.164	21.7742
2	3.0925	2.11	-3.7812	1.647	-1.7653	7.6679	1.8022	0.2375	1.2342	-2.9831	-0.1085	-3.7177	-1.1589	0.4835	-0.2791	1.0704	0.087	0.1653	1.1442	0.1671	1.7201	21.5632	13.266	6.4092
3	5.773	-3.7398	-1.3897	6.7781	3.3731	5.9438	-0.2515	-0.0691	4.7337	0.0592	-0.2513	0.8262	-0.3372	0.0278	-0.6048	0.7346	0.0056	-0.132	0.772	-0.3738	1.9156	1.9131	27.7837	21.5135
4	4.1315	0.6106	-3.4301	7.0075	-0.0027	8.507	-0.7794	-1.1596	3.7713	0.1887	-0.0319	-0.3767	0.919	-0.4054	-0.364	0.9726	-0.1082	-0.217	1.2051	-0.4461	1.5716	13.5111	29.0532	24.2631
5	3.8266	0.4939	1.6944	5.2953	2.0466	3.1436	-0.2674	-0.4337	1.9022	0.2793	0.299	-0.7328	0.1962	0.3145	-0.1285	0.71	0.0301	-0.1441	0.6641	-0.1513	1.3553	7.0433	25.7192	20.4288
6	0.1251	-0.2535	0.8008	0.5262	-1.6766	5.2471	-1.9405	-0.006	-0.8414	1.7457	2.502	-4.0352	1.8274	-2.3835	0.4941	1.7189	-0.3058	0.1566	1.6416	-0.737	2.0484	-5.6105	16.2011	34.0649
7	2.4389	-1.5775	0.8488	6.6075	0.2933	5.6982	-0.2436	0.0318	2.2536	0.2296	-0.1071	-1.6142	-0.5183	0.2867	0.3699	0.7435	-0.0872	-0.1303	0.6883	-0.09	1.6012	13.7079	24.1395	17.7073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 80 through 97 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 98 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 125 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)