[日本語] English
万見
- PDB-6bdc: Structure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bdc
タイトルStructure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae
要素Hcp1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type VI secretion / Haemolysin coregulated protein / effector chaperone
機能・相同性Hemolysin coregulated protein (Hcp) TssD / Hemolysin coregulated protein Hcp (TssD) / type VI protein secretion system complex / Phage tail protein
機能・相同性情報
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.496 Å
データ登録者Bohn, A.J. / Russell, A.B. / Robinson, H. / Mougous, J.D. / Whitney, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI080609 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae
著者: Bohn, A.J. / Russell, A.B. / Robinson, H. / Mougous, J.D. / Whitney, J.C.
履歴
登録2017年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hcp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8571
ポリマ－15,8571
非ポリマー00
水00
1
A: Hcp1
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1416
ポリマ－95,1416
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area13590 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.021, 79.021, 82.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

-
要素

#1: タンパク質 Hcp1


分子量: 15856.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_3262 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FET8
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG3350, 200mM sodium citrate, 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979, 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.0751
反射
解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Entry-IDDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.7-50457798.643.16BDC141.5
2.496-501029997.846.96BDC242.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.496→41.456 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2805 980 10.02 %
Rwork0.2484 --
obs0.2519 9779 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.496→41.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数869 0 0 0 869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7021215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.041517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4957-2.62730.41441190.36661087X-RAY DIFFRACTION84
2.6273-2.79180.42451350.3571240X-RAY DIFFRACTION95
2.7918-3.00730.39481420.33881280X-RAY DIFFRACTION99
3.0073-3.30990.30631490.26871297X-RAY DIFFRACTION100
3.3099-3.78850.32361430.25841282X-RAY DIFFRACTION99
3.7885-4.7720.26211460.22231301X-RAY DIFFRACTION100
4.772-41.46220.23551460.22391312X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.7596-5.593-4.14757.48412.58877.7642-0.0749-0.1563-0.70630.9295-0.1793-0.75290.1865-0.25670.32720.7838-0.0381-0.29310.8066-0.20251.114813.857320.16421.7742
23.09252.11-3.78121.647-1.76537.66791.80220.23751.2342-2.9831-0.1085-3.7177-1.15890.4835-0.27911.07040.0870.16531.14420.16711.720121.563213.2666.4092
35.773-3.7398-1.38976.77813.37315.9438-0.2515-0.06914.73370.0592-0.25130.8262-0.33720.0278-0.60480.73460.0056-0.1320.772-0.37381.91561.913127.783721.5135
44.13150.6106-3.43017.0075-0.00278.507-0.7794-1.15963.77130.1887-0.0319-0.37670.919-0.4054-0.3640.9726-0.1082-0.2171.2051-0.44611.571613.511129.053224.2631
53.82660.49391.69445.29532.04663.1436-0.2674-0.43371.90220.27930.299-0.73280.19620.3145-0.12850.710.0301-0.14410.6641-0.15131.35537.043325.719220.4288
60.1251-0.25350.80080.5262-1.67665.2471-1.9405-0.006-0.84141.74572.502-4.03521.8274-2.38350.49411.7189-0.30580.15661.6416-0.7372.0484-5.610516.201134.0649
72.4389-1.57750.84886.60750.29335.6982-0.24360.03182.25360.2296-0.1071-1.6142-0.51830.28670.36990.7435-0.0872-0.13030.6883-0.091.601213.707924.139517.7073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 61 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 97 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 98 through 104 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 105 through 125 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る