+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bdc | ||||||
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Title | Structure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae | ||||||
Components | Hcp1 | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type VI secretion / Haemolysin coregulated protein / effector chaperone | ||||||
Function / homology | Hemolysin coregulated protein (Hcp) TssD / Hemolysin coregulated protein Hcp (TssD) / type VI protein secretion system complex / : / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Flavobacterium johnsoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.496 Å | ||||||
Authors | Bohn, A.J. / Russell, A.B. / Robinson, H. / Mougous, J.D. / Whitney, J.C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of Hcp1 from Flavobacterium johnsoniae Authors: Bohn, A.J. / Russell, A.B. / Robinson, H. / Mougous, J.D. / Whitney, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bdc.cif.gz | 57.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bdc.ent.gz | 45.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bdc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/6bdc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||
Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15856.780 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (bacteria) Strain: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / Gene: Fjoh_3262 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A5FET8 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 21% PEG3350, 200mM sodium citrate, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.979, 1.075 | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2014 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.496→41.456 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 40.39
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.496→41.456 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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